일정

일시 : 2018년 9월 17(월)~ 9월 18(화)

장소 : 한국생명공학연구원 나눔관 대회의실

내용

최신 유전체 정보 분석 교육을 통해 생물정보 데이터 분석 실무 능력을 습득할 수 있습니다.

(자세한 프로그램 내용은 http://kobicedu.labkm.net 참고)



신청방법

신청기간 : 2018년 8월 30(목) ~ 2018년 9월 5(수)

선발인원 : 30

교육대상 :

  1) 유전체 정보 분석 교육이 필요한 연구원 및 대학원생 등

  2) 모든 교육 일정에 참석이 가능한 교육생 (2일 일정 필수 참석)

선발안내 : 2018년 9월 7일(금)

교육비 : 무료 (중식 무료제공)

준비물 : 유무선 인터넷이 가능한 개인 노트북

신청방법

  - 온라인 신청 http://kobicedu.labkm.net

문의

  - ㈜인실리코젠 (031-278-0061, edu@insilicogen.com)

  - 문의게시판 이용 http://kobicedu.labkm.net/labboard/board/QnA

Posted by 人Co

2018/08/30 15:57 2018/08/30 15:57
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반려견을 위한 유전자 검사

개(Canis lupus familiaris)는 식육목 개과에 속하는 동물로 회색 늑대(Canis lupus)의 아종입니다. 미토콘드리아 DNA 분석 결과 현대의 개와 회색 늑대는 약 10만 년 전에 분화된 것으로 추정하고 있으며, 최근 화석을 이용한 연구에서는 3만 5천 년 전에 분화되었을 것이라고도 합니다. 개과의 늑대, 코요테, 자칼, 개는 서로 자유롭게 교잡할 수 있으며 이들의 잡종 역시 번식력을 유지하기 때문에 개는 "아종" 입니다. 인간이 처음 가축으로 삼으면서 인간과 밀접한 관계를 유지해 왔고, 더 나아가 인간의 소외현상을 개선하고, 공동체 생활의식 향상에도 이바지하면서 "반려견"으로 불리고 있습니다.



현재의 반려견으로 진화하는 과정에서 인간에 의해 계속 "품종 개량"되었습니다. 품종을 공인받기 위해 특정한 특징만을 남기는 과정에서 유전자 병목현상이 있었고, 이로 인해 적절한 유전적 다양성을 확보하지 않으면 유전적으로 취약한 질병을 갖게 되었습니다. 순종 반려견을 선호하는 경향은 근친 교배를 심화시켰고, 유전병이 빈번하게 되었습니다. 대표적인 반려견의 유전병으로 고관절 이형성증(Hip dysplasia), 슬개골 탈구(Patellar Luxation), 퇴행성 골수염(Degenerative Myelopathy), 백내장(Cataract) 등이 있고, 일부는 퇴행성으로 반려견 노년 삶의 질을 크게 떨어뜨리기도 합니다.


(퇴행성 유전질환 가운데 하나인 슬개골 탈구 - 왼쪽 정상)

반려견의 건강 역시 인간과의 삶에 영향을 미치기 때문에 유전병 여부를 사전에 알 수 있다면, 건강 관리, 교배 계획에 참고할 수 있습니다. 특히, 퇴행성 유전 질환의 경우 발병 전 예방하는 조치를 하거나, 발병 초기에 대응하여 증세가 심해지는 것을 방지할 수 있습니다. 이를 위한 반려견 유전자 검사 서비스가 최근 국내외에 소개되기도 했습니다. 직접 고객에게 제공하는(DTC, direct to customer) 인간 유전자 검사 서비스가 각종 규제로 인해 활성화 어려운 것과 비교하여, 반려견 대상은 규제에서 비교적 자유롭다는 장점이 있긴 하지만, 그렇다고 과학적 합리성에 근거하지 않으면 안 되겠지요.

웹에서 검색해 본 국내외 반려견 유전자 검사 서비스 현황입니다.



이들 서비스는 반려견 유전 질환에 대한 검사와 함께 혈통검사, 품종판별 서비스를 제공하기도 합니다. MyDogDNA의 경우에는 "Puppy search engine" 이라는 온라인 서비스를 통해 유전자 검사 결과와 함께 교배 프로그램으로 원하는 형질을 얻을 수 있는 짝을 추천하기도 합니다. 국제적으로 유명한 사료회사 로얄캐닌(Royal Canin)은 혈통정보, 표현형정보, 유전자 검사 결과를 통합하여 맞춤형 사료를 추천하는 고급 서비스를 제공합니다.

