NGS (Next Generation Sequencing) 기술로 인해 이제 더 이상 유전자 서열 정보만을 밝히는 것이 큰 의미를 내포하지 않게 되었습니다. 생명과학 분야의 궁극적인 목표인 생명현상의 이해를 위해서는 쏟아지는 서열정보를 잘 꿰어 매우 정교한 세포내 역할을 규명해야 할 것입니다. 따라서 (주)인실리코젠에서는 이러한 연구를 위해 필수적으로 요구되는 BIOBASE사의 데이터베이스들을 소개하고자 합니다. |
BIOBASE
BIOBASE는 전문가의 리뷰에 의한 생물학적 데이터베이스와 소프트웨어 및 생명과학분야의 분석 서비스를 선두하는 기업으로, 최근 nature에 발표된 Ancient human genome project에 이용된 전사 조절인자 데이터베이스로 더욱 유명한 기업입니다.
현재 전사조절인자를 비롯한 유전자 조절 메카니즘 데이터베이스 분야에서 독보적인 위치를 차지해 오고 있으며 전 세계 수 많은 연구자들에게 서비스를 제공하여 생명과학 분야의 다양한 논문에서 현재의 데이터들이 인용되고 있습니다.
BIOBASE Knowledge Library
BIOBASE에서는 날마다 쏟아지는 논문의 다양한 생명과학 분야의 데이터들을 전문가의 리뷰를 통한 BIOBASE Knowledge Library (BKL)로 재 탄생되어 세포 내 발현 조절과 관련된 총체적인 정보를 제공하고 있습니다. 이렇게 전문가의 큐레이션을 통하여 서비스 되는 목록은 크게 다음 세 가지로 분류할 수 있습니다.
BKL TRANSFAC
TRANSFAC은 유전자 조절분야에서 세계 유일의 데이터베이스이며, 높은 수준의 데이터 quality를 보장하고 있습니다.
- TRANSFAC suite : 전사인자(Transcription factor)와 관련된 모든 정보 데이터베이스
- Transcription factor
- Transcription factor binding site
- Composite elements 등
- PathoDB : 유전자 돌연변이와 그와 관련된 질병 관련 데이터베이스
- S/MARtDB : Regulatory chromatin domain 정보로 구성된 데이터베이스
BKL PROTEOME
PROTEOME은 세포내에서의 pathway 조절 메커니즘을 총체적으로 이해할 수 있도록 정보를 제공하고 있습니다.
YPD (S.cerevisiae)
- HumanPSD
- GPCR-PD
- WormPD
MycoPath PD
PombePD (S.pombe)
HGMD Professional
HGMD는 Human의 유전자 돌연변이 데이터베이스로 유전에 의한 질병관련 정보를 서비스하고 있습니다.
- Germ-line 돌연변이 데이터
- 병변을 비롯한 서열 정보
- 유전체상의 위치 정보 등의 상세한 관련 정보 제공
관련 문의 : Codes팀 (대표전화 : 031-278-0061, 이메일 : codes@insilicogen.com)
