• IPA에서 canonical pathways 이미지 export 방법 조회 1680 2018. 02. 13 - 첫번째, 600dpi로 설정    두번째, image size의 units 대신 inches로 바꿈    세번째, width 와 Height를 높여줌 예) 10 / 1.49 (아래 그림 참조)   아래 예시는, width를 10으로 설정하였습니다. dpi 는 dots(pixels)/inch를 뜻하므로 속성이 96dpi일지라도 inch를 조절해줘야함.  
  • IPA에서 한 단백질에 대해서 DB 서치후 나오는 possible pathway 를 볼수 있는게 아니고 원래 raw 데이터 안의 protein 들 안에서의 단백체들을 기준으로 그들간의 pathway 상호작용을 볼수 있는건가요? 조회 1449 2018. 02. 01 - 1개의 단백질에 대한 pathway는 그냥 1개의 단백질을 검색해서 관련된 pathway만 뽑아서 볼 수 있습니다. IPA가 유용한 이유는 단순한 작업이 아닌, 업로드 한 proteins 이 어떤 pathway에 많이 포함되어 있는지 보고, 해당 pathway에서 상호작용이 어떤지 볼 수 있기 때문입니다.
  • IPA에서 protomics mass data 결과로 sequester score >20으로 cutoff를 주고 분석을 돌렸더니 정보가 많지 않습니다. 조회 1356 2018. 02. 01 - 분석을 돌린 molecules 수가 몇개 없다면, 많은 정보를 얻을 수가 없습니다. 데이터셋을 다시 open해서 core 분석을 할 때, cutoff를 주지 말고 돌리는 것을 권장합니다.  
  • IPA에서 proteomics mass spectrum 데이터 결과로 cqst value를 갖고 있습니다. 어떻게 분석하면 좋을까요? 조회 1219 2018. 02. 01 - proteomics mass spectrum 데이터를 IPA로 분석하는 방법은 RNA 데이터 분석 방법과 유사합니다.  RNA 등의 발현 데이터는 fold change를 구해서 IPA에 import하는데, cqst value 라는 값을 넣어야한다면  the other 로 value type을 잡아주시면 됩니다.   
  • 특정한 구역에서만 variant를 분석하고 싶습니다. 조회 1466 2018. 01. 25 - Variant Detection 툴에서 General filters단계에 보면 아래와 같은 옵션칸이 있습니다.여기에 BED포맷으로 구역을 한정지어 주면 그 부분만 분석이 진행됩니다.BED 포맷에 대한 정보는 아래의 페이지에 자세히 설명되어 있습니다.http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1BED파일을 만든 뒤, standard import를 통하여 CLC Genomics Workbench로 가져 오시고 BED파일이 잘 생성이 됐다면 아이콘이 만들어지고, 포맷에 오류가 있다면 아이콘이 텍스트파일로 표시됩니다.정상적으로 생성된 BED파일이라면 위의 옵션에서 선택할 수 있으며, 이 파일을 통해 범위를 한정할 수 있습니다.
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