이들 서비스는 유전자 검사를 위한 유전좌위(locus)를 어떻게 정했을까요? 생물종별 유전 질환 데이터베이스를 참고했을 것으로 추정됩니다. 인간을 위한 유전 질환 데이터베이스로 OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man) 이 있고, 대표적인 NCBI 데이터베이스 가운데 하나입니다. 유사하게 동물을 위한 데이터베이스로 OMIA(Online Mendelian Inheritance in Animal) 가 있습니다. 135여 개의 동물 종에 대한 유전 질환, 연관된 유전자 혹은 유전좌위 정보를 제공하고 있습니다. 예상했던 것처럼 "Dog"의 정보가 가장 많습니다. 반려견에서 원인 유전변이가 알려진 유전형질 혹은 유전 질환은 2018년 8월 현재 243개입니다.


(동물 유전 질환 정보 데이터베이스인 OMIA 홈페이지 http://omia.org)

반려견의 주요한 유전 질환에 대한 새로운 유전좌위를 찾기 위한 전장유전체 연관분석 (GWAS, Genome-wide association analysis) 연구도 활발합니다. 최근 150품종, 4,224개체, 고관절 이형성증을 포함한 7개 복합 질환에 대한 GWAS 연구 결과가 보고되기도 했습니다 (Jessica et al., Complex disease and phenotype mapping in the domestic dog., Nature Communications 2016).

하지만, 아직은 기반 연구가 많이 부족한 상황입니다. 우리와 가장 가까운 생물 종이며, 친구이고, 가족이기도 한 반려견이 유전 질환으로 고생하지 않고, 건강하게 함께 하기 위해서는 더 많은 유전 질환, 종합적인 데이터 분석 연구 등이 필요합니다. GWAS를 비롯한 다양한 연구로 유전 질환과 연관된 유의한 유전변이를 찾아내면 이를 유전자 검사로 확인하여 반려견 유전 질환 여부를 사전에 알 수 있거나, 교배 프로그램에서 관리할 수 있습니다. 퇴행성 유전 질환의 경우 사전에 예방하거나, 초기에 집중 치료함으로 악화되는 것을 막고 반려견 노후 삶 질을 개선할 수 있습니다. 다양한 연구성과로 반려견과 우리의 건강한 삶에 이바지할 수 있기를 희망합니다.

인실리코젠은 반려동물연구사업단에 참여하여 "반려견 퇴행성 조기진단 바이오마커 개발 연구"를 수행하고 있습니다. 본 블로그를 통해 지속적으로 연구 성과를 소개하고자 합니다. 응원 부탁드립니다.


데이터사이언스센터 센터장 김형용



Posted by 人Co

2018/08/27 17:27 2018/08/27 17:27
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구글 지도의 영토 확장

구글 지도는 구글 공동창업자인 래리 페이지가 2004년 프로토타입을 시작하고, 2005년부터 정식으로 오픈한 지도 서비스입니다. 물론 구글은 같은 해에 '구글 어스'를 선보이기도 했지만, 관련 기술은 구글 지도에도 통합 제공 중입니다. 구글 지도는 요즘 전자 지도에서 흔히 볼 수 있는 평면도와 위성사진을 교차로 확인하거나 스트리트뷰, 360도 파노라마뷰, 실시간 교통 상황 외에 대중교통 경로 등 다양한 정보를 볼 수 있게 해줍니다.



(이미지출처:
 https://www.google.com/intl/ko/earth/desktop/
)
구글 어스의 관련 기술은 구글 지도에서도 통합적으로 제공된다.


지도의 원형이 탄생한 건 기원전 7,000년경입니다. 하지만 지도는 오랫동안 종이라는 2차원 공간에 3차원인 지구를 표현했고, 그로 인해 필연적인 오류가 있었습니다. 구글 지도는 그런 오류를 해결하는 전자 지도의 대명사가 되었습니다. 그뿐 아니라 온라인으로 무료 제공하는 지도 서비스에 기능을 더해 확장성을 부여하고 있는 것입니다.



스트리트뷰, 거리로 내려온 지도


구글이 2007년 추가한 스트리트뷰가 대표적인 예입니다. 위에서 내려다본 것 같은 평면 지도 외에도 실제로 도로에 서 있는 시점에서도 볼 수 있도록 한 것입니다. 유적지나 원하는 방문지를 마치 그 위치에 서 있는 것처럼 둘러볼 수 있는 것입니다. 화살표로 방향을 제시해 위치를 이동할 수도 있습니다.

2006년부터 실제로 카메라와 레이저를 탑재한 전용 차량을 이용해 미국 내 거리를 달리게 하면서 360도 사진을 촬영하고, 2007년 스트리트뷰 서비스를 시작하였습니다. 이는 자동차를 이용해 실제 거리를 촬영하고 지도의 역할 자체를 확장 시키는 단초가 되었습니다. 가상 여행을 하듯 사람을 지도 안으로 데려갈 수 있게 된 것입니다.

