자주 묻는 질문 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업

Whole Metagenome Sample에서 16s rRNA abundance를 확인할 수 있나요? 조회 1127 2021. 05. 28 - Whole metagenome sample에서 16s rRNA abundance를 확인하는 것은 불가능합니다. 16s rRNA abundance를 확인하고 싶으시다면, 16s amplicon sequencing을 진행하셔야 합니다.
Allele Frequency 가 1% 이상인 변이는 제외하고 싶습니다. 조회 1190 2021. 05. 28 - Common Variant Filter 옵션을 이용할 수 있습니다. QCII는 public population database( e.g. gnomeAD, dbSNP,.....)를 이용해서 allele frequency filtering 기능을 수행할 수 있습니다. Variant Filter 사용 방법 (https://insilicogen.com/board/faq/780/)
Exonic regions에 변이만 테스트 하고 싶습니다. 조회 1417 2021. 05. 28 - 위 그림과 같이 step 3 과정에 Exonic regions에 변이 정보만 테스트 하는 옵션을 설정할 수 있습니다. 그리고 calling 시 PASS가 된 부분만 적용할 수 있는 옵션도 설정 가능합니다.
IPA의 network 그림에서 유전자 상단에 뜨는 숫자를 없애고 싶습니다. 조회 1274 2021. 05. 21 - 네트워크에 숫자가 보이는 것은 transcript 기준으로 DEG 분석 결과를 IPA에 업로드 시 나타나는 현상입니다. 이를 보이지 않게 하는 방법을 알려드립니다. 1. 네트워크 확인 시, Overlay 클릭 2. Analyses, Datasets and Lists 선택 3. 하단의 Display isoform badges on nodes를 체크 해제 4. 해당 이미지를 export할 경우 Export에서 그림을 클릭 (선택 사항)
IPA의 Canonical Pathway에서 z-score의 기준이 무엇인가요? 조회 1611 2021. 05. 21 - Canonical Pathway에서 색깔을 나타나는 것에 대한 전반적인 내용입니다. - Canonical Pathway에서 막대에 색깔이 나타나는 것 (comparison에서 각 heatmap마다의 색깔)은 Pathway Activity Analysis라는 분석이 같이 수행된 결과 - significantly-perturbed genes / proteins / chemical 들의 발현 혹은 인산화를 기반으로 예측을 진행 z-score는 pathway activity를 기준으로 결정됩니다. - 주황색은 pathway activity의 전반적인 증가 - 파란색은 pathway activity의 전반적인 감소 - 회색은 pathway와 관련된 유전자가 4개 미만인 경우 - 흰색은 z-score가 0 또는 0에 매우 가깝거나 pathway와 관련하여 분석된 dataset에 4개 이하의 유전자가 있을 때 하기 링크를 참조하시면 더 자세한 정보를 확인하실 수 있습니다. Knowledge: Canonical Pathways for a Dataset (force.com)

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