• [CLC Genomics Workbench] trim 과정에서 reverse reads trim이 되질 않습니다. 조회 316 2021. 07. 02 - trim list를 만드실 때, forward, reverse 각각 1개씩 따로 만들어 줘야 합니다. 여기서 주의할 점은 workbench는 forward, reverse 서열 모두 5` -> 3` 방향으로 로드가 되기 때문에 trim list를 만드실 때 forward, reverse 둘 다 앞쪽에서 잘라주는 방식으로 만들어 줘야 합니다. 이렇게 각각 1개씩 trim list를 만드셨다면, 두 list를 하나의 파일로 저장해서 사용하시면 됩니다.
  • [CLC Genomics Workbench] Taxonomic Profiling과 16s rRNA abundance가 무슨 차이인가요? 조회 636 2021. 05. 28 - Taoxnomic Profiling은 whole shotgun metagenomic sample에서 abundance를 확인할 때 사용하는 tool이고, 16s rRNA abundance는 16s amplicon seqeuncing sample에서 abundance를 확인할 때 사용됩니다.
  • [CLC Genomics Workbench] Annotation track 들을 한 화면에 다 보이게하고 싶은데, 어떻게 해야 하나요? 조회 393 2021. 05. 21 - "New | Track list" Tool을 이용하여 한 화면에 보고 싶은 annotation track 들을 선택해서 병합해주면 됩니다.
  • [CLC Genomics Workbench] Sequencing 결과에서 Total base와 Total reads가 의미하는 것이 무엇인지요? 조회 594 2021. 05. 14 - Total bases : 총 염기 개수 (nucleotide 개수) Total reads : 총 read 개수    아래 서열로 reads와 bases 개수를 구해보면,   >read1 agctagctgagctagc   >read2 cgatcgatcgtaggcatgc   >read3 tagtgctagctagctagctg   Total bases : 56 Total reads : 3
  • [CLC Genomics Workbench] De novo assembly long reads (beta)의 option에서 minimum coverage, word size, minimum anchor length는 정확하게 무엇을 의미하는 지 알 수 있을까요? 조회 343 2021. 05. 13 -  * minimum coverage -> Contig가 생성될 때 고려할 overlap을 위한 최소 지원의 reads 수    * word size -> 데이터베이스 빌드에 사용되며, query sequence의 중복을 찾는데도 사용되는 k-mer 크기    * minimum achor length -> Contig 형태로 연결되기 위해 2개의 reads 사이의 최소 overlap 길이
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