CLC Genomics Workbench 12버전, 베일을 벗다!


지난 10년간 연구자들에게 많은 사랑을 받으며, NGS 분석을 위한 기초 툴로써 자리를 잡은 CLC Genomics Workbench가 2018년 11월 28일에 12버전으로 정식 릴리즈 되었습니다. 사용자 편의성을 도모하기 위해 많은 부분이 변경되었는데요, 주요한 변화들에 대해서 함께 알아보도록 하겠습니다.

CLC Genomics Workbench 11버전 interface로 변경된 지 4년 정도가 지났습니다. 그리고 이번 메이저 업그레이드에서 CLC Genomics Workbench가 새로운 옷을 입었습니다.

메인화면 

전체적인 구성이나 아이콘에는 큰 변화가 없지만, 프로그램을 실행하고 나면 뷰어 화면에 시작하는 방법, 데이터 import를 도와주는 화면이 있으며 예제 데이터도 간단히 다운로드하여 사용하실 수 있습니다. 또한, 자주 사용할법한 도움말들을 뷰어 화면에 배치하여 처음 CLC Genomics Workbench를 사용하는 입문자들도 기존에 비해 접근이 용이하도록 구성했습니다.


[그림 1] 메인화면의 변화(위-11버전, 아래-12버전)

Import 메뉴의 변경

Import 화면을 보시면 기존의 11버전보다 두 가지 항목이 추가되었습니다. QIAGEN에서 나온 NGS sequencing platform인 GeneReader를 읽을 수 있게 되어 있으며 기존의 Biomedical Genomics Workbench에만 있던 'Import Primer Pairs'가 추가되어 QIAGEN gene panel primer 파일을 바로 가져올 수 있습니다.


[그림 2] Import 메뉴화면

Navigation Area의 변화

기존 Navigation Area 내에서 파일 혹은 폴더의 순서를 변경할 때, 파일이 생성되거나 옮겨진 순서대로 정렬되어 원하는 대로 정렬하기가 쉽지 않았습니다. 이번 업그레이드 통해 파일이나 폴더를 쉽게 드래그 앤드 드롭으로 순서를 변경할 수 있게 되었습니다. 또한, 상단의 Navigation Area에서 데이터에 마우스를 가져다 대면 뜨던 정보안내 말풍선 창의 정보가 추가되었습니다. 기존 버전에서는 이름만 표시됐던 반면에 12버전에서는 용량과 파일의 포맷을 함께 나타내줍니다.


[그림 3] 데이터 타입과 용량 정보 보여주기

자동파일압축

이번 업그레이드에서 놀라운 기능은 기본적으로 압축 기능이 추가되었다는 점입니다. 같은 파일을 동일한 조건으로 분석했을 때, 11버전에서는 149MB였던 결과 파일이 12버전에서는 92MB로 30% 정도 용량을 아낄 수 있게 되었습니다. 기존의 100TB 용량을 이제 130TB처럼 사용하실 수 있습니다.


[그림 4] 자동 파일 압축 및 약 30% 저장용량 절약

레퍼런스 데이터 다운로드 방법 변경

기존에는 우측 상단의 Download 아이콘에서 Reference를 선택하여 열리는 창에서 'Download Reference Genome Data'를 다운로드할 수 있었습니다. 새롭게 변경된 UI에서는 Biomedical Genomics Workbench처럼 우측 상단의 'References'라는 아이콘을 이용하여 레퍼런스 데이터를 다운로드할 수 있습니다. Reference 아이콘을 누르면 하단의 그림 중 아래 화면 같은 창이 뜨게 되며 여기서 원하는 종 혹은 원하는 데이터를 골라 다운로드합니다.


[그림 5] 레퍼런스 데이터 다운로드 인터페이스 변경

Toolbox의 구성 변경 1

 plug-in로 제공됐던 'Bisulfite Sequencing'툴이 별다른 설치 없이 기본적으로 탑재 되었습니다.


[그림 6] Bisulfite Sequencing 분석폴더 디폴트로 추가

Toolbox의 구성 변경 2

툴박스의 폴더 구성을 보시면 'NGS Core Tools'가 사라지고, 'Prepare Sequencing Data'라는 폴더에 trimming이나 demultiplex 관련한 툴들이 배치되어 있으며, 'Installed Workflow'로 기존의 'Workflow' 폴더의 이름이 변경되었으며, 'Utility Tools'라는 폴더가 추가되었습니다.


