자주 묻는 질문 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업

RNA데이터 분석 시 fold change 값은 크지만 raw data 값이 낮을 때 어떤 Cut-off 기준으로 분석할 수 있나요? 조회 2700 2019. 01. 23 - Q : Seq data 를 분석할 때 fold change 는 크지만 raw data 값이 너무 낮은 유전자들은 어떤 Cut-off 기준으로 분석할 수 있나요? A : DEG 분석 시 raw expression data에서 기본적으로 low expression value cut-off를 정해서 필터링한 후 분석을 진행합니다 (분석마다 다르지만). 보통은 read count >= 5 이상이며 그룹 내에서 일정 샘플 수 이상에서 발현되는 (샘플 수에 따라 다름) 유전자를 분석합니다. 이렇게 분석하면 fold change가 크지만 raw data에서 read count나 expression value가 낮은 유전자는 많이 줄어듭니다. 앞에 내용과 별개로 문의하신 내용에서는 p-value 또는 FDR 값을 좀 더 strict 하게 주시면 (0.05 -> 0.01 식으로) 분석이 가능할 것 같습니다.
Workbench에서 recycle bin (휴지통)을 비우는 방법은 무엇인가요? 조회 992 2018. 12. 26 - 휴지통을 비우도록 선택하면 휴지통의 모든 내용을 제거 할 수 있습니다. 아래와 같이 하면 데이터가 삭제되고 디스크 공간이 비워집니다. 1. CLC Workbench 를 열어주세요. 2. 왼쪽 상단 Navigation Area | 폴더 아래 Recycle bin 우클릭 | Empty 를 클릭 해 주세요. 주의! 휴지통을 비워서 데이터를 제거한 후에는 복구 할 수 없습니다.
IPA에서 리스트를 만들어서 분석하는 방법을 알려주세요. 조회 1477 2018. 12. 12 - 리스트와 값을 업로드 해서 분석하는 방법 외에 IPA 내에서 list를 만들어서 그 list로 분석하는 방법도 있습니다. 이때 사용하는 list는 상단의 검색창을 이용해서 molecule을 저장하여 사용하는 방법입니다. 예를들어 pathway 검색창에 'Apoptosis signaling'을 검색해서 뜬 pathway를 오픈합니다. 다음은 Pathway에 보여지는 모든 molecule을 선택한 뒤, 위쪽 상단에 두번째 아이콘인 'Add molecules to My List'라는 버튼을 클릭하여 list로 저장합니다. 다음 함께 보고싶은 gene이나 chemical을 검색하여 network창을 엽니다. 같은 방법으로 리스트를 저장해줍니다. 동일한 파일을 선택하면 오버랩 되는 molecule을 제외하고 새로운 molecule들이 추가됩니다. 이렇게 추가 한 리스트는 선택한 폴더의 아래쪽 'My Lists'폴더 아래에 저장됩니다. 그럼 저장된 molecule list를 열고 오른쪽 위의 삼각형 버튼을 누르면 해당 list를 이용하여 분석할 수 있는 리스트가 뜹니다. Core analysis를 진행하면, 보고자하는 canonical pathway를 구성하는 molecule과 관심있는 유전자 혹은 chemical을 모두 포함하여 새로운 network 혹은 up/downstream regulator 분석을 하실 수 있습니다.
Microbial Reference 데이터베이스는 어떻게 다운로드 받나요? 조회 1447 2018. 10. 17 - 1. Microbial Genomics Module - Databasese - Taxonomic Analysis 로 들어가시거나 2. 컨트롤 쉬프트 티 를 동시에 누르시고 나오는 quick launch에서 Create Microbial Reference Database 툴을 선택하여 다운로드 받으시면 됩니다.
IPA 데이터 쉐어(share)방법을 알려주세요. 조회 1015 2018. 10. 15 - IPA 사용자끼리는 데이터를 공유할 수 있습니다. 상당 메뉴의 File을 선택하신 다음 Share- Share Manager를 선택합니다. 좌측 ADD버튼을 눌러 share하고자 하는 파일을 선택하고 우측 ADD버튼을 눌러 공유하고자 하는 사용자의 이메일주소를 입력해주면 됩니다.

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