• 우리가 원하는 Pathway나 Network에서 우리 dataset 유전자에서 변하는 유전자를 targeting 할 수 있는 Activator를 보여줄 수 있나요? 조회 1,622 2025. 07. 08 - 다음과 같이 설명 드릴 수 있을 것 같습니다.Q-1: Pathway나 Network에서 우리 dataset 유전자만 targeting 할 수 있는 upstream regulator만 뽑을 수 있는지?A-1: 특정 경우에만 가능합니다. Pathway나 Network의 molecules 전체가 (예측된 molecules가 없는) 내 dataset 유전자일 경우에만 Grow > Upstream Expression Regulators 기능으로 한 번에 추가가 가능합니다.Q-2: 그러면 우리 dataset 유전자만 targeting 하는 것은 어떻게 하는가?A-2: 다음과 같은 과정으로 수행하실 수 있습니다.1) Pathway 또는 Network에서 expression 값이 있는 molecule(= dataset 유전자)만 선택하여서 Add To My Pathway > New My Pathway 로 옮깁니다.2) molecule nodes에 우리 dataset의 발현값을 얹어주기 위해서 Overlay > Analyses, Datasets & Lists > Add more.. 에서 우리 dataset을 선택합니다.3) 여기서 우리 dataset 유전자만 targeting할 수 있는 upstream regulator를 찾기 위해서는 Grow > Upstream Expression Regulators를 사용해서 z-score가 +인 것을 후보군으로 선택합니다. (IPA 기준:≥ 2)4) Pathway(or Network)로 돌아가서 Grow > Upstream Expression Regulators를 사용한 뒤, 해당 리스트에서 후보군으로 선정한 Activator(Regulator)를 찾아서 선택하고 Apply 합니다.5) 연결이 되었으면 Activator에 연결된 주황색, 파란색, 흰색, 회색 molecules(dataset 내 발현값이 없는 molecules)의 선을 모두 제거합니다.6) Pathway(or Network)에서 우리 dataset 유전자만 targeting된 Activator를 보여줄 수 있게 됩니다.
  • Core analysis 전 dataset setting에서 Subcellular location(membrane, nuclear 등)을 필터링하여 분석할 수 있나요? 조회 1,203 2025. 07. 08 - Core analysis 이전 단계에서 데이터를 필터링하여 분석을 진행하는 것은 어렵지만, 다음과 같은 대안 방법을 안내해 드릴 수 있습니다.1) 먼저, 분석하고자 하는 데이터세트의 컷오프 세팅 및 필터링을 하지 않고, Core analysis를 running 합니다.2) Molecules tab에서 Symbol을 All pages로 변경합니다.3) 관심 있는 Subcellular location을 필터링합니다. (예: Plasma Membrane)4) Molecules를 전체 선택(Ctrl + A)하고, Create Dataset을 클릭합니다.5) Dataset Upload 창이 나타나고, 새로운 데이터세트로 저장할 수 있습니다.이후 필터링된 Subcellular location molecules에 한해서 Core analysis를 running 할 수 있습니다.
  • IPA의 Network에서 우리의 실험값 수치를 추가할 수 있나요? 조회 1,198 2025. 07. 08 - Network에 매칭되는 측정값이 존재하는 경우, 측정값(Log Ratio, p-value)을 추가할 수 있습니다.1)  Network tab에서 관심 있는 Network을 선택한 후, View Networks를 합니다.2) Overlay > Analyses, Datasets & Lists를 클릭해 주세요.3) 아래와 같이 화면이 나타나고, 아래로 스크롤을 내리면 Graph overlay options에서 Show value 체크박스를 선택해 원하시는 측정값을 Network 상에 추가할 수 있습니다.
  • Plug-in을 인터넷 없이 어떻게 설치할 수 있나요? 조회 1,788 2025. 01. 23 - CLC Genomics Workbench에서는 다양한 연구 분야에 적용할 수 있는 분석 도구를 제공하기 위해 Plug-in 기능을 지원합니다. Plug-in을 다운로드하는 방법은 두 가지가 있습니다.첫 번째 방법 : 인터넷 연결이 가능한 경우1. CLC Genomics Workbench 실행 후, 우측 상단의 Plug-in 아이콘을 클릭합니다.2. 'Download Plugins'를 선택한 후, 설치하려는 Plug-in을 다운로드합니다.두 번째 방법 : 인터넷 연결이 불가능한 경우1. 다음의 링크에 접속합니다. (Plug-in 다운로드)2. 원하는 Plug-in을 다운로드합니다. 이 파일은 '.cpa' 확장자로 제공됩니다.3. 다운로드한 파일을 외장 하드 드라이브나 USB를 통해 설치할 PC로 이동 시킵니다.4. CLC Genomics Workbench에서 Plug-in 아이콘을 클릭한 후, 'Install from File'을 선택합니다.5. 다운로드 받으신 '.cpa' 파일을 선택하여 설치를 완료합니다. ※ NotePlug-in 설치 후, CLC Genomics Workbench를 재시작 해야 사용 가능합니다.CLC Genomics Workbench를 '관리자 권한으로 실행'하여 설치를 진행해야 문제가 발생하지 않습니다.
  • Sequencher를 실행하면 status code 35가 발생합니다. 어떻게 해결할 수 있나요? 조회 1,556 2024. 12. 16 - Status code 35 에러는 네트워크(Network) 라이선스에서 발생합니다.이는 KeyServer가 설치된 컴퓨터에 꽂힌 USB가 제대로 인식되지 않았을 때 발생하며, USB(동글키)가 꽂힌 컴퓨터를 재부팅하면 간단히 해결할 수 있습니다.
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