지식관리팀과 생물정보팀의 주 개발환경은 파이썬(python) - 장고(django)입니다.

파이썬은 초보자부터 전문가까지 폭넓은 사용자층을 보유하고 있는 동적 타이핑(dynamic typing) 범용 프로그래밍 언어입니다. 다양한 플랫폼에서 쓸 수 있고, 라이브러리(모듈)가 풍부하여, 대학을 비롯한 여러 교육 기관, 연구 기관 및 산업계에서 이용이 증가하고 있습니다. 구글을 비롯한 다양한 기업에서 폭넓게 활용되고 있으며 쉬운 문법과 다양한 라이브러리를 통해 생물정보학을 비롯한 과학기술분야에도 많이 사용됩니다.

장고는 파이썬으로 만들어진 웹 프레임워크입니다. 라이브러리와 프레임워크의 차이점은 해당 기능을 빌려서만 사용하느냐, 전적으로 구현방식을 따라가느냐의 차이인데, 장고는 웹개발을 위한 프레임워크로서 개발자로 하여금 안정된 웹 어플리케이션을 신속하게 개발할 수 있도록 도와줍니다. 국내에는 워낙에 자바, JSP 기반 웹 어플리케이션이 많아 널리 알려지지는 않았지만, 그 안정성과 성능 및 쉬운 개발방식으로 전세계에 폭넓게 사용되고 있습니다.

얼마전, 국내에도 첫 번역서가 소개되어 많은 웹사이트들이 장고로 개발될 것으로 보여집니다. 지식관리팀 김형용 팀장이 이 책의 서평을 쓰기도 했습니다.

Django book Django book

장고의 중요한 특징 가운데 한가지는 특정 기능을 담은 어플리케이션을 컴포넌트 형태로 개발해서 이를 조합하여 운영할 수 있다는 점입니다. 지식관리 및 생물정보학에 관련된 다양한 기능들을 컴포넌트 형태로 독립구현하고, 사용자의 요구사항에 맞도록 조합하여 최적화된 서비스를 제공하고자 합니다. 당사 지식관리팀에서는 지식관리 중추역할를 위한 코어부분을 담당하고 있으며, 생물정보팀에서는 특정 생물정보 분석기능을 단위별로 구현하고 조합하며 고객의 요구사항에 부응하고 있습니다.

파이썬과 장고에 관심이 많고, 지식관리 및 생물정보 도메인에서 가치을 만들어 내고 싶은 분은 언제든지 지식관리팀으로 연락주시기 바랍니다. (참고로, 당사 공공사업팀의 주 개발환경은 Java입니다.)

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2009/05/19 15:40 2009/05/19 15:40
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지난 4월 22일~23일, 생물정보팀은 한국과학기술연구원(KIST) 국제협력관에서 열린 2009 대한 환경 위해성 보건 과학회 춘계 워크샵에 다녀왔습니다.

비바람이 그치고 청명하게 개인 날씨의 KIST 국제협력관을 찾아가는 길은 파릇파릇한 봄내음으로 가득하여 발걸음이 가벼웠습니다. 아침 일찍부터 멀리서 찾아오신 많은 분들을 위하여 준비된 다과들은 주최 측의 세심한 배려가 돋보였습니다. 이번 워크샵과 교육프로그램에는 정말 많은 연구자들의 학문에 대한 열정으로 진행되었고, 발표가 끝나고서도 학회장 밖의 플로어에서의 개별 질문공세와 답변을 듣는 모습을 보면서 이 분야의 관심이 새삼 대단함을 느꼈습니다.

사용자 삽입 이미지
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첫째 날 열린 워크샵은 환경 위해성과 환경 보건 분야의 차세대 미래 기술을 위하여 '나노물질의 최신 위해성 평가기법'과 '환경독성물질의 검출에서 signal transduction 및 omics까지'라는 두 가지 큰 테마로 진행되었습니다. 나노물질에 대한 물리화학적 특성을 이용한 기작, 환경에 미치는 영향 및 나노기술의 전망까지 전반적인 나노 물질의 위해성 평가 기법에 대한 내용을 바탕으로 구성된 첫 번째 테마의 오전 워크샵이 진행되었고, 이어서 각 환경에서의 환경독성물질의 검출과 이를 이용한 genomics, proteomics 전략 기법을 다루는 내용으로 구성된 오후의 두 번째 테마를 통해 나노물질의 위해성과 환경독성물질 검출에 대한 기본 개념과 평가 기법을 습득할 수 있었습니다.