[그림 7] 분석폴더의 재구성

Toolbox의 구성 변경 3

새롭게 추가된 툴에 대해서 소개해 드리면 copy number variant를 분석할 수 있는 툴, variant에서의 정보를 제거하는 부분, RNA-seq을 진행할 때 두 그룹일 때에는 별다른 metadata 없이 진행할 수 있도록 'Different Expression in Two Groups'가 추가되었으며 plug-in으로 사용하던 'Batch Rename'이 추가되었습니다.


[그림 8] 추가된 새로운 툴

몇 개의 툴들은 이름이 변경되었습니다. [그림 9] 이미지를 참고해주십시오.


[그림 9] 이름이 변경된 툴

QIAseq panel reference 다운로드

Reference Data를 다운로드하는 곳으로 가보면 두 번째 아이콘에 QIAGEN Sets라는 아이콘이 있습니다. 이 아이콘을 선택하면, QIAseq Panel에 관련된 reference만 선택적으로 다운로드할 수 있습니다. QIAGEN의 panel을 가지고 나온 데이터를 보다 더 쉽게 분석할 수 있도록 CLC Genomics Workbench에 적용하였습니다.

[그림 10] QIAseq 분석에 찰떡인 QIAGEN Sets 다운로드

손쉬운 서버 프로그램과의 연동

Workbench desktop 버전과 server의 연동에 관련된 부분입니다. 창의 아래쪽 표시줄에 보면 S라고 되어있는 사각형 아이콘이 생성되어 있습니다. 이 버튼을 누르면 Server Connection 창이 뜨게 되고 쉽게 server와 연결할 수 있고 연결 상태를 하단에서 바로 확인할 수 있습니다.


[그림 11] 메인화면에서 연결되는 CLC Server Connection

Track 뷰어의 변화

아래 화면([그림 12])은 read mapping의 track 화면입니다. Track에서 position을 보여주던 숫자가 위치하고 있던 맨 윗부분 위로 크로모좀 뷰어가 추가되었습니다. read 색깔은 unpair/pair 그리고 mismatch까지 색상 지정을 자유롭게 하실 수 있으며 aligned read의 하단에 있던 overflow graph가 read 상단으로 올라와 새로운 coverage graph를 보여줍니다. 그와 동시에 read를 검토할 때 불편했던 위아래 이동에 스크롤바가 추가되어 편하게 read의 alignment를 살펴볼 수 있습니다.


[그림 12] Intuitive 하게 변경된 Track 뷰어 인터페이스

Differential Expression for RNA-seq툴의 개선

기존 버전에서 불가능했던 RNA-seq에서 normalization 방법도 설정할 수 있습니다. 기본적인 whole transcriptome RNA-Seq과 targeted RNA-seq, Small RNA 분석을 따로 설정할 수 있으며 normalization도 TMM과 Housekeeping gene으로 가능합니다.


[그림 13] 세분화된 차등발현 유전자 분석 툴

Differential Expression in Two Group 추가

두 그룹 간의 RNA-seq 비교일 경우 별도의 metadata 없이 control과 study 그룹을 wizard에서 설정하여 분석할 수 있도록 구성되어 있습니다.


[그림 14] 두 그룹간의 비교 화면

Export 기능의 개선

Annotation을 export할 때 생기던 에러가 해결되었습니다. 기존에 엑셀 포맷으로 export 할 경우에는 모든 칼럼을 전부 export 하던지 혹은 필요한 칼럼만 체크해서 export를 할 수 있었습니다. 현재 내가 보고 있는 화면대로 원하는 칼럼만 export 하려면 다시 체크해야 되는 번거로움이 있었습니다. CLC Genomics Workbench 12버전 업그레이드를 통해 현재 보고 있는 칼럼만 그대로 export 하는 기능이 추가되어 다시 골라야 하는 번거로움을 없앴습니다.


