• Hereditary 변이 분석 시 Genetic Analysis Filter는 어떻게 사용하나요? 조회 2,190 2021. 04. 30 - 예를 들어 부모(parents)와 자식 데이터가 있고 자식(child)에게 관심 질환이 있는 경우  Select sample(s) 옵션에서 case로 sample child VCF를 control로 parent VCF 넣고 PED 파일을 첨부하면 Genetic analysis filter를 이용하실 수 있습니다.  Genetic analysis filter는 변이의 transmitted/de novo/mendelian 종류를 구분하여 필터링(filtering)하는 것입니다. 주의하실 점은 PED file 작성 시 sample id column에 샘플 VCF 파일명과 같게 작성하셔야 맵핑(mapping)이 될 수 있습니다.
  • 외부에서 뽑은 DEG 파일을 workbench에 import하여 PCA나 Venn diagram을 그릴 수 있나요? 조회 2,250 2021. 04. 30 - 불가능합니다.  CLC Genomics Workbench에서 PCA나 Venn diagram을 그리시길 원하신다면 sequencing raw data부터 CLC Genomics Workbench에서 다시 분석을 진행해주셔야 합니다.
  • 저희가 가지고 있는 WGS와 referece WGS를 이용하여 phylogenetic tree를 그릴 수 있나요? 조회 2,364 2021. 04. 29 - 네 가능합니다. 1.  "Whole Genome Alignment | Create Whole Genome Alignment" tool을 클릭 후, 보유하고 계신 WGS data와 reference WGS을 input으로 넣어서 진행 2. "Classical Sequence Analysis | Alignments and Trees | Maximum Likelihood Phylogeny" tool을 이용하여 alignment 파일을 input으로 넣어 tree 그리기
  • PetaSuite에서 라이선스 차감 방식은 어떻게 되나요? 조회 2,029 2021. 04. 28 - 압축된 양 만큼 라이선스가 차감됩니다. 예를 들어 100GB 짜리 bam파일을 30GB로 압축하였다면, 라이선스는 압축된 분량인 70GB가 차감됩니다.
  • DEG 분석 시 p-value와 FDR에서 0, 1, NaN 값의 정확한 의미가 무엇인가요? 조회 2,948 2021. 04. 28 - NaN 값은 모든 발현값이 0이거나, p-value와 FDR을 구하기 전에 filtering 되어 계산할 수 없을 때 나타납니다. 0의 경우 컴퓨터가 계산을 처리하기 어려울 정도로 작은 값일 때 0으로 대체하여 표기됩니다. 1.1102230246251565E-16보다 작을 때 0으로 표기된다고 하며, 각 케이스마다 다를 수 있습니다. (9.95E-320 ~ 1.00E-321 사이에서 치환되는 경우 존재) 1의 경우 소수점 3째 자리에서 반올림을 하기 때문에 일어나는 현상입니다. 0.995보다 클 때 1로 표기되며, 마우스를 해당 숫자 위에 올려놓으면 정확한 값이 뜨게 됩니다. 한번에 확인하시려면 마우스 우클릭 > File > Export Table을 누르시면 텍스트 파일 혹은 엑셀 파일로 저장하실 수 있습니다.
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