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CLC Genomics Workbench에서 데이터 분석을 진행할 때, raw data에서 Human Genome을 trimming 하는 방법이 있나요?
조회 1079
2020. 05. 15 - Toolbox | Resequencing Analysis | Map Reads to Reference tool을 이용하여 Human genome을 제외시키고 분석을 진행하실 수 있습니다. Human Genome을 Reference로 두고 Result handling 옵션에서 "Collect unmapped reads" 를 선택한 뒤 tool을 돌리게되면 Human Genome을 제외한 reads만 따로 파일로 생성하여 줍니다.
CLC Genomics Workbench를 활용하여 다음과 같은 이미지처럼 유전체 데이터를 시각화 할 수 있나요?
조회 1183
2020. 05. 15 - 위와 같은 이미지는 CLC Genomics Workbench를 통해 얻기 힘듭니다. 주로 유전체 데이터의 시각화는 Circos라는 툴을 활용하여 그리게 되는데, Circos 툴의 활용법에 대해서는 아래 저희 회사 블로그 글을 참고해주십시오. https://insilicogen.com/blog/159
CLC Genomics Workbench에서 Wiggle 포맷을 지원하나요?
조회 1263
2020. 03. 17 - 네 그렇습니다. 현재 CLC Genomics Workbench에서는 Wiggle 포맷 뿐만 아니라 다양한 포맷을 지원하고 있습니다 (import/export 모두 가능). Import 방법은 메뉴 상단바의 Import를 클릭하신 후, Tracks를 클릭하여 진행하시면 됩니다. 그 외 import/export 포맷 관련해서는 아래 매뉴얼 확인을 부탁드리며, 공식적으로 제공되지 않는 포맷에 대해서는 본사에서 직접 추가 개발을 진행해야 한다는 점 참고하여 주시면 감사하겠습니다. Formats for import and export
Taxonomic Profiling "Coverage" 결과 값이 의미하는게 무엇인가요?
조회 1274
2020. 02. 19 - Coverage column이 의미하는 것은 reference genome에 mapping된 read의 범위를 뜻합니다 (% 값 x). 계산식 : Number of reads * (Average length of read/Length of the genome) 계산식을 보면 reference genome 길이에 query 서열의 read 평균 길이를 나눈 값에 mapping된 read수를 곱하는 것을 알 수가 있습니다. 이는 reference genome에 얼만큼의 범위로 read가 mapping 되었는지를 대략적으로 알려주는 값입니다 (mapping reads 갯수가 아닌 mapping reads 범위로써의 접근). 그럼 Coverage % 값은 어디에 있는지 살펴보면, Taxonomic profiling abundance table 오른쪽 패널의 "Data" tab에서 raw 옵션을 relative로 전환시키면 얻을 수 있습니다. 계산식 : Number of reads / Reference database matches reads
Sequencher network client 라이선스 적용시 'Status code 4'가 발생합니다. 어떻게 처리해야 할까요?
조회 1239
2020. 02. 14 - 'Status code 4'는 서버와 클라이언트 사이의 접속이 정상적으로 이루어지지 않을 때 발생합니다. 클라이언트 컴퓨터에서 아래의 링크를 통해 Sequencher KeyServer Client 파일을 다운로드합니다. >> Client 파일 다운로드 링크 Sequencher-KeyServer-Client 7.4\bin\Sassafras Installers\k2clientconfig.exe 다운로드 받은 파일의 압축을 풀고 위 경로에 있는 k2clientconfig.exe를 설치한 후, 서버의 IP 주소를 입력하여 설정을 마무리합니다. 재부팅을 진행하면 Sequencher가 정상 작동합니다.
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