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Microbial Genomics Module tool에서 Beta diversity 분석 종류가 여러개 있던데, 각각 어떤건지 알려주세요.
조회 1404
2021. 06. 24 - Jaccard : 공유하는 taxa 유무만 확인 (Qualitative) Bray-Curtis : 공유하는 taxa 유무 (Qualitative)와 풍부도 (Quantitative)까지 고려 UniFrac : Phylogenetic tree를 사용하여 공유하는 taxa 유무만 확인 (Qualitative & Phylogenetic) Weighted UniFrac : Phylogenetic tree를 사용하여 공유하는 taxa 유무 (Qualitative & Phylogenetic)와 풍부도 (Quantitative & Phylogenetic)까지 고려
IPA AM 모듈(Analysis Match)에서 Land Explorer로 접속하고 싶습니다.
조회 1236
2021. 06. 04 - 현재 주소창을 통해 직접적으로 접속할 수 있는 방법은 없습니다. 대신 IPA 내에서 우회하여 접속을 진행하실 수 있습니다. 1. 먼저 관심 유전자를 검색해주세요. (예시는 유전자가 아닌 beta action으로 검색하였습니다.) 이후 Search 부분에 있는 파란색 글씨의 ACTB를 클릭해주세요. 관심있는 유전자의 경우 직접적으로 symbol을 기재하셔도 됩니다. 2. OmicSoft DB에 정보가 있으면 화면 가운데 노란색으로 OmicSoft 관련 콘텐츠가 표시되며, 관심있는 분야를 클릭해주세요. 예를 들어 OmicSOft Differential Exporession 부분의 TCGA가 관심이 있다면 해당 DB를 클릭해주세요. 3. 새로운 인터넷 창이 뜨게 됩니다. 해당 창이 Land Explorer에 진입한 것입니다. 이 브라우저에서 관심있는 정보들을 검색해보세요.
QCI Interpret에 사용하는 데이터베이스(database)는 무엇인가요?
조회 1233
2021. 06. 04 - QCI Interpret은 QIAGEN knowledge base 데이터베이스 중심으로 아래 표와 같은 정보를 포함합니다. (자료: 퀴아젠 QCI Interpret user guide)
OTU clustering을 진행한 결과에서 taxonomy정보가 없습니다. 왜 이런건가요?
조회 1220
2021. 06. 04 - MGM OTU clustering에는 2가지 방식이 존재합니다. 1. Reference OTU 2. De novo OTU 2번 방식인 De novo OTU로 진행하게 되면 taxonomy정보가 없이 결과가 도출됩니다. taoxnomy정보를 알고 싶으시면, 결과 sequence파일을 이용하여 BLAST를 진행하시면 됩니다.
[CLC Genomics Workbench] Taxonomic Profiling 결과에서 A라는 종이 2개이고 B라는 종이 4개 있을 때 A라는 종의 contig 수가 많다면 A종의 비율이 더 높은건가요?
조회 1093
2021. 06. 04 - A 종의 contig 수가 B 종의 contig 수보다 많게 나왔다면, sequencing한 sample에서 B 종보다 A 종 contig 수가 더 많은 것으로 보여집니다. 하지만 다양성 측면에서 봤을 땐, B 종이 A 종보다 더 높다고 볼 수 있습니다.
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