• Abundance table안의 샘플들끼리 어떤 차이가 어떻게 있는지를 확인하고 싶은데, 가능한가요? 조회 1,770 2021. 02. 18 - 네, CLC Premium Module을 구매하셨다면 가능합니다. "Microbial Genomics Module | Metagenomics | Abundance Analysis | Differential Abundance Analysis" tool을 이용하여 그룹간 비교 가능합니다. 비교를 어떤 방식으로 하실지 (Across groups, All group pairs, Against control group)는 연구자 재량에 맞게 선택하시면 됩니다.
  • OTU table에 metadata를 입혀 그룹별로 데이터를 확인하고 싶습니다. metadata를 어떻게 입히나요? 조회 2,310 2021. 02. 17 - "Microbial Genomics Module | Metagenomics | Abundance Analysis | Add Metadata to Abundance Table" tool을 이용하여 metadata를 입힐 수 있습니다. 인풋은 OTU table이며, metadata는 엑셀 포맷으로 작성하시되, 첫 번째 column은 샘플 이름, 그 다음 column부터는 데이터 성격에 따라 채워주시면 됩니다. (Workbench내에 있는 샘플 이름과 metadata 샘플 이름은 동일해야 합니다.)
  • Microbial Genomics Module tool 중 Amplicon-based database를 구축할 수 있는 tool이 없어졌어요. 조회 2,129 2021. 02. 10 - CLC Microbial Genomics Module이 21버전으로 업그레이드 되면서 해당 tool은 "Microbial Genomics Module | Tools | Create Annotated Sequence List" tool로 합쳐졌습니다.
  • 항생제 내성, 독성 관련 유전자를 선별하는 분석을 할 수 있나요? 조회 2,054 2021. 02. 10 - "Microbial Genomics Module | Databases | Drug Resistance Analysis | Download Resistance Database" tool에서 데이터베이스를 다운로드 받으신 후, "Microbial Genomics Module | Drug Resistance Analysis" 하위 tool들을 이용하여 분석을 진행하시면 됩니다.
  • QCI Interpret 에서 사용하는 변이 분류 가이드라인이 궁금합니다 조회 2,328 2021. 02. 10 - Germline 변이는 ACMG guideline으로 사용하며 , Cancer 변이 판독의 기준으로는 AMP/ASCO/CAP guideline의 Tier system이 사용되고 있습니다. ACMG 는 American Colleage of Medical Genetics and Genomics (ACMG) 에서 만든 서열 변이 분류 기준으로 크게 아래 5가지 표준 분류 용어로 구분됩니다. Pathogenic, Likely pathogenic, Benign, Likely benign, Uncertain significance  AMP/ASCO/CAP Guildeline의 Tier system은 총 4가지로 Strong clinical significance, Potential clinical significance, Unknow clinical significance, Likely benigh 으로 구분됩니다.
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