우선 BLAST를 진행할 때, query 서열과 reference 서열 사이에는 match/mismatch 서열들이 존재하게 됩니다. 

그럼 이때, match된 서열은 1점, mismatch된 서열은 -4점의 점수가 부여되고, 계속해서 alignment가 진행되는 동안 match/mismatch 점수가 계산되어지면서 결과적으로 그 점수의 총합을 계산하여 alignment된 BLAST 결과에서 총 점수를 확인하실 수가 있습니다 (gap cost도 존재).

이미지를 보시면 총 6개의 옵션 값들이 있는데, 타이트한 결과 값을 얻고자 한다면 Match 1, Mismatch -4 옵션 값을 선택해주시면 되고, 브로드한 결과 값을 얻고자 한다면 Match 1, Mismatch -1 옵션 값을 선택하여 BLAST를 수행하시면 됩니다. 

하지만, 앞서 말씀 드린 옵션 값에만 의존하여 BLAST를 진행하게 되면 상이한 결과를 얻을수도 있기 때문에, 다른 옵션 값들도 같이 병행하여 테스트해보면서 최적의 옵션 값을 찾으시면 될 것 같습니다.