이튿 날, 교육 프로그램에서는 최신 환경 보건 위해성 평가기법이라는 주제로 환경 위해성 노출평가 개론은 물론 여러 환경(미생물, 환경생태, 해양 생물, 독성유전체 등) 위해성 평가에 대한 최신 실험 기법들의 소개되었고, 전날의 워크샵과 연관되어 기초적인 내용에서부터 관련분야에 응용하여 연구되어야 할 것들도 많음을 다시 한번 깨닫는 시간이 되었습니다. 또한 교육을 끝마치고 수여된 교육 수료증은 이틀간의 학문 교류에 대한 시간을 더욱 뜻깊게 만들어 주었습니다.

이제 시작에 불과한 나노물질의 위해성 평가 및 차세대 환경 위해성 평가 기법은 앞으로 꾸준한 관심 대상이 될 것은 확실한 사실이며, 이제 시작하는만큼 결과에 대한 시행착오도 많이 겪을 것입니다. 이렇게 분석된 쏟아지는 데이터들과 정보들은 합당한 솔루션들이 제공되어야만 할 것이고, 그 주축에는 우리 (주)인실리코젠이 항상 자리할 수 있도록 준비하고 노력해야 할 것이라 말씀드리며, 이틀 간에 걸친 학회 참석의 후기를 마칩니다.

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2009/05/19 14:58 2009/05/19 14:58
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고색 사거리까지 오는 길은 Contact 페이지와 온라인 지도를 참고하시고, 아래는 많은 분들이 혼동하는 고색사거리에서 수원첨단벤처벨리까지의 길을 동영상으로 만들었습니다.  (지하차도를 막 나왔을 때, 오른쪽에 보이는 높은 건물이 수원첨단벤처벨리 입니다.)


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2008/10/16 07:43 2008/10/16 07:43
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양평에서 열리는 대한독성유전/단백체학회도 참석하는 동시에 하계 단합대회를 가게 되었답니다.
8월 22일부터 23일까지 1박 2일이란 짧은 시간이였지만 긴 여운을 남겨준 여행 후기를 간추려 보았습니다.

산좋고 물좋은 양평의 어느 골짜기 안에 마치 동화책 속에서 막 튀어나온 것 같은 유럽풍의 펜션들이 옹기 종기 모여 있었답니다. 우리의 숙소도 역시나 예쁘고 아담한 집이였답니다.( 기상 악화로 인해 사진 촬영이 예쁘게 나오지 못한 관계로 홍보용 사진에서 발췌하였습니다.)

전 원적인 풍경과 여유로움, 평화로움만이 가득할것 같은 이 곳에 우리를 경악하게 하는 것이 있었으니 그것은 바로 난간 없는 다리!. 글자 그대로 난감하기 이를데 없는 다리였답니다. 양쪽에 난간이 없이 계곡위에 덩그러니 놓여진 다리는 운전대를 잡으신 팀장님들의 손에 땀을 쥐게 했었지요. 자칫 계곡으로 입수할 수도 있는 위험 속에서 차안에 있던 모든 사람들 학회를 마치고 숙소로 돌아가는 길에도 여지없이 다리를 건너가야 했으니 어두운 밤이라는 옵션까지 덧붙여져 스릴 만점의 경험을 하게 되었답니다.

단 합대회에서 가장 인상 깊었던 순간은 김팀장님이 주도하신 일명 ‘자기소개’ 발표 시간이였습니다. 자신의 사진들과 해왔던 일들, 인상깊게 본 영화나 책, 앞으로 하고 싶은 꿈과 일등을 위키에 올리고 빔 프로젝터로 함께 보면서 자신에 대하여 알리는 의미있는 자리였습니다. 늘 업무적인 상황이 업데이트되는 위키에서 개인적인 이야기들이 꼬리를 물고 이어져 있어서 진풍경을 자아내기도 했습니다. 정말 하고 싶은 말과 하고 싶은 일들이 많으신 김팀장님, 그분과 정면에 앉아있다가 단박에 다음 타자로 걸려 곤혹을 치룬(?) K양, 바다사나이 규선임님, 요리와 책을 좋아하시는 현모양처형 강대리님, 남자답고 까칠해 보여도 마음은 부드러운 박대리님, 몽환적인 영화를 좋아하시는 ‘커피프린스’ 태선임님, 음악 취향이 조숙해서 모두를 놀라게 했던 영훈씨, 정치적 성향까지 적어주신 철저함이 보이는 전선임님, 사랑스러운 아기 자랑에 여념이 없으셨던 신선임님, 사진의 반쪽은 어디로 갔을까 호기심을 불러일으키신 신주임님, 최고의 사진을 띄우셔서 빛나보이셨던 정팀장님, 달콤한 연애 중이셔서 부러움과 질투를 한몸에 받으셨던 박박사님, 라이브 카페에 대한 멋진 계획을 갖고 계신 조팀장님, 야구를 좋아하셔서 야구선수와 함께 찍은 사진을 자랑스럽게 보여주신 이팀장님, 가족 사랑이 넘치시는 훈남 사장님까지... 한 분씩 이야기를 풀어나가는 모습 속에 조금 더 웃게 되고 조금 더 인간적으로 가까워지게 된 느낌은 모두가 공감했으리라 생각됩니다.

