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2018.07.19 18:30 윈도우에서 GenomeTrax를 다운받아서 BxWB로 import하여 분석에 이용하는 방법 공유
2018.07.19 18:30 윈도우에서 GenomeTrax를 다운받아서 BxWB로 import하여 분석에 이용하는 방법

1. GenomeTrax 홈페이지에서 로그인 후 파일을 다운로드 받으면, 파일명.tar.gz 형식이 보일 것입니다.

이것은 리눅스 계열의 압축 파일로, 리눅스에서 압축을 풀거나,
윈도우에서 압축을 풀 때는 전용 프로그램을 사용하여야 하는데 일반적으로 반디집을 이용하시는 것이 가장 편리할 것입니다.
 

2. 압축을 모두 푸신 후, Biomedical Genomics Workbench를 열어서 

왼쪽 상단 Import > Tracks >
Type of files to import : (파일에 따라) VCF 또는 GFF3로 선택 >
Reference track : hg19 또는 hg38 sequence 선택 (CLC_References > homo_sapiens > sequence > hg19 또는 hg38 > Homo_sapiens_sequence_hg19 또는 Homo_sapiens_sequence_hg38  ) > 
파일 저장 위치 선택 > Finish 하면 됩니다.

 * 이 때, 파일 저장위치는 External_DB 폴더와 같이 CLC_References 폴더가 아닌 외부 폴더에 저장하시면 됩니다. (CLC_References 폴더는 Read only.)


3. Annotation에 사용하려면,

VCF 파일로 annotation 하실 때에는 Toolbox > Add Information to Variants >  Add Information from Variant Databases 툴을 이용해주시고,
GFF3 파일을 annotation 하실 때에는 Toolbox > Add Information to Variants > Add Information from Genomic Regions 툴을 이용해주세요.

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