Insilicogen's first PechaKucha night!!

지난 2009년 8월 21과 22일에 걸쳐 대한환경위해성보견과학회 workshop과 관련한 당사 워크샵이 있었고, 여기서 당사에서는 처음으로 PechaKucha를 실시하였습니다. PechaKucha에 관한 자세한 사항은 여기에서 볼수 있습니다. PechaKucha의 원칙적인 Rule은 20장의 슬라이드를 20초씩 발표하는 것이지만, 당사에서는 처음시도되는 것이고, 참석자 전원이 발표를 해야해서 6장 슬라이드에 20초씩 발표 하기로 했습니다.

물 론 첨엔 다들 반신반의 했습니다. 워크샵의 일환으로 기획되었지만, 가서 발표하려면 준비도 해야하고, 일반적인 자료발표와는 달리 20초 안에 한장의 슬라이드에 대한 내용을 압축적으로 설명하고, 그림도 한번보면 척~ 알수 있는 핵심적인 내용으로 잘 꾸며야 했기에 적지 않이 부담이 되었습니다. 주제는 자유주제로 각자 골라서 발표하기로 하고, 발표후 인기투표를 통해서 상위 두사람에게는 상품권도 주기로 했습니다.

페차쿠차 각 팀별 우수작품으로 간추려 보았습니다.

페차쿠차 각 팀별 우수작품으로 간추려 보았습니다.


밤이 되어서, 준비해간 빔프로젝터 대신 커다란 평면TV에 화면이 준비되고, 강대리님의 첫발표를 시작으로 PechaKucha를 시작했습니다. 한분한분 숨겨둔 슬라이드를 들고서 20초씩 설명해가는 와중에 관심어린 눈빛과 탄성을 통해서 인실리코젠의 PechaKucha night은 재미를 더해갔습니다. 발표된 내용들도 다양했습니다. 임천안 실장님은 골프 에티켓과 기본적인 지식등에 대해 알려주셨고, 회사에서 커피를 내리는 태선임은 다양한 커피에 대한 정보를 알려 주셨으며, 조팀장님은 실제 야구공을 들고 투수가 던지는 공의 구질에 대해 발표하셨습니다. 이때 지켜보던 많은 사람들이 조팀장님이 들고 계신공을 돈주고 사고싶어지는 구매욕을 느끼기도 했습니다(조팀장님의 마케팅실력??). 지난 일들에 대한 회고를 정리해서 발표하신분들도 있었습니다. 김경윤씨는 지난 인생의 기록들을 모아서 6장의 슬라이드에 담아주셨고, 강연경대리님은 당사에서일어난 일년간의 일들에 관해서 회고해 주셨고, 디자이너이신 김성진씨는 지난 프로젝트결과물들을 멋진 그림으로 채워서 보여주셨습니다. 박병준대리는 지난일을 회고 하고, 근래에 하고있는 여가활동에 관해 얘기해 주시기도 했습니다. 다소 전문적인 내용을 소재로 발표해주신 분들도 있었는데요, "입자 가속기 LHC와 컴퓨터 과학"이라는 주제로 도저히 2분안에 설명이 불가능한 주제를 간략하고 잼있게 소개해주신 김용일씨가 있었고, 일상적으로 사용하는 컴퓨터키보드중에서 흔히볼 수 없는 독특한 기종들을 모아서 정호진수석 컨설턴트님이 발표해주셨습니다. 박준형팀장님과 김형용팀장님은 각각 "결혼까지의 골인"과 "한국의 프로그래머 성공 스토리" 라는 주제를 가지고, 실질적이며 교훈이 될만한 내용을 알려주셨습니다. 박준형팀장님의 발표내용은 특히나 나이많은 싱글들에게 많은 영향을 주었고, 김형용팀장님은 당사의 개발자들에게 프로그래머로서 성공할 수 있는 대표적인 케이스를 선보이시면서 개발자들이 가야할 길에 대해 제시하셨습니다. 그리고, 파견근무후에 늦게 합류한 분들도 발표를 해주셨는데, 김경의씨는 본인의 사진활동에 대해서 감성어린 자료로 많은 사람들에게 감동을 주었고, 이규열선임은 구글에서 검색되어지고, 보여지는 당사의 내용에 대한 분석자료를 내놓아서 생물정보 컨설턴트로서의 기질을 십분발휘한 멋진 발표를 해주셨고, 신윤희선임은 "따스한 세상 만들기"라는 주제로 전세계 불우한 어린친구들을 구하고, 후원하는 내용을 발표하시고, 참석한 당사 성원들에게 전세계에 평화와 안녕에 힘써달라는 메세지를 전해주셨습니다. 그리고 마지막으로 바쁜일정을 소화하시고, 도착하신 강병철실장님은 우리가 익히 알고 있는 거장들의 잘 알려지지않은 내용을 소재로, 간과할수 있는 그러나 눈여겨 볼 만한 사실을 캐내는 경험을 선사 하셨습니다.

