미생물에서는 오페론을 통하여 유전자 발현을 조절하지만, 다세포생물의 경우 물리적인 상호작용을 통하여 특정한 DNA나 조절단백질의 작용에 의해 유전자 발현이 조절됩니다. 유전자 발현 조절에 관여하는 인자를 transcription factor라고 하며 이 transcription factor가 어떤 부위에 binding 하는지에 따라 다양한 유전자들이 발현하게 됩니다. Transcription factor는 다양한 외부의 자극과 요인에 의해 작용하게 됩니다.



이때, transcription factor가 부착하는 위치를 transcription factor binding site(TFBS)라고 합니다. 이러한 유전자 조절에 중요하게 작용하는 transcription factor binding site들의 정보들을 제공하고 분석할 수 있는 툴인 TRANSFAC에 대해서 소개하려고 합니다.

TRANSFAC은 geneXplain사에서 제공하는 데이터베이스 겸 분석툴로써 진핵생물의 transcription factor나 binding site, 유전자나 단백질, pathway 등에 관한 다양한 정보들을 담고 있습니다.



그 중, 가장 주된 기능은 positional weight matrix(PWM)의 라이브러리를 활용하여 서열 내의 TFBS를 예측하는 것입니다. TFBS 분석은 일반적인 방법으로 분석하는 Match, 한 쌍의 TF를 찾아주는 composite model과 overrepresented TFBS를 찾아주는 FMatch가 있습니다. 가장 보편적으로 사용되는 방법은 Match 방법으로 미리 큐레이션 되어 있는 Matrix를 가지고 TFBS를 예측합니다.

TFBS 예측을 위해서는 Matrix 리스트들이 있어야 하는데 이 list들이 만들어지는 패턴은 아래와 같습니다.

다양한 논문 등으로부터 수집되어진 TFBS 서열을 행렬로 만들어 PWM 라이브러리를 생성합니다. 이 라이브러리를 이용하여 input으로 넣어준 서열과 설정해둔 cut-off 값에 따라 해당하는 PWM을 검색하여 서열상에서 TFBS을 유추할 수 있습니다.

아래의 실제 wizard를 함께 보시죠.



분석할 파일을 넣고 method에서 Match, FMatch, composite model 중 원하는 분석을 선택한 다음 cut-off 값을 세팅하여 분석을 진행하면 아래와 같이 TFBS를 예측하여 결과를 보여줍니다.



분석한 서열상에 존재할 수 있는 모든 TFBS들을 테이블 형태로 보여주며 matrix ID를 클릭하게 되면 해당 matrix에 대한 자세한 정보를 확인할 수 있습니다.



또한, Matrix는 어떻게 구성이 되었는지 reference 정보와 서열 그리고 어떤 실험을 통해 증명된 데이터인지 리포트를 통해 확인할 수 있습니다.

이처럼 TRANSFAC을 이용하면 binding site를 쉽게 예측할 수 있으며, 해당하는 transcription factor 정보 및 관여하는 유전자 정보 등 전문가 큐레이션을 통한 신뢰도 높은 다양한 정보들을 한 번에 확인할 수 있습니다.

* Trial을 원하신다면 codes@insilicogen.com 혹은 031-278-0061으로 문의주시기 바랍니다.



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2017/11/27 15:53 2017/11/27 15:53
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[모집공고] 人Co INTERNSHIP 2018 상반기



[모집분야]
- 지원대상 : 석·학사 기졸업자 또는 졸업예정자
- 지원기간 : 2017년 12월 4일(월) ~ 12월 8일(금)
- 지원서류 : 지원서(첨부된 당사 양식),
              성적증명서 및 졸업증명서(기졸업자 또는 졸업예정자 대상)
- 지원방법 : 지원서류를 메일로 발송 (recruit@insilicogen.com)

[전형일정]

