• OmicSoft는 IPA와 호환되나요? 조회 1591 2021. 04. 09 - IPA 라이선스를 보유하고 계신 경우, OmicSoft에서 분석한 결과 중 IPA에 input으로 사용할 수 있는 분석 결과는 바로 업로드가 가능합니다. Integration > IPA > Upload Data를 통해서 수행하실 수 있습니다.
  • Taxonomic Profiling을 진행했는데, taxonomic 분석에서 나온 균주의 sequence를 얻을 수 있는 방법을 알 수 있을까요? 조회 1363 2021. 04. 09 - "Taxonomic Profiling" tool Output options에서 'Reads matching the reference database' 옵션을 선택하고 돌리시면 원하시는 결과를 얻으실 수 있습니다.
  • Reference에 mapping한 뒤, Variant Detection을 수행하여 나온 파일에서 gene정보가 안보여요. 조회 1433 2021. 04. 09 - 결과 테이블 Overlapping annotation 컬럼에서 gene 정보를 확인하실 수 있습니다.
  • OmicSoft에서 SRA를 바로 다운로드 하고 싶습니다. 조회 1551 2021. 04. 02 - 상단의 Tools > Data > Download SRA Data (NGS)를 클릭하세요. 먼저 위의 Output folder에서 저장할 경로를 선택해주시고, 아래에 SRA ID를 적어주세요. 구분자는 엔터로 1줄에 하나의 SRA ID를 적으시면 됩니다.
  • OmicSoft에서 R의 일부 패키지를 사용 가능한 것으로 알고 있는데, 최소 버전이 궁금합니다. 조회 1483 2021. 04. 02 - OmicSoft 분석 시, R의 몇몇 패키지를 사용하여 분석을 진행하실 수 있습니다. 특히 Single Cell 분석에 관련한 tool도 일부 탑재되어 있습니다. 아래는 해당 tool과 버전입니다. 4버전에 대한 부분은 아직 언급된 바 없으며, 3.5.3 버전까지는 현재 사용가능합니다. 3.6.0 이상 버전에 대해서도 공식적으로 언급된 바는 없습니다. 패키지의 업데이트로 인해 명령어가 바뀌는 경우 진행이 어려울 수 있으며, 기존에 설치된 R에서 해당 패키지와 연관성을 가지는 패키지까지 먼저 설치하신 후 OmicSoft에서 적용하시는 것을 추천드립니다.
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