자주 묻는 질문 | ㈜인실리코젠-데이터 바이오 기업

CLC Workbench의 Additional Alignment 플러그인에서 MUSCLE을 사용할 때, error code 2가 뜨며 진행되지 않습니다. 조회 2,258 2021. 05. 28 - MUSCLE의 경우 서드파티에서 개발하고 있는 소프트웨어로, 현재 32bit만 지원하고 있는 상태입니다. 32bit의 경우 Windows 자체의 한계로 인해 프로그램 당 최대 4GB RAM 만 사용할 수 있고, MUSCLE은 그 중에서 2GB를 한계로 가지고 있습니다. 따라서 error code 2가 뜨는 경우에는 sequence의 길이를 줄이거나, 개수를 줄이는 방향으로 진행하셔야 합니다.
Taxonomic Profiling과 16s rRNA abundance가 무슨 차이인가요? 조회 2,592 2021. 05. 28 - Taxonomic Profiling은 whole shotgun metagenomic sample에서 abundance를 확인할 때 사용하는 tool이고, 16s rRNA abundance는 16s amplicon sequencing sample에서 abundance를 확인할 때 사용됩니다.
Whole Metagenome Sample에서 16s rRNA abundance를 확인할 수 있나요? 조회 2,048 2021. 05. 28 - Whole metagenome sample에서 16s rRNA abundance를 확인하는 것은 불가능합니다. 16s rRNA abundance를 확인하고 싶으시다면, 16s amplicon sequencing을 진행하셔야 합니다.
Allele Frequency 가 1% 이상인 변이는 제외하고 싶습니다. 조회 2,236 2021. 05. 28 - Common Variant Filter 옵션을 이용할 수 있습니다. QCII는 public population database( e.g. gnomeAD, dbSNP,.....)를 이용해서 allele frequency filtering 기능을 수행할 수 있습니다. Variant Filter 사용 방법 (https://insilicogen.com/board/faq/780/)
Exonic regions에 변이만 테스트 하고 싶습니다. 조회 2,338 2021. 05. 28 - 위 그림과 같이 step 3 과정에 Exonic regions에 변이 정보만 테스트 하는 옵션을 설정할 수 있습니다. 그리고 calling 시 PASS가 된 부분만 적용할 수 있는 옵션도 설정 가능합니다.

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