늦게 도착하신 강병철실장님을 제외하고, 인기투표가 있었는데요, 두구두구두구두구....

짜 잔.. 최우수상은 아름다운사진들로 참석자들에게 사진의 미학에 대해 알려주신 김경의씨가 수상했고, 우수상은 전우리군의 어머니이자 틈틈히 어려운 이웃들의 후원에 힘쓰시는 신윤희선임이 수상하셨습니다. 다시한번 축하드립니다. 사실 인기투표에서는 공동일등을 하셨구요. 그리고 마지막으로 바쁜일정을 소화하시고, 도착하신 강병철실장님은 우리가 익히 알고 있는 거장들의 잘 알려지지않은 내용을 소재로, 간과할수 있는 그러나 눈여겨 볼 만한 사실을 캐내는 경험을 선사 하셨습니다.

아울러 투표결과와 상관없이 준비하시고 발표해 주신 모든 분들께 감사드립니다. 특히나 PechaKucha를 제안하시고, 추진하신 김형용팀장님 수고 하셨습니다. 일정이 끝나고 다들 꼼꼼한 준비와 유창한 발표실력에 서로들 몰랐던 새로운 사실을 알아가는 유익한 자리였습니다. 이번 워크샵과 PechaKucha를 통해서 인실리코젠에서는 다시한번 성원들간의 경험을 공유하고, 같이 성장하는 기회가 되었습니다.

모두들 수고하셨습니다.

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2009/09/11 17:16 2009/09/11 17:16
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바닥 색상을 바꿧을 뿐/이/고~

(주)인실리코젠은 지난 8월 29일 ~ 30일에 내부 확장 및 바닥공사를 시행하였습니다. 이번 공사의 목적은 기업부설연구소 자리를 확보, 늘어난 인원의 자리를 마련하고, 회사 내부 분위기를 좀 더 산뜻하게 바꿔보기 위해서 추진되었습니다.

우 선 회사 전체 바닥은 기존에 일반적인 파란색 타일 대신 나무냄새가 물씬 풍기는 데코타일을 사용하였습니다. 그리고, 기존에 기획관리실 자리를 부설연구소 자리로 바꾸면서 자리를 하나 늘렸습니다. 현재 중앙 업무 공간에는 사장님 방과 기획관리실, 생물정보실, 공공사업팀이 위치해 있고, 중앙업무공간과 부설연구소 사이에 4개의 자리를 더 확보하였습니다.

바쁘신 와중에도 바닥공사를 기획하고 주말도 반납하시고 수고하여 주신 임천안 실장님과 박병준 대리님께 감사드립니다.

아래는 기존 공사 전 사진과 공사 후 사진을 올렸습니다.

공사 전

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소회의실

대회의실 및 기획관리실 입구

공사 후

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소회의실

왼편: 추가로 늘어난 4자리,
오른편
: 기업부설연구소 입구

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대표이사 공간

비지니스 업무공간

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2009/09/08 09:07 2009/09/08 09:07
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Glter v1.0 beta release

홈페이지에서 지식관리까지...