- 1차 서류전형 : 2017년 12월 26일(화) 서류합격 발표 (개별연락)
- 2차 면접전형 : 2017년 12월 28일(목)
- 최종 합격자발표 : 2017년 12월 29일(금)
- 인턴근무지 : 본사
- 인턴기간 : 총 4주(2018년 1월 25일(목) ~ 2월 21일(수))
- 인턴혜택 : 1. 생물정보 기초 교육 커리큘럼
              2. 기업 공통업무 기본역량 습득
              3. 인턴십비 지급
              4. 수료증 발급
- 별도 공지사항 : 인턴십 기간 동안 정직원과 동일하게 출퇴근 규정 엄수
                    중도 이탈자 수료 불인정

[입사지원서 양식]

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2017/11/27 14:29 2017/11/27 14:29
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DTC (direct-to-customer) 유전자검사

유전자검사

유전자검사는 일반적으로 개인식별, 특정 질환, 또는 질환 상태의 원인을 검출하기 위해 DNA, RNA, 염색체 그리고 대사물질을 분석하는 것을 말한다. 인간 유전체 지도가 완성되어 많은 유전자에 대한 이해와 유전자-질환과의 연관성이 빠르게 규명되면서 유전자검사를 통해 진단 및 예측이 가능하게 되었다.

유전자 검사는 질병 진단, 미래 예측 그리고 유전이라는 특수하고 민감한 특성이 있기 때문에 유전자 검사 결과 오류는 매우 엄격하게 관리되어야 할 필요성이 대두되었다. 이에 따라 2005년 생명윤리 및 안전에 관한 법률을 제정하여 검사와 기관에 대한 체계적인 관리가 시작되었다.
유전자검사는 의료기관에서 의뢰한 검체를 통해 관련 유전자의 발현, 변이 등을 유전자검사기관에서 진행하게 된다. 그러나 『생명윤리 및 안전에 관한 법률 제50조제1항』에서 제한하는 내용은 검사할 수 없다. 또한, 비의료기관의 유전자검시기관은 단독으로 질환 예방, 진단 및 치료 관련 유전자검사는 시행할 수 없다. (보건복지부장관이 필요하다고 인정하는 경우는 예외)
제50조제1항: 유전자검사기관은 과학적 증명이 불확실하여 검사대상자를 오도(誤導)할 우려가 있는 신체 외관이나 성격에 관한 유전자검사 또는 그 밖에 국가위원회의 심의를 거쳐 대통령령으로 정하는 유전자검사를 하여서는 아니 된다. 


DTC 유전자검사

2015년 12월 생명윤리 및 안전에 관한 법률 제50조제3항이 개정되면서 2016년 6월 30일부터 의료기관의 의뢰 없이도 비의료기관인 유전자검사기관(업체)에서 유전자검사를 직접 실시할 수 있게 되었다(의료기관이 아닌 유전자검사기관이 직접 실시할 수 있는 유전자검사 항목에 관한 규정; 보건복지부고시 제2016-97호). 이로써 개인이 직접 본인의 유전자검사를 비의료기관의 유전가검사기관에 의뢰할 수 있게 되었으며, 이를 DTC(direct-to-customer) 유전자검사라고 한다. (국외에서는 PGS(Personal Genetic Service)라고도 한다.)
제50조제3항: 의료기관이 아닌 유전자검사기관에서는 다음 각 호를 제외한 경우에는 질병의 예방, 진단 및 치료와 관련한 유전자검사를 할 수 없다.
1. 의료기관의 의뢰를 받은 경우
2. 질병의 예방과 관련된 유전자검사로 보건복지부장관이 필요하다고 인정하는 경우
 

DTC 유전자검사는 생활습관 개선 및 질환 예방이 가능한 검사와 과학적 근거가 확보된 검사자 위해성이 적은 검사로 한정되며, 검사 가능한 유전자검사 항목은 이를 규정하는 고시에 나온 12개 검사항목, 46개 유전자이다. 그중 9~12번 유전자검사 항목은 고시 시행일로부터 2년 후 그 적정성을 평가한다.
『훈령·예규 등의 발령 및 관리에 관한 규정』(대통령훈령 제334호)에 따라 이 고시 발령 후의 법령이나 현실여건의 변화 등을 검토하여 이 고시의 폐지, 개정 등의 조치를 하여야 하는 기한은 2019년 6월 30일까지로 한다.