[그림 15] 화면 그대로 간편하게 export 하기

이번 업그레이드로 많은 부분이 바뀌게 되었습니다. 기대하셨던 부분이 반영되었을 수도 있고, 아직 부족한 부분도 있을 거라고 생각이 됩니다. CLC Genomics Workbench는 사용자의 많은 의견을 반영하여 10년 넘도록 꾸준히 업그레이드 되고 있습니다. 업그레이드된 12버전을 통해 새로운 기능들을 확인해보시기 바랍니다.

구버전의 CLC Genomics Workbench를 이용하시는 분 중 12버전으로 업그레이드가 필요하신 분들은 12월 한 달 동안 진행되는 연말 프로모션을 적극 활용하시기 바랍니다.



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2018/12/03 17:24 2018/12/03 17:24
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일정

일시 : 2018년 12월 10(월)~ 12월 11(화)

장소 : 충남대학교 정보통신원 정보교육관 (건물번호 : N2-1) 1306호

내용

Python을 이용한 데이터 분석 방법을 습득할 수 있습니다.

(자세한 프로그램 내용은 http://kobicedu.labkm.net 참고)

 

 

신청방법

신청기간 : 2018년 11월 21(수) ~ 2018년 11월 29(목)

선발인원 : 30

교육대상 :

  1) Python을 이용한 데이터 분석 교육이 필요한 연구원 및 대학원생 등

  2) 모든 교육 일정에 참석이 가능한 교육생 (2일 일정 필수 참석)

선발안내 : 2018년 11월 30일(금)

교육비 : 무료 (중식 무료제공)

준비물 : 유무선 인터넷이 가능한 개인 노트북

신청방법

  - 온라인 신청 http://kobicedu.labkm.net

문의

  - ㈜인실리코젠 (031-278-0061, edu@insilicogen.com)

  - 문의게시판 이용 http://kobicedu.labkm.net/labboard/board/QnA

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2018/11/21 14:48 2018/11/21 14:48
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프로바이오틱스 (Probiotics)





[그림 1] 장내에 서식하는 다양한 미생물


사람의 체내에는 수많은 미생물이 살고 있다. 체내 미생물들만 따로 추려 무게를 재면 약 1~1.5kg 정도라고 한다. 이러한 미생물들은 사람의 몸 곳곳에 존재하는데, 가장 많이 서식하는 곳이 바로 사람의 장이다. 미생물들은 여러 종이 서로 군집을 이루며 서식하게 되는데 이를 미생물 균총(菌叢, colony)이라고 한다.
사람의 장내에서 크게 다섯 종류의 Phylum(문)이 - Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria, Proteobacteria, Verrucomicrobia - 균총의 주를 이루고, 이 중 Bacteroides문과 Firmicute문이 약 80% 이상을 차지한다. 이 미생물 균총은 숙주가 섭취하는 음식이나 건강 상태 등에 의해 변화하며 영양소 대사 과정이나 면역 반응 등에 관여하는 것으로 알려졌다.

2006년 제프리 고든 박사는 비만한 쥐와 그렇지 않은 쥐의 장내 미생물을 무균 쥐에 각각 투입한 뒤 같은 먹이를 먹였을 때 비만한 쥐의 장내 미생물을 투입한 쥐가 더 살이 잘 찐다는 연구를 발표했다. 이는 장내 미생물이 숙주의 대사에 영향을 미친다는 점을 시사하여 학계에 큰 반향을 일으켰다. 이후 체내 미생물들에 관한 다양한 연구들이 진행되면서 이들이 비만 등의 대사성 질환뿐 아니라, 신경계 질환이나 노화 등 다양한 질환과 관계가 있다는 사실이 밝혀졌다.

이렇게 미생물 총이 인간의 건강에 미치는 영향들이 밝혀지면서 건강한 장내 미생물 균총을 도움이 된다고 알려진 프로바이오틱스(Probiotics)가 세계적으로 주목받고 있다. 세계보건기구(WHO)에 따르면 프로바이오틱스란 체내에 충분한 양이 투입되었을 때, 건강에 좋은 영향을 주는 살아있는 균을 뜻한다. 즉 하나의 물질이 아니라 살아있는 균들을 말한다. 이 균들 중 대다수는 유산균, 비피더스균 등이 발효 식품에서 주로 찾아볼 수 있는 균들이다. 최근 프로바이오틱스는 분말이나 발효유 등과 같은 형태로 상품화되어 건강기능식품으로써 약국 등에서 판매되고 있으며 국내 건강기능 식품 분야에서 빠르게 성장하고 있다. 2017년 기준 식약처의 조사에 따르면 프로바이오틱스는 홍삼, 비타민에 이어 세 번째로 큰 시장을 형성하고 있는 것으로 볼 수 있다(그림2 참조). 프로바이오틱스는 안정성과 기능성을 기준으로 선발되며, 한국의 식약처는 19종의 균을 프로바이오틱스 균주로 인정하고 있다(표1 참조).

