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2018.11.14 16:27111 Canonical Pathways 탭에서 바차트의 바 길이, 색깔 등에 의미에 대해 알려주세요. 공유
2018.11.14 16:27 Canonical Pathways 탭에서 바차트의 바 길이, 색깔 등에 의미에 대해 알려주세요.

 

IPA에서 core analysis를 진행한 뒤 Canonical Pathways 탭을 보시면 이와 같은 바차트를 보실 수 있으실 겁니다. 

각각의 bar에 담긴 의미가 무엇일까요?

우선 파란색과 주황색은 z-score가 음의 값인지 양의 값인지에 대해서 알려줍니다. 색의 진하기가 짙을수록 그 절대값이 큰 것입니다.

하얀색은 z-score가 0이거나 0에 가까운 수일 때, 즉 expected값과 실험값이 있지만 계산해본 결과가 0에 가까운 것이고, 회색의 바는 expected값이 없어서 계산조차 되지 않은 pathway의 경우에 나타납니다.

그 밖에, 바의 길이는 p-value와 반비례하며 바에 있는 네모점은 ratio값으로 knowledge base에 기반하여 해당 pathway에 속해져 있는 molecule리스트에서 업로드한 dataset의 molecule 이 얼마나 포함되어 있는지 보여주는 부분 입니다.

 

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