구글은 이 서비스 제공을 위해 2007년 미국 내 5개 도시에서 스트리트뷰 차량을 운행하기 시작했고, 2008년부터는 자전거에 카메라를 얹은 스트리트뷰 트라이크를, 다시 2011년에는 길 뿐 아니라 박물관 내부까지 촬영하기 시작했습니다. 여기에 자동차가 달릴 수 없는 장소라면 카메라를 직접 짊어진 사람이 걸어서 촬영하는 구글 스트리트뷰 트래커를 진행하고, 스마트 폰으로 촬영한 파노라마 사진을 올릴 수 있는 포토 스피어 기능도 나올 전망입니다.


(이미지출처: http://comfunny.pe.kr/530)
구글은 2007년부터 스트리트뷰 서비스를 시작했다.

스트리트뷰가 확장한 지도의 세계는 촬영지가 늘어날수록 마치 PC나 스마트폰만으로 세계를 여행하는 듯한 체험 쪽으로 영역을 확장합니다. 구글맵 스트리트뷰 플레이어 같은 기능을 이용하면, 1인칭 시점으로 목적지까지 경로를 볼 수도 있습니다. 지도만 들고 걷다보면 방향이 헷갈릴 수 도 있지만 이럴 때 유용할 수 있습니다. 또한, 가상 여행이 가능하다는 점도 재미있는 포인트입니다. 실제로 이 기능에는 트래블 모드를 통해 자동차나 자전거, 대중교통, 도보 같은 옵션을 선택할 수도 있습니다.

그뿐만 아니라 가상 여행의 경우 지난 2016년 구글어스를 통해 가상현실을 지원한다는 발표를 한 바 있습니다. 구글어스 VR을 이용하면 전 세계 여행을 360도 가상 환경으로 즐길 수 있다는 것입니다. 가상현실 헤드셋을 이용하면 집안에서 전 세계 원하는 곳을 가상 체험, 여행할 수 있게 해준다는 것입니다. 가상현실 헤드셋을 쓴 상태에서 컨트롤러를 이용해 지도 위 상공을 비행할 수도 있습니다.

다시 구글 스트리트뷰 기능으로 돌아가면, 거리 같은 단순 외부 풍경에 머물지 않고 건물까지 촬영하기 때문에 집에서도 박물관 같은 곳을 견학하거나 요세미티 같은 곳에 오르는 간접 체험을 할 수 있습니다. 구글은 이를 위해 지난해 구글어스에 가이드 투어 기능인 보이저를 추가하기도 했습니다. 또한, 같은 해 360도 카메라 지원을 발표했습니다.

(이미지출처: http://o2zon.tistory.com/372)
구글 스트리트뷰를 이용하면 몽블랑 같은 산이나 심지어 국제우주정거장 같은 곳을 가상체험해 볼 수 있습니다.

이렇게 구글 스트리트뷰는 전 세계에 있는 도시나 도로는 물론이고 공항과 역, 박물관, 건물 내부나 바다 등 지구 상에 존재하는 모든 장소를 망라하려 합니다. 심지어 우주까지 진출 중입니다. 국제 우주 정거장 ISS 내부를 안방에서도 가상 체험해 볼 수 있도록 한 것이 대표적인 예입니다. 구글은 2017년 초 6개월 동안 ISS에 머문 유럽우주국 우주비행사가 촬영한 이미지를 통해 스페이스뷰를 공개한 바 있습니다.

단순 시점 이외에도 구글 지도의 활용도는 2015년 아클리마가 구글과 제휴, 도시 대기 오염 수준을 시각화하는 프로젝트를 시도한 것에서 알 수 있듯이 지도를 기반으로 다양한 정보를 더할 가능성을 기대할 수 있습니다. 당시 양사는 도시 내에서 스트리트뷰를 촬영하는 구글 차량에 센서를 탑재하고 도심 대기 환경을 측정해 이를 시각화하겠다고 밝힌 바 있습니다.

여행의 필수 요소 중에 구글 지도는 빠질 수 없다고 생각합니다. 실제 해외여행 중에 구글 지도의 활용 비중이 상당히 높았던 만큼 이동수단, 이용시간 등의 정보를 구글 지도만을 통해서 얻을 수 있었습니다. 또한, 생각하지 못했던 맛집 정보에 대해서는 감동이 느껴질 정도였습니다. 앞으로는 게임의 배경에 구글 지도가 활용되어 시간과 돈을 소비하지 않고도 모든 나라를 직접 느낄 수 있는 날이 왔으면 좋겠습니다.

대전지사 문익수 개발자

Posted by 人Co

2018/08/13 10:15 2018/08/13 10:15
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Posted by 人Co

2018/08/01 09:07 2018/08/01 09:07
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