[그림 2] 2017년 건강기능 식품 품목별 매출 현황
식품의약품안전처, 건강기능식품 생산실적 통계 (2017)


[그림 3] 프로바이오틱스 균주
프로바이오틱스의 안전한 사용을 위한 연구(2016) 한국보건의료연구원


장내에서 균총을 이루며 서식하게 되는 프로바이오틱스가 체내에서 어떠한 역할을 하는지 밝히는 연구가 지속해서 진행되면서 프로바이오틱스들의 메커니즘들이 밝혀지고 있다. 균주별로 다른 기능을 하는 것으로 알려졌지만, 지금까지 알려진 프로바이오틱스의 기능은 다음과 같다.

  1. 체내에서 소화되지 않는 탄수화물을 분해하고 지방산, 비타민 아미노산 등을 합성하여 소화 및 대사를 돕는다.

  2. 프로바이오틱스가 생산하는 대사물질들이 유해균의 증식을 억제하고 유해균이 장내 상피세포에 부착하는 것을 저해함으로써 장내 균총을 안정화시킨다.

  3. 면역 기능을 조절하는 cytokine의 발현을 억제하거나 유도하여 면역 기능을 개선하는 역할을 한다.

  4. 대사과정에서 생성되는 유기산 등이 콜레스테롤 합성을 저하해 전체 혈중 콜레스테롤 농도를 낮춘다.




[그림 4] 프로바이오틱스 섭취 시 기대되는 효과

그러나 프로바이오틱스의 효과는 알려진 것보다 크지 않다는 연구결과도 있다. 최근 한 연구에서는 프로바이오틱스를 섭취한 사람의 장내 미생물과 대변의 미생물을 조사한 결과 대변과 장내 미생물 균총의 일부만 연관성이 있다는 연구 결과를 발표했다. 프로바이오틱스를 섭취한 대다수 사람의 대변에서는 프로바이오틱스 균이 발견되었지만, 사람의 장내에서 균주가 정착하지 못한 경우가 더 많다는 결과를 보인 것이다.



[그림 5] 프로바이오틱스 섭취 시 발생할 수 있는 부작용


부작용에 관한 사례도 보고되고 있다. 국내에서도 프로바이오틱스가 원인으로 추정되는 부작용 신고사례가 2009년 이후로 건강기능식품 부작용 신고센터에 꾸준히 접수되고 있다. 주로 나타나는 부작용으로는 복부팽만감, 두통, 설사, 알레르기 같은 면역 과민 반응 등이 있다. 또한, 과다 복용 등 잘못된 복용방법이나 섭취 위험군이 섭취한 경우 감염 등의 부작용에 의해 사망에 이르는 일도 있다. 특히, 미국 FDA에서는 프로바이오틱스 섭취 고위험군(면역억제환자, 구조적 심장질환 환자 등)을 따로 분리하여 프로바이오틱스 섭취에 주의할 것을 경고하고 있다. 또한, 장구균(Enterococcus)의 경우 항생제 내성을 가지게 하는 유전자를 가진 균주로 장내 미생물 균총 내에서 항생제 내성 유전자 확산 가능성이 우려되며 이에 관한 연구도 진행되고 있다.

아직 논란의 여지는 있지만, 여러 연구의 성과로 프로바이오틱스가 체내에서 어떤 역할을 하는지 밝혀지고 있고, 어쩌면 의료용 혹은 치료 약물로써 인류의 건강에 중요한 역할을 하게 되는 미래가 올지도 모른다. 다만, 현재까지의 프로바이오틱스는 어디까지나 건강보조식품임을 기억하고 복용하는데 주의를 기울여야 할 것이다.

