• CLC Genomics Workbench에서 Wiggle 포맷을 지원하나요? 조회 2,012 2020. 03. 17 - 네 그렇습니다. 현재 CLC Genomics Workbench에서는 Wiggle 포맷 뿐만 아니라 다양한 포맷을 지원하고 있습니다 (import/export 모두 가능). Import 방법은 메뉴 상단바의 Import를 클릭하신 후, Tracks를 클릭하여 진행하시면 됩니다.              그 외 import/export 포맷 관련해서는 아래 매뉴얼 확인을 부탁드리며, 공식적으로 제공되지 않는 포맷에 대해서는 본사에서 직접 추가 개발을 진행해야 한다는 점 참고하여 주시면 감사하겠습니다. Formats for import and export  
  • Taxonomic Profiling "Coverage" 결과 값이 의미하는게 무엇인가요? 조회 2,092 2020. 02. 19 - Coverage column이 의미하는 것은 reference genome에 mapping된 read의 범위를 뜻합니다 (% 값 x). 계산식 : Number of reads * (Average length of read/Length of the genome) 계산식을 보면 reference genome 길이에 query 서열의 read 평균 길이를 나눈 값에 mapping된 read수를 곱하는 것을 알 수가 있습니다. 이는 reference genome에 얼만큼의 범위로 read가 mapping 되었는지를 대략적으로 알려주는 값입니다 (mapping reads 갯수가 아닌 mapping reads 범위로써의 접근). 그럼 Coverage % 값은 어디에 있는지 살펴보면, Taxonomic profiling abundance table 오른쪽 패널의 "Data" tab에서 raw 옵션을 relative로 전환시키면 얻을 수 있습니다. 계산식 : Number of reads / Reference database matches reads
  • CLC Genomics Workbench에서 Oxford nanopore sequencing data (MinION data)를 분석할 수 있습니까? 조회 2,689 2020. 02. 10 - 네 그렇습니다. 이번에 새로 출시 된 "Long Read Support 20.0 (Beta)" plugin을 이용하여 CLC Genomics Workbench에서 Oxford nanopore sequencing data (MinION data) 및 PacBio sequencing data를 분석할 수 있습니다.  "Long Read Support 20.0 (Beta)" plugin은 GUI를 통해 제공되며, read mapping, read error correction, de novo assembly 및 contig polishing을 위해 기존의 최신 파이프라인 (minimap2, miniasm, racon)을 기반으로 합니다.   > Benefits of the Long Read Support 20.0 (Beta) plugin  Long read의 assembly 및 polishing을 위한 best practices의 조합 비전문가를 위한 사용자 친화적인 GUI 제공 Laptop에서 실행할 수 있는 환경 100% cloud 지원 미리 구축되었거나 또는 사용자가 설계한 customizng workflows 내장 데이터 보안 및 데이터 압축 기능 제공   "Long Read Support 20.0 (Beta)" plugin은 QIAGEN CLC Genomics Workbench 20.x 및 QIAGEN CLC Genomics Server 20.x 에서 Workbench Plugin Manager를 통해 사용할 수 있습니다.  자세한 내용은 다음 웹 페이지를 참고하시길 바랍니다. "Long Read Support 20.0 (Beta) 1"  "Long Read Support 20.0 (Beta) 2" 
  • CLC Genomics Workbench에서 table을 다운 받는 방법이 있을지요? 조회 2,298 2019. 12. 12 - 1. 왼쪽 상단에 Export 버튼을 누르시고, 내보내기할 때 원하시는 파일 포맷을 입력하여 선택합니다. (ex: Excel 2010) 2. 내보내기 할 파일을 선택 후, Next를 클릭합니다. 3-1. 모든 컬럼을 내보내기 하실 때는 Export all columns를 클릭합니다. 3-2. 선택 컬럼만 내보내기 하실 때는 Export all columns를 체크 해제하고 Next를 클릭합니다. Table에서 선택하신 column들만 체크가 되있을 것입니다. (혹은 이 창에서 원하는 column을 선택하셔도 됩니다) 4. 저장 위치를 선택하고 Finish를 클릭합니다.
  • Trim adapter list 만드는 방법을 알려주세요. 조회 1,913 2019. 10. 10 - 1. 상단 메뉴바에서 New -> Trim Adapter List를 클릭 2. 하단의 Add Row 버튼 클릭 3. forward, reverse 각각 1개씩 따로 만들어줘야됩니다. primer, adapter 서열을 Sequence 부분에 넣어준 후, 아래 그림과 같이 세팅해주세요. (workbench는 f / r 서열 모두 5` - 3` 방향으로 로드되나, 혹시 모르니 본인의 데이터를 검토한 후, 자르는 방향은 정해주시면 됩니다.) (예를 들어, single-end 데이터는 간혹 5`쪽에 f 프라이머, 3`쪽에 r 프라이머가 존재하는 경우가 있으니, 데이터를 잘 검토해주세요.)   4., 이렇게 f / r trimming 리스트를 다 만드신 다음, 아래 이미와 같이 모두 선택한다음 파일 저장해주시면 됩니다.  
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