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IPA의 Analysis Match 모듈은 연구에 어떤 도움이 되나요?
조회 2,195
2020. 05. 15 - IPA는 OmicSoft에서 제작한 여러 분석 결과의 저장소를 포함하고 있습니다(SRA, GEO, Array Express, TCGA 등). 방대한 데이터 저장소와 수행하시는 분석의 유사도를 통해 스코어링하여 가설 확인이나 새로운 발견에 도움을 줍니다.
IPA 접속 문제로 다음과 같은 에러가 발생했을 때는 어떻게 해결하나요?
조회 6,887
2020. 05. 15 - javax.net.ssl.SSLHandshakeException: sun.security.validator.ValidatorException: PKIX path building failed: sun.security.provider.certpath.SunCertPathBuilderException: unable to find valid certification path to requested target at sun.security.ssl.Alerts.getSSLException(Unknown Source) at sun.security.ssl.SSLSocketImpl.fatal(Unknown Source) at sun.security.ssl.Handshaker.fatalSE(Unknown Source) at sun.security.ssl.Handshaker.fatalSE(Unknown Source) at sun.security.ssl.ClientHandshaker.serverCertificate(Unknown Source) at sun.security.ssl.ClientHandshaker.processMessage(Unknown Source) at sun.security.ssl.Handshaker.processLoop(Unknown Source) at sun.security.ssl.Handshaker.process_record(Unknown Source) at sun.security.ssl.SSLSocketImpl.readRecord(Unknown Source) at sun.security.ssl.SSLSocketImpl.performInitialHandshake(Unknown Source) at sun.security.ssl.SSLSocketImpl.startHandshake(Unknown Source) at sun.security.ssl.SSLSocketImpl.startHandshake(Unknown Source) at sun.net.www.protocol.https.HttpsClient.afterConnect(Unknown Source) at sun.net.www.protocol.https.AbstractDelegateHttpsURLConnection.connect(Unknown Source) at sun.net.www.protocol.https.HttpsURLConnectionImpl.connect(Unknown Source) at com.ingenuity.qiastart.util.ConnectionReader.sendRequest(ConnectionReader.java:236) at com.ingenuity.qiastart.util.ConnectionReader.connect(ConnectionReader.java:139) at com.ingenuity.qiastart.QiaStartController.qiastartVersionIsAcceptable(QiaStartController.java:974) at com.ingenuity.qiastart.QiaStartController.run(QiaStartController.java:206) at com.ingenuity.qiastart.QiaStartController.main(QiaStartController.java:159) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) at com.exe4j.runtime.LauncherEngine.launch(LauncherEngine.java:85) at com.exe4j.runtime.WinLauncher.main(WinLauncher.java:94) at com.install4j.runtime.launcher.WinLauncher.main(WinLauncher.java:25) Caused by: sun.security.validator.ValidatorException: PKIX path building failed: sun.security.provider.certpath.SunCertPathBuilderException: unable to find valid certification path to requested target at sun.security.validator.PKIXValidator.doBuild(Unknown Source) at sun.security.validator.PKIXValidator.engineValidate(Unknown Source) at sun.security.validator.Validator.validate(Unknown Source) at sun.security.ssl.X509TrustManagerImpl.validate(Unknown Source) at sun.security.ssl.X509TrustManagerImpl.checkTrusted(Unknown Source) at sun.security.ssl.X509TrustManagerImpl.checkServerTrusted(Unknown Source) ... 23 more Caused by: sun.security.provider.certpath.SunCertPathBuilderException: unable to find valid certification path to requested target at sun.security.provider.certpath.SunCertPathBuilder.build(Unknown Source) at sun.security.provider.certpath.SunCertPathBuilder.engineBuild(Unknown Source) at java.security.cert.CertPathBuilder.build(Unknown Source) ... 29 more 해당 에러 메시지는 프록시 서버 문제로 기관 자체의 방화벽이나 해당 PC의 포트가 막혀서 생기는 증상입니다. 기관 내 전산 관련 부서에 요청을 부탁드려 IPA 접근이 가능하도록 요청 부탁드립니다. [IPA 관련 자주 묻는 FAQ} IPA trial의 정확한 limit이 궁금합니다. IPA 분석 이후, canonical pathway에서 회색 bar (z-score=NA)는 어떻게 계산되어 나오는 것인가요? 제가 가지고 있는 유전자를 어떻게 추가할 수 있나요?
CLC Genomics Workbench에서 데이터 분석을 진행할 때, raw data에서 Human Genome을 trimming 하는 방법이 있나요?
조회 1,929
2020. 05. 15 - Toolbox | Resequencing Analysis | Map Reads to Reference tool을 이용하여 Human genome을 제외시키고 분석을 진행하실 수 있습니다. Human Genome을 Reference로 두고 Result handling 옵션에서 "Collect unmapped reads" 를 선택한 뒤 tool을 돌리게되면 Human Genome을 제외한 reads만 따로 파일로 생성하여 줍니다.
CLC Genomics Workbench를 활용하여 다음과 같은 이미지처럼 유전체 데이터를 시각화 할 수 있나요?
조회 2,060
2020. 05. 15 - 위와 같은 이미지는 CLC Genomics Workbench를 통해 얻기 힘듭니다. 주로 유전체 데이터의 시각화는 Circos라는 툴을 활용하여 그리게 되는데, Circos 툴의 활용법에 대해서는 아래 저희 회사 블로그 글을 참고해주십시오. https://insilicogen.com/blog/159
CLC Genomics Workbench에서 Wiggle 포맷을 지원하나요?
조회 2,238
2020. 03. 17 - 네 그렇습니다. 현재 CLC Genomics Workbench에서는 Wiggle 포맷 뿐만 아니라 다양한 포맷을 지원하고 있습니다 (import/export 모두 가능). Import 방법은 메뉴 상단바의 Import를 클릭하신 후, Tracks를 클릭하여 진행하시면 됩니다. 그 외 import/export 포맷 관련해서는 아래 매뉴얼 확인을 부탁드리며, 공식적으로 제공되지 않는 포맷에 대해서는 본사에서 직접 추가 개발을 진행해야 한다는 점 참고하여 주시면 감사하겠습니다. Formats for import and export
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