자주 묻는 질문 | ㈜인실리코젠-데이터 바이오 기업

IPA 분석 이후, canonical pathway에서 회색 bar (z-score=NA)는 어떻게 계산되어 나오는 것인가요? 조회 4,920 2018. 02. 28 - canonical pathway 바그래프에서 각각의 bar를 클릭해서 나오는 아래패널을 보겠습니다. Blue Bar (z-score = -1) : 위 그림의 아래쪽 테이블에서 Expression Value 컬럼과 Expected 컬럼이 down - up 으로 일치하지 않는 genes이 다수 보입니다. 기존에 보고된 논문에서는 Up으로 예상이 되나 실제 데이터에서 반대경향을 보이므로 해당 패스웨이가 상대적으로 억제된 상태라고 판단을 합니다. Orange Bar (z-score = 1) : 위 그림에서 아래 테이블의 Expression Value 컬럼과 Expected 컬럼이 down-down으로 다수 일치하는 것이 보입니다. 기존 논문들에서 각각의 gene들이 억제될 것이라는 보고가 있었고 그 사실과 일치하므로 해당 패스웨이는 활성화 되는 것으로 판단을 합니다. Gray Bar (z-score = NaN) : 아래 패널의 테이블에 보면 Expected 컬럼이 비어있는 것을 확인할 수 있습니다. 기존에 genes의 활성방향에 대해 밝혀진게 없기 때문에 계산 또는 예측이 불가합니다. White Bar (z-score = 0) : 위 그림의 아래 테이블에서 Expression Value와 Expected를 대조했을때 아래 계산 방법에 의해 각 유전자의 계산값의 합이 0이 되면 해당 패스웨이의 발현 활성의 변화가 없다고 예측됩니다. down-down -> +1up-up -> +1down-up -> -1up-down -> -1
License Assistant 버튼이 불활성화 되어 있어요. 어떻게 활성화 시키나요? 조회 2,196 2018. 02. 14 - License Manager 또는 License Assistant 팝업창에서 하단에 있는 라이선스 관련 버튼들이 불활성화되어 있는 것을 간혹 볼 수 있습니다.이는 프로그램을 시작할 때, 바탕화면의 아이콘에서 마우스 우클릭을 통해 '관리자 권한으로 실행'을 선택하면 됩니다.
IPA에서 canonical pathways 이미지 export 방법 조회 2,607 2018. 02. 13 - 첫번째, 600dpi로 설정 두번째, image size의 units 대신 inches로 바꿈 세번째, width 와 Height를 높여줌 예) 10 / 1.49 (아래 그림 참조) 아래 예시는, width를 10으로 설정하였습니다. dpi 는 dots(pixels)/inch를 뜻하므로 속성이 96dpi일지라도 inch를 조절해줘야함.
IPA에서 한 단백질에 대해서 DB 서치후 나오는 possible pathway 를 볼수 있는게 아니고 원래 raw 데이터 안의 protein 들 안에서의 단백체들을 기준으로 그들간의 pathway 상호작용을 볼수 있는건가요? 조회 2,225 2018. 02. 01 - 1개의 단백질에 대한 pathway는 그냥 1개의 단백질을 검색해서 관련된 pathway만 뽑아서 볼 수 있습니다. IPA가 유용한 이유는 단순한 작업이 아닌, 업로드 한 proteins 이 어떤 pathway에 많이 포함되어 있는지 보고, 해당 pathway에서 상호작용이 어떤지 볼 수 있기 때문입니다.
IPA에서 protomics mass data 결과로 sequester score >20으로 cutoff를 주고 분석을 돌렸더니 정보가 많지 않습니다. 조회 2,084 2018. 02. 01 - 분석을 돌린 molecules 수가 몇개 없다면, 많은 정보를 얻을 수가 없습니다. 데이터셋을 다시 open해서 core 분석을 할 때, cutoff를 주지 말고 돌리는 것을 권장합니다.

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