자주 묻는 질문 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업

CLC Genomics Workbench에서 데이터 분석을 진행할 때, raw data에서 Human Genome을 trimming 하는 방법이 있나요? 조회 1152 2020. 05. 15 - Toolbox | Resequencing Analysis | Map Reads to Reference tool을 이용하여 Human genome을 제외시키고 분석을 진행하실 수 있습니다. Human Genome을 Reference로 두고 Result handling 옵션에서 "Collect unmapped reads" 를 선택한 뒤 tool을 돌리게되면 Human Genome을 제외한 reads만 따로 파일로 생성하여 줍니다.
CLC Genomics Workbench를 활용하여 다음과 같은 이미지처럼 유전체 데이터를 시각화 할 수 있나요? 조회 1262 2020. 05. 15 - 위와 같은 이미지는 CLC Genomics Workbench를 통해 얻기 힘듭니다. 주로 유전체 데이터의 시각화는 Circos라는 툴을 활용하여 그리게 되는데, Circos 툴의 활용법에 대해서는 아래 저희 회사 블로그 글을 참고해주십시오. https://insilicogen.com/blog/159
CLC Genomics Workbench에서 Wiggle 포맷을 지원하나요? 조회 1364 2020. 03. 17 - 네 그렇습니다. 현재 CLC Genomics Workbench에서는 Wiggle 포맷 뿐만 아니라 다양한 포맷을 지원하고 있습니다 (import/export 모두 가능). Import 방법은 메뉴 상단바의 Import를 클릭하신 후, Tracks를 클릭하여 진행하시면 됩니다. 그 외 import/export 포맷 관련해서는 아래 매뉴얼 확인을 부탁드리며, 공식적으로 제공되지 않는 포맷에 대해서는 본사에서 직접 추가 개발을 진행해야 한다는 점 참고하여 주시면 감사하겠습니다. Formats for import and export
Taxonomic Profiling "Coverage" 결과 값이 의미하는게 무엇인가요? 조회 1372 2020. 02. 19 - Coverage column이 의미하는 것은 reference genome에 mapping된 read의 범위를 뜻합니다 (% 값 x). 계산식 : Number of reads * (Average length of read/Length of the genome) 계산식을 보면 reference genome 길이에 query 서열의 read 평균 길이를 나눈 값에 mapping된 read수를 곱하는 것을 알 수가 있습니다. 이는 reference genome에 얼만큼의 범위로 read가 mapping 되었는지를 대략적으로 알려주는 값입니다 (mapping reads 갯수가 아닌 mapping reads 범위로써의 접근). 그럼 Coverage % 값은 어디에 있는지 살펴보면, Taxonomic profiling abundance table 오른쪽 패널의 "Data" tab에서 raw 옵션을 relative로 전환시키면 얻을 수 있습니다. 계산식 : Number of reads / Reference database matches reads
CLC Genomics Workbench에서 Oxford nanopore sequencing data (MinION data)를 분석할 수 있습니까? 조회 1863 2020. 02. 10 - 네 그렇습니다. 이번에 새로 출시 된 "Long Read Support 20.0 (Beta)" plugin을 이용하여 CLC Genomics Workbench에서 Oxford nanopore sequencing data (MinION data) 및 PacBio sequencing data를 분석할 수 있습니다. "Long Read Support 20.0 (Beta)" plugin은 GUI를 통해 제공되며, read mapping, read error correction, de novo assembly 및 contig polishing을 위해 기존의 최신 파이프라인 (minimap2, miniasm, racon)을 기반으로 합니다. > Benefits of the Long Read Support 20.0 (Beta) plugin Long read의 assembly 및 polishing을 위한 best practices의 조합 비전문가를 위한 사용자 친화적인 GUI 제공 Laptop에서 실행할 수 있는 환경 100% cloud 지원 미리 구축되었거나 또는 사용자가 설계한 customizng workflows 내장 데이터 보안 및 데이터 압축 기능 제공 "Long Read Support 20.0 (Beta)" plugin은 QIAGEN CLC Genomics Workbench 20.x 및 QIAGEN CLC Genomics Server 20.x 에서 Workbench Plugin Manager를 통해 사용할 수 있습니다. 자세한 내용은 다음 웹 페이지를 참고하시길 바랍니다. "Long Read Support 20.0 (Beta) 1" "Long Read Support 20.0 (Beta) 2"

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