Read mapping시, 각 read 색깔은 무슨 의미인가요?
조회 620
2017. 06. 30 -
초록색 : Forward 방향 single read
붉은색 : Reverse 방향 single read
진한 파란색 : Forward 방향 paired read
연한 파란색 : Reverse 방향 paired read
노란색 : Non-specific match (mapping시, 여러 곳에서 match)
연한 글씨 : Unaligned end (soft-clipped read end)
검정색 글씨 + 연한 색깔 배경 : Mismatch (A: 빨간 배경, T:초록 배경, C:파랑 배경, G:노랑 배경)
Mapping track파일을 여신 뒤, 오른쪽 side panel을 보시면 Highlight reverse paired reads 가 default로 표시되어 있고, 아래에 reads track legend에 설명되어있습니다.
가는 선은 read 사이의 공백을 나타내고, 점은 indel을 나타냅니다.
추가적인 설명은 CLC Genomics Workbench 12버젼 매뉴얼 596페이지~ 599페이지에 설명되어 있습니다.