참고문헌



작성자 : BS실 박혜선 주임

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2018/11/05 09:06 2018/11/05 09:06
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"2013년 우리나라의 에이즈 감염자는 누계 1만 명을 넘어 공식적으로 에이즈 확산 위험 국가가 되었습니다. 2008년 백신 개발 국제 심포지엄에서, 한국은 에이즈 감염자가 잠복기를 거쳐 '폭발 직전'이라는 발표가 있었습니다. 한국에이즈학회 부회장은 '미국이나 태국의 사례를 보면 에이즈 감염자가 1만 명을 넘어서면서부터 신규 감염자가 기하급수적으로 증가한다. 우리도 이와 비슷하게 에이즈가 증가할 가능성이 크다'며(동아일보, 2008.4.4.) 한국이 에이즈 확산 위험 국가가 될 것을 경고한 바 있습니다."
한국은 "에이즈 위험국가?" 그것도 틀렸다. 中 발췌
http://www.newsnjoy.or.kr/news/articleView.html?idxno=220301

위와 같이 2014년에 건강한 사회를 위한 국민연대 블로그에 "한국은 에이즈 위험 국가?" 라는 글이 올라오면서 많은 이슈가 되었다. 하지만 최근에 이 블로그 글에 대한 해명 자료가 발표되면서 AIDS(후천성 면역결핍증, Acquired Immunodeficiency Syndrome)와 HIV(인간면역결핍바이러스, Human Immunodeficiency Virus)에 대한 대중의 관심이 높아지고 있다.
이들이 말하고 있는 "에이즈 위험 국가"라는 게 무엇인지 짚기 전, 또한 감염인이라고 하여 차별받지 않도록 먼저 HIV와 AIDS에 관해 공부해보도록 하자.

우리 몸의 면역시스템

우리 몸의 면역시스템은 다음과 같이 간단하게 설명할 수 있다. 먼저 우리 몸에 Non-self한 병원균(pathogen)이 들어오게 되면, 초기에 macrophage, NK cell 등의 대식세포가 병원균을 인식하고, 해당 병원균의 정보를 Helper T-cell로 전달하게 된다. 그 병원균의 정보를 통해 killer T cell이 해당 병원균을 직접 죽이거나 B cell을 통해 그 정보를 기억해 두었다가 이후에 다시 침투하였을 때 병원균이 작용하지 못하도록 항체를 만들어 물리치고 있다.





HIV와 AIDS의 정의

HIV는 Human Immunodeficiency Virus로 인간의 면역체계를 파괴하는 레트로 바이러스이다. 즉 단백질과 RNA로 된 바이러스로 구성되어 있다. 우리 몸에 침투한 HIV 는 바이러스의 정보를 다른 세포들에 전달하는 Helper T-cell 중 하나인 CD4+ T-cell 을 공격한다. 우선 CD4 T-cell 에 구멍을 뚫고, 자신의 RNA를 세포 속에 집어넣는다. 세포 안에 들어간 RNA는 ‘역전사효소’라는 효소를 만들어 DNA로 변신한 다음 CD4의 DNA 속에 끼어들어 간다. 다음은 CD4를 이용해 수백~수천 개 HIV로 증식한다. 충분히 증식한 HIV는 CD4의 ‘자살유전자’를 활성화시키는 것으로 알려졌다. 즉 이용가치가 끝난 CD4에게 ‘자살하라’는 명령을 내림으로써 CD4를 죽게 만드는 것이다. 이를 통해 CD4가 혈액 1ml 안에 2백 개 이상 떨어지게 되면, 우리 몸의 면역 체계가 무너지게 되어 평소 쉽게 퇴치했던 병균들이 우리 몸을 유린하게 된다. 이를 후천적 면역결핍 증후군(AIDS)라고 한다.




[그림2] HIV life cycle


HIV의 감염

HIV의 전파는 바이러스 또는 바이러스에 감염된 세포가 있는 체액의 접촉을 통해 이루어진다.