그림1. DTC 유전자검사 항목

법률 규제의 완화는 국내 비의료기관로부터 다양한 DTC 서비스 상품들을 개발하는 계기가 되었다. 이러한 국내 시장의 움직임은 전세계적 니즈 및 시장 방향성을 고려한다면 필연적 선택이라 할 수 있다. 2016년 크리던스리서치에 의하면 전세계 DTC 시장규모는 매년 25%가량 증가하여 2022년에는 4000억 원 이상이 될 것으로 전망했다.


(출처 : 한경헬스 2017.07)


유전자검사기관


일반 유전자검사기관과 DTC 유전자검사기관은 시설, 인력 등에서 큰 차이는 없으며, 해당 검사 범위에 따른 적절한 시설, 장비, 인력 등을 갖춰 신고하면 된다. 시설, 장비에 대한 사항은 최소한의 내용을 제외하고 법률로써 규정ㆍ제재하고 있는 부분은 없으나, 매년 현장 및 정확도 평가를 통해 기관으로써 적정한지 평가받으며, 결과는 공개된다.

등록
현재 유전자검사기관 등록은 신고제이다. 『보건복지부령 시행규칙 제46조제1항』으로 정한 시설 및 인력 등을 갖추고 검사 유전자에 대한 사업계획서를 작성하여 신고하면 된다. 신고시 유전자검사에 대한 과학적 근거를 평가받게 되며, 기존에 평가가 통과된 유전자검사가 가능한 유전자와 검사방법인 경우는 보험코드가 부여되어 있으므로 상대적으로 쉽게 신고가 가능하다. 그러나 검사 유전자가 보험코드가 없는 경우는 신의료기술로의 적정성을 인정받을 수 있는지를 먼저 확인해야 한다. DTC 유전자의 경우 보험코드가 없으므로 고시번호를 기재하여 제출하면 된다. 현재 우편으로는 신고 접수를 받지 않으며 인터넷으로만 가능하다.

유전자검사 동의서 및 검체 보관
검사자의 개인정보보호를 위하여 비의료기관의 경우에는 개인의 식별정보가 삭제된 상태의 동의서 사본을 받아 일정 기간 동안 보관해야만 한다. 개인정보는 어떠한 조합을 통해서라도 개인을 특정화할 수 없도록 해야 한다.
검체의 분실이나 뒤바뀜을 방지하기 위해 최소 2가지 이상의 확인자(검체번호, 처방번호, 작업번호 등)을 사용해야 한다.
유전자검사 동의서와 결과는 최소 10년간 보관하며, 검체는 유전자검사가 완료되는 즉시 폐기하는 것을 원칙으로 한다.


DTC 유전자검사기관 : 미국 vs 한국

한국과 미국의 DTC 유전자검사는 규제 방법에서 다르다 하겠다. 한국은 법령으로 정해진 유전자만 검사가 가능한 Positive 규제인 반면, 미국은 규제된 검사만 제외하고는 검사가 가능한 Negative 규제이다.

(가나다 순으로 배열)

미국

1. 23andMe
www.23andme.com 2006년 미국 캘리포니아 실리콘밸리에 설립된 23andMe는 의사를 거치지 않고 직접 유전자검사를 할 수 있도록 하는 DTC 서비스를 선보여 FDA의 승인을 받은 첫 번째 회사이다.