또 다른 특별했던 시간.. 서로에 대한 느낌이나 하고 싶었던 말을 솔직하게 적는 롤링페이퍼는 학창시절 종종 해봤던 이벤트였었지요. 자기소개 발표가 다른 사람에 대해 알아 볼 수 있었던 기회였다면, 롤링페이퍼에서는 다른 사람의 눈을 통해 바라본 자신에 대해 배울 수 있었습니다. 익명으로 진행된 시간이였기 때문에 조금 더 자유롭고 진솔하게 느낀 점들을 털어놓을 수 있었는데요. 덕분에 부작용이 있었다면 까칠하다는 글을 받은 한분이 충격을 받으셔서 조금더 철저한 익명속에 이루어져야겠다는 생각이 들었습니다.

돌아가는 날에는 하늘이 얄미울 정도로 화창했습니다.
아름다웠던 전원 풍경들을 뒤로 남겨두고 돌아서는 길에서 아쉬움이 남았지만 그보다도 야 외활동에 대한 미련도 컸었습니다. 덕분에 진솔한 시간을 갖기도 했지만 다음 기회에는 활동적이고 신체 단련을 도모할 수 있는 프로그램도 함께 할 수 있었으면 하는 바람도 가져봅니다. 겨울에 있는 워크샵 때는 더욱 즐거운 사건들이 펑펑 터지길 기대하며...

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2008/10/08 11:29 2008/10/08 11:29
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지난 9월 8일 ~ 9일 양일 간 2008 추계 한국유전체학회(http://www.kogo.or.kr )가 카톨릭대학교 강남성모병원 의과학연구원에서 열렸습니다. 인실리코젠은 2층 대강당 앞에 홍보부스를 마련하여 회사소개 및 제품설명을 하는 자리를 가졌습니다. 부스를 방문하여 주신 많은 연구자 분들에게 감사하다는 인사를 드립니다.

학회 둘째날인 9월 9일에는 Lunch Workshop을 국가생물자원정보관리센터(KOBIC, http://www.kobic.re.kr )과 공동으로 주관하여 진행하였습니다. Lunch Workshop 발표는 Bioinformatics Applications for Next Generation Sequencing Technologies 라는 주제로 박준형 생물정보팀 팀장이 발표하였습니다. 주된 내용은 요즘 이슈가 되고 있는 NGS(Next Generation Sequencing) 데이터를 효과적으로 분석할 수 있는 기술에 대한 내용이었고, CLC bio사의 Genomics Workbench 라는 소프트웨어를 함께 소개하였습니다.

Lunch Workshop에 참석해 주신 분들께 점심식사와 함께 생물정보 연구지원에 대한 설문조사가 있었습니다(설문지 보기). 아래에 설문조사결과를 공개합니다.

설문에 참여한 기관은 8개 대학, 2개 연구소, 2개 기업이 참여하였으며, 설문에 참여하신 분들의 실명이나 실제 기관은 거론하지 않았음을 알려 드립니다.

설문 결과

설문조사결과, 대학에서 많이 참여해 주셨고, 직급별는 대학원생과 연구원이 가장 많았습니다. 실질적인 연구하시는 분들이 주로 참석해 주신 것 같습니다.

연 구 분야를 보면 여러 분야의 일을 하시는 분들이 참여해 주셨는데 SNP 분석, Expression 분석 쪽의 일을 하시는 분들이 많았습니다. 소프트웨어의 필요성 부분을 보면 필요하다 와 필요하지 않다가 거의 비슷한데, 이는 아직 소프트웨어를 접해 보지 못하신 분들이 있거나, 소프트웨어를 사용할 만큼의 데이터가 마련되어 있지 않아서 필요성을 느끼지 못한다는 생각이 듭니다. 컨설팅이 필요한 부분을 살펴보면, 여러가지 내용이 있는데 현재 연구자 분들이 고민하고 계시는 부분을 언급된 것 같습니다.

성심성의껏 설문을 작성해 주신 모든 분들께 다시 한번 감사하다는 말씀 드리고, 설문조사 결과를 바탕으로 더욱 더 발전해 나가는 인실리코젠이 되고자 노력하겠습니다.

Posted by 人Co

2008/09/22 08:14 2008/09/22 08:14
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