의학계 통계에 따르면 HIV가 체내로 유입될 확률은 보균자의 혈액을 직접 수혈받을 때가 95% 이상, 감염된 산모가 출산하였을 때 아기가 보균하게 될 확률이 25~30%, 의료행위 중 사고가 0.3%, 성관계를 통한 확률이 0.1~1%로 나타나고 있다. 그러나 대부분의 감염 즉, 약 98% 이상의 HIV가 전염되는 경우는 성관계를 통한 전염이라고 한다.
많은 사람들이 에이즈의 전염 경로를 오인하여 보균자들이 불가피하게 사회로부터 고립되는 경우가 종종 있다. 침, 땀 등의 타액 또는 감염인과의 피부접촉, 모기 등으로는 전염되지 않는다고 하니 특별한 의료사고가 일어나지 않는 한 AIDS에 걸릴 일은 상당히 드문 일이다.



[그림3] HIV 감염경로


HIV 잠복세포

HIV 감염환자에 대한 anti-retroviral therapy 등의 치료법 도입으로 인해 HIV로 인한 사망률이 크게 낮아지고 있다. 그러나 HIV virus의 일부는 잠복감염 상태로 비활성화되어 CD4 T-cell 에 삽입된 채로 치료법으로도 완벽히 제거되지 않아 치료를 중단하게 되면 재활성화되는 것으로 알려졌다. 이러한 잠복감염 세포까지 완전히 제거하는 것이 HIV의 완전한 치료이므로 HIV 잠복세포의 메커니즘과 제거를 위한 연구가 다각도로 이루어지고 있다.



[그림 4] HIV의 잠복
출처 : HIV latency and reactivation model(Cohen et al., 2011)


HIV 잠복세포와 후성유전적 요소의 역할

HIV 잠복감염의 메커니즘을 밝히기 위하여 인간 게놈상의 virus 삽입 위치, Tat 혹은 Rev와 같은 virus 단백질의 역할, 숙주 세포의 전사 인자나 microRNA와 같은 조절인자, virus 삽입 위치의 히스톤 변형 혹은 메틸화와 같은 크로마틴 상태 등 다각도로 연구가 진행되고 있다. 그 중 특히 HIV 잠복세포 내의 삽입된 HIV 전사 작용이 후성유전적으로 이루어지고 있다는 보고가 아래와 같이 지속해서 이루어지면서 HIV 만성감염 세포에서 HIV 5' LTR의 후성유전학적 변형이 HIV의 전사 및 복제를 조절하는 것을 확인할 수 있었다.


  1. 히스톤 아세틸화를 제거하는 효소인 HDAC은 YY1, LSF, CBF1과 같은 숙주의 전사인자들에 의하여 HIV의 LTR에 결합하여 HIV의 전사를 억제함(Gordon et., al 2006, Ylisastigal et al., 2004, Williams et al., 2006).
  2. 전사 유도와 주로 관련이 있는 히스톤 아세틸화와는 달리, DNA 메틸화는 발현 유도와 억제 기능이 모두 알려졌는데, 그 중 H3K9me3 변형은 SUV39H1 효소에 의해 매개되어 HIV LTR에 heterochromatin 을 형성함으로써 전사를 억제함(du Chene et al., 2007).
  3. 다른 전사 억제효소인 CTIP2는 HDAC1, HDAC2, SUV39H1, HP1 단백질들을 유도하여 heterochromatin 을 형성함으로써 HIV 전사 억제를 유도함(Marban et al., 2007)

[그림 5] HIV 잠복세포를 조절하는 후성유전학적 기작
출처 : Epigenetic regulation mechanism of HIV latency cell(Coiras et al., 2009)


참고 영상

(1) HIV/AIDS 치료는 왜 그렇게 어려울까요 - 쟈넷 이와사(https://youtu.be/0TipTogQT3E) 
(2) 인간 면역 결핍 바이러스, HIV란?(https://youtu.be/uMGtJa7jPo4)


작성자 : DSC 박 원

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2018/10/19 08:40 2018/10/19 08:40
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(주)인실리코젠 창립 14주년 기념

2018년 10월 1일은 (주)인실리코젠 창립 14주년 기념일이었습니다.
기념식부터 산책까지, 그 날의 사진을 모아봤어요~

함께 보실까요? ^^




작성자 : 브랜드위원회, 편집에 도움주신 분 : 김영종

Posted by 人Co

2018/10/10 17:32 2018/10/10 17:32
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