2013년까지 각종 질병 위험도 분석, 약물 민감도, 보인자 검사, 계통분석 등 250여 가지의 유전자검사를 제공했으며, 웹사이트에서 분석 키트를 검사자가 직접 구매하여 타액을 수집하여 우편으로 보내 분석을 의뢰하는 방법을 차용했다. 또한, 유전정보를 연구 목적으로 사용하도록 약 60만 명의 자발적인 정보 사용동의를 받음으로써 엄청난 양의 데이터를 축적했다. (현재 약 120만 명의 데이터) 2013년 11월 FDA가 질병, 약물 관련 분석의 정확도 및 오남용 가능성에 대한 의문을 제기함으로 인해 판매중지를 받았으나 소비자의 검사 결과 이해도를 높이는 상세 설명 등의 활동을 통해 2015년 Bloom's syndrom 검사(보인자 검사)에 대한 FDA의 승인을 받음으로 인해 최초로 DTC 허가를 받은 기업이 되었다.
2017년 4월 FDA로 파킨슨병, 알츠하이머를 포함한 총 10가지 질병에 관한 DTC(보인자 검사) 판매허가를 받았다.

2. Color Genomics
www.color.com

유전으로 발생하는 암과 고콜레스테롤증에 대한 DTC 유전자검사 서비스를 진행하고 있다. 타액을 통해 30개 유전자로 유전암을, 3개 유전자로 Familial Hypercholesterolemia를 검사하고 그 결과를 기반으로 의사가 무료 상담을 제공한다. 여성관련 질환이 중점적이다.


3. Mapmygenome India
mapmygenome.in/international
신체 능력과 체형, 피부, 헤어 등에 대한 DTC 유전자검사인 Genomepatri 서비스를 제공한다.


4. Habit 
habit.com


2016년 창립된 Habit은 혈액과 타액 샘플로 혈당, 콜레스테롤, 중성지방, 영양 관련 유전자검사를 통한 유전형 결과와 반응성에 대한 표현형 결과들을 통합 분석하고 식품-영양 DB를 기반으로 식단을 제조ㆍ배달하고 앱을 통해 행동을 코칭하는 개인 맞춤 서비스를 제공하고 있다.


국내

1.녹십자지놈
m.genedoctor.co.kr
진닥터(GeneDoctor)는 구강상피세포샘플 채취와 설문을 통해 진행되는 서비스로, 유전형질과 표현형질 정보를 통한 건강, 피부, 모방유형별 개인 맞춤 건강가이드를 제공하고 있다.

2. DNA Link
dtc.dnagps.co.kr
2016년 타액샘플을 통한 DTC 유전자검사 서비스인 백지인(White.S; 뷰티), 연지인(Pink.L; 헬스&뷰티), 홍지인(Red.O; 헬스)라는 명칭의 DNAGPS Color 시리즈를 출시했다. (현재 myDNA 시리즈(myDNA 뷰티, myDNA 헬스)로 명칭 변경)
DNA Link는 라이나 생명과의 제휴를 통해 특정 암보험 상품에 가입한 신규 고객을 대상으로 유전체분석 서비스를 제공하고 있으며, 국내 영업력 확대를 위해 판매법인 케어링크를 설립하여 DTC 유전자검사 서비스를 다각적으로 공급하고 있다.

3. 랩지노믹스 
www.withgene.co.kr
구강상피세포를 통한 DTC 유전자검사 서비스인 위드진(WithGENE) 서비스는 건강, 피부, 모발로 나눠 결과를 제공하고 있다.
2016년 전문병원을 통해 진행되는 유전형질과 표현형질 정보 통합분석을 통한 맞춤 운동법과 식습관 개선을 제안하는 제노팩 다이어트(GenoPAC Diet) 서비스(www.genopac.co.kr/web/home.php)를 출시하고, 고도화를 위해 미국 유력 웰니스 플랫폼 전문기업과 긴밀한 협력관계를 구축하고 있다.