2009 년 9월 2일 08시는 (주)인실리코젠의 기념비적 날입니다. 저희 회사에서 5개월 가량 글터(Glter)라는 코드네임으로 개발이 진행되었던 위키엔진이 v1.0 beta로 9월 2일 내부세미나를 통해 공개되었습니다. 이로써 당사에서는 베일을 벗은 차세대 위키엔진을 기반으로 데이터 웹과 지식관리 전문기업으로 발돋움 하기 위한 첫 걸음을 내디뎠습니다.

글터는 리소스지향적인 설계, 관계형 데이터베이스(RDBMS)와의 확장성과 사용자 활용성을 높힌 웹 어플리케이션목표로 설계되었습니다. 주요기능으로 위키 본래의 협업용 문서작성기능과 함께, 다자간 협업강화을 위한 web2.0 기반의 다양한 부가기능을 접목하고, 독립 홈페이지로도 활용이 가능한 특징을 갖고 있습니다.

본격적인 공개전에 Glter의 특징을 간략하게 소개하면, 편리한 WISWIG 에디터, 원격 자동화가 가능한 RESTful wiki, 동적 테마와 메뉴로 홈페이지로 활용가능, 타 관계형 데이터베이스와의 유기적 연결이 가능 등 차별화된 웹 플랫폼입니다.




새로운 웹 문화, 지식관리의 문화를 선도할 글터는 내부 베타테스트를 거쳐서 다듬어진 후 공개될 예정입니다. 모쪼록 베타 테스트기간 동안 성원들의 따끔한 충고와 따뜻한 격려를 받으며 좀 더 안정되고 세련된 모습을 갖추고 여러분앞에 모습이 나타나기를 기대해봅니다.

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2009/09/04 16:35 2009/09/04 16:35
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PathwayStudio 사용자 교육 후기

ARIADNE GENOMICS사의 Pathway 분석 제품인 PathwayStudio의 사용자 교육이 8월 31일(월) 오전 11시부터 당사 회의실에서 있었습니다. 이번 사용자 교육은 한국생명공학연구원과 중앙대학교에서 몇몇 연구원분들이 참석한 가운데 저희 회사 생물정보실의 박준형 팀장님께서 진행을 해주셨습니다. 저희 회사의 소개로 발표가 시작되었고, 약 3시간에 걸쳐서 진행된 교육은 직접 시연을 통해 PathwayStudio 사용법을 자세하게 살펴보는 시간이었습니다.

시연의 내용으로는 PathwayStudio의 인터페이스 소개에서부터 기본 사용법과 유용한 기능들에 대해 알아보고 기능들을 활용해서 단백질, Small molecules, Cell processes 등 다양한 Entity 사이에 어떠한 관계를 가지고 있는지 Pathway를 직접 그리면서 시연해 주셨고, 최근에 이슈가 되고 있는 텍스트마이닝 기법을 이용한 MedScan을 활용하여 NCBI PubMed의 문헌정보 뿐만 아니라 자신이 가지고 있는 PDF, TXT 파일에서 자동으로 생물학적 상호작용에 대한 정보를 추출하는 방법에 대해서도 배워보았습니다. 특히 연구자의 마이크로어레이데이터와 실험데이터를 이용하여 pathway를 재구성 하는 내용은 참가자들로부터 많은 관심을 받았습니다.

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사용자 교육을 하고 계신 박준형 팀장님과 교육에 참여하고 있는 참석자분들


사용자 교육 중간에는 다함께 점심을 먹으며 저희 회사 이야기와 참여하신 분들의 연구실 이야기 등 화기애애한 이야기를 주고받는 시간을 갖기도 했습니다. 점심시간 이후에도 교육이 계속 진행되었고, 교육에 참여하신 분들이 그 동안 PathwayStudio를 사용하면서 궁금하셨던 점에 대해 질문하시고 박준형 팀장님께서 질문에 대해 직접 시연으로 답변을 해주셨습니다. 이번 사용자 교육은 일방적인 Presentation 발표와는 달리 직접 PathwayStudio 사용 방법에 대해 시연을 함으로써 양방향 커뮤니케이션이 가능하여 사용자 입장에서 좀 더 유익한 시간이 되었을 것이라고 생각합니다. 앞으로도 사용자와 소통할 수 있는 교육의 자리가 많이 만들어졌으면 합니다. 마지막으로 사용자 교육을 마치고 저희 회사 이미지월 앞에서 그날 참석하신 분들과 함께 찍은 기념사진을 담아보았습니다.