4. 마크로젠
www.sharp3.co.kr
비만, 탈모, 피부 관련 DTC 유전자검사 서비스인 Sharp3는 타액 샘플을 통해 선택한 서비스 타입의 유전자검사를 진행하고 독자적으로 보유한 한국인 빅데이터에 기반을 둔 결과를 고객에게 제공한다.
마크로젠은 2016년 10월 LG생활건강과의 합작법인 젠스토리 설립을 공시한 후, 2017년 초 문을 열었다. 젠스토리는 피부노화, 모발 등 뷰티 분야에서 소비자들이 유전자정보를 통한 생활습관 개선ㆍ관리, 맞춤형 화장품 제공 등을 목표로 하고 있다.

5. 이원다이애그노믹스 
www.gene2.me
미국 일루미나가 주도하는 ‘GSA’ 컨소시엄에 23andMe와 같이 속해 있는 이원다이애그노믹스는 국내 최초 DTC 유전자검사 서비스인 진투미를 출시하여 온라인 및 제휴 약국에서 판매하고 있으며 국외에서도 해당 서비스를 신청할 수 있다. 2016년 제노힐, 루이앤레이와 개인 맞춤형 화장품의 개발, 제조 등을 위한 업무협약을 맺었으며, 2017년 9월 한국콜마홀딩스가 EDGC의 지분을 인수하며 본격적인 맞춤형 영양제, 화장품 등을 제공하기 위한 개발을 시작했다.

6. 제노플랜
www.genoplan.com/kr
타액 샘플을 통해 모발 관련 유전자를 제외한 10개 DTC 유전자검사의 결과를 홈페이지와 앱을 통해 제공하고 있다. Genoplan Fit이라는 다이어트 관리 서비스를 일본을 경유하여 서비스하고 있으며, 고운세상코스메틱과 협업하여 피부관리 방향 및 Dr.G 화장품을 매칭해주는 마이스킨멘토 서비스를 제공하고 있다.(www.myskinmentor.co.kr)

7. 한국유전자정보연구원
www.imoigen.com
2017년 1월 한국유전자정보센터에서 사명을 변경한 한국유전자정보연구원이 출시한 DTC 유전자검사 서비스인 아이모아젠 Health care와 Beauty Care는 DTC 검사항목을 나이, 성별 등으로 분류한 7가지의 패키지 서비스로 구강상피세포를 통해 12종의 DTC 유전자검사 결과를 제공한다.

8. 휴먼패스
www.humanpass.co.kr/new/subpage.php?p=ma3
유전자 체질 검사 서비스로 탈모 유전자 검사 ALOPEXIT, 피부 유전자 검사 AGEXIT, 체형ㆍ대사 유전자 검사 OBEXIT, 혈당 유전자 검사 DIABEXIT를 제공하고 있다.

Reference
1. 국가법련정보센터 www.law.go.kr/
2. 질병관리본부 cdc.go.kr/CDC/
3. 한국유전자검사평가원 www.kigte.org/
4. 유전자검사기관 현황분석, 2008, 서울대학교 산학협력단
5. www.yoonsupchoi.com/2017/04/10/23andme-disease-risk-fda/
6. www.kormedi.com/news/article/1219617_2892.html
7. health.hankyung.com/article/2017071943521
8. 국내 개인 의뢰 유전자 검사 동향, 2017. 김지훈
9. blog.marketresearch.com/9-leading-companies-in-direct-to-consumer-genetic-testing


작성자 : R&D센터 데이터랩
 하윤희 주임 연구원

Posted by 人Co

2017/11/17 15:34 2017/11/17 15:34
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유연해야 산다(Content is like water)

반응형 웹이란 하나의 url로 다양한 디바이스를 통해서 접속했을 때, 접속하는 디바이스 종류에 따라 화면크기가 자동으로 다양한 디바이스 크기에 최적화되어 사용자들에게 보이는 웹페이지 접근 기법을 말합니다.


사진출처 : 위키피디아

이해를 돕기 위해 간단한 예를 들겠습니다. 테이블 위에 와인 잔, 티포트, 허리가 가는 유리 꽃병이 있는데 그 안에 물을 부으면, 물은 각 용기의 모양에 따라 담길 것입니다. 여기서 각 용기는 디바이스 즉 데스크톱, 태블릿, 모바일 기기를 의미하며, 물은 사이트의 콘텐츠를 의미합니다.

반응형 웹에서는 고려해야 할 요소가 두 가지가 있는데, 해상도와 이미지 블러링 현상입니다.
첫 번째, 해상도란 화면 또는 인쇄물 등에서 표현된 그림이나 글씨 등이 섬세하게 표현된 정도를 나타내는데, 픽셀 수가 많아질수록 해상도가 높아집니다. 한정된 공간 속에 더 많은 픽셀(디스플레이를 구성하는 가장 작은 단위)이 있다면, 그만큼 더욱 콘텐츠를 선명하고 섬세하게 표현할 수 있습니다.


사진출처 : (주)인실리코젠

두 번째, 이미지 블러링 현상은 해상도 차이에 따라 발생하는 현상입니다. 데스크톱을 기준으로 만든 이미지가 모바일 화면에서 보았을 때 화질이 선명하지 않은 경우가 종종 있는데, 이는 데스크톱과 모바일 화면의 해상도 차이로 인해 발생합니다. 이미지 블러링 현상을 방지하기 위해서는 모바일 사이즈를 고려하여 원본 이미지의 1.5~최대 2배가량의 크기로 제작해야 합니다.

그렇다면 반응형 웹을 기획할 때는 어떻게 해야 할까요?? 먼저 데스크톱 사이즈보다 모바일 디바이스 사이즈가 작다는 것을 인지하여, 콘텐츠의 그리드(혹은 레이아웃)를 구성해야 합니다.


사진출처 : http://24h3vq.axshare.com/#p=home

반응형 웹을 구현하기 위해서는 분기점 설정이 필요합니다. 분기점 설정이란 내가 어느 지점에서 화면 레이아웃을 바꿔줄 것인지 설정하는 것을 말합니다. 분기점 미 설정 시 나타나는 문제점을 예를 들어보겠습니다. 직장인 A 씨는 핸드폰으로 N 사이트에서 모바일 쇼핑을 하려고 하는데 상품 이미지와 상품정보가 잘려서 쇼핑을 할 수가 없었습니다. N 사이트는 분기점 지정을 하지 않았기 때문이었죠. 직장인 A 씨가 N 사이트에서 쇼핑할 수 있는 방법은 데스크톱에서 PC 버전으로 쇼핑하는 방법 밖에 없습니다.

자아! 그럼 반응형 웹이 적용된 사이트를 보시겠습니다. 인실리코젠 홈페이지의 경우 분기점을 3가지로 적용하였습니다. 반응형으로 제작했기 때문에 하나의 URL로 모바일, 태블릿, 데스크톱으로 접속해도 해상도에 구애받지 않고, 알맞은 크기로 사이트의 레이아웃과 정보를 구독할 수 있습니다. 모바일 기기에서 가로 또는 세로로 화면을 돌리더라도 화면에 맞게 사이트의 정보가 배치됩니다. 이는 데스크톱에서 브라우저 창의 크기를 증감해도 적용됩니다. 마지막으로 유지관리 측면에서 보았을 때 관리할 코드가 한 맥락이기 때문에 유지관리하는데 효율적입니다.


사진출처 : (주)인실리코젠 홈페이지(http://insilicogen.com/)

마치며...
현재 세계는 디바이스 춘추 전국시대라고 칭해도 과언이 아닐 만큼 다양한 디바이스가 출몰하고 있습니다. 사용자들의 편의와 동등한 정보제공을 위해 반응형 웹 기술이 늘 정답은 아니지만 필요한 웹 기술 중 하나라고 필자는 생각합니다. 이 글을 읽고 반응형 웹에 대한 이해에 도움이 되셨기를 바라며 마칩니다. 제 글을 읽어 주셔서 감사합니다.

작성자 : PlatformLab
프론트엔드개발자  진효빈

Posted by 人Co

2017/11/03 14:53 2017/11/03 14:53
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