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사용자 교육에 참여한 모든 분들과 기념사진

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2009/09/03 08:01 2009/09/03 08:01

진단 시험법의 패러독스

통계적으로 우수한 진단 시험법의 이면에 대한 생물정보실의 강병철 박사의 경험에 대한 이야기 입니다.
-- quipu


이번 달 초에 둘 째 아이를 임신중인 아내의 혈액검사에서 다운증후군 위험율이 높다는 진단이 나왔다. 확진을 위해서 양수를 샘플링해서 태아의 핵형검사 결과를 했고 지난 19일에 그 결과를 확인하러 갔다. 검사 결과를 기다리는 10여일간 아내는 꽤 걱정스러워했고, 난 아래의 역설을 들며 걱정말라고 위로했다. 하지만, 솔직히 불안한 마음 어쩔 수 없었다. 지식과 마음에는 분명한 간극이 존재한다...

진단 시험법의 역설은 정확도가 높은 진단 검사법도 실제의 정확도를 다시 볼 필요가 있다는 점을 보여준다. 아래의 예를 보자.
만약 '암'을 검사하는 매우 좋은 진단법이 있다고 가정하자. 암환자가 검사를 받으면 99%의 확률로 양성 반응을 보이며 암이 없는 환자가 검사를 받으면 99%로 음성 반응보인다. 즉, 1%의 오류율을 보이는 매우 정확한 방법이다. 여기서, 다시 인구 1만명당 1명이 암을 가진다고 가정할 때, 어떤 사람이 검사를 받았고, 결과가 양성으로 나왔다. 이런 경우에 그 사람이 진짜 암환자일 확률은?

정말 좋은 검사법으로 보여진다! 하지만 실제 임의의 사람이 위 검사법으로 검사하고 양성으로 나올 때 실제 암이 걸렸을 확률은 단지 1% 조금 못된다. (참고: [베이즈 정리])

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여기서,
  • P(C | +)는 우리가 얻고자하는, 검사결과가 양성일 때 암일 확률이고,

  • P(+ | C)는 암환자의 양성율로 이 예제에서는 99%, 즉, 0.99이며,

  • P(C)는 사전확률이라는 용어로 표현되며 집단중에서 실제 암환자의 비율로 본 예제에서는 1 / 10000 이다.

  • P(N) = 1 - P(C), 집단중에서 정상인의 비율

  • P( + | N)은 위양성율(false positive)로 본 예제에서는 1%이다.

실제 계산을 해 보면 P(C | +)는 0.0098로 위의 검사법을 임의의 사람에게 검사하고 양성이 나왔을 경우, 실제 암일 확률은 1%도 안되는 것이다.

In [1]: PosCancer = 0.99
# P(C|+)
In [2]: AllCancer = 1.0 / 10000
# P(C)
In [3]: AllNormal = 1 - AllCancer
# P(N)
In [4]: PosNormal = 0.01
# P(+|N)
In [5]: CancerPos = ( PosCancer * AllCancer ) / ( PosCancer * AllCancer + PosNormal * AllNormal)
In [6]: print CancerPos # P(C|+)
0.00980392156863

사실 병원에서는 다운증후군 혈핵검사를 할 때 80%의 정확도가 있다고 설명한다(60% 정확도 검사는 의료보험이 되지만, 80%는 되지 않는다). 그리고, 여기서 양성이 나오면 거의 대부분의 산모는 70 ~ 80 만원의 비용을 내고 핵형검사를 할 수 밖에 없다.

불안과 공포를 과학으로 포장해서 팔면 장사가 잘된다.

-- 강병철 (생물정보실)


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2009/08/27 08:56 2009/08/27 08:56
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