• IPA에서 z-score가 어떻게 pathway의 activation, inactivation을 나타내는지? 계산하는 방법이나 기준은? 조회 3,628 2018. 01. 22 - z-score 가 양수일때는 해당하는 pathway가 activation 상태에 있다고 볼 수 있으며, z-score가 음수일때, 해당하는 pathway가 inactivation 상태에 있다고 볼 수 있습니다.    계산하는 원리와 공식은 아래와 같습니다.    z-score가 |2|보다 클 때, 중요한 인자로 생각됩니다.  밝혀진 문헌 정보와 relationship, dataset에 의해 가중치가 적용됩니다.    
  • IPA에서 canonical pathway 각각의 ratio의 의미는? 조회 2,283 2018. 01. 22 - IPA에서 각 pathway의 ratio는 데이터베이스의 molecules 수와 mapping된 gene 수의 비율입니다. 비율이 높을수록 해당 pathway가 영향을 받을 수 있는 확률이 높다고 봅니다. 
  • IPA에서 Canonical pathway에서 -log(p-value) 값이 어떤 의미 인지, 어떻게 계산하는지? 조회 4,603 2018. 01. 22 - right-tailed Fisher Exact Test 방법으로 각 canonical pathway 의 p-value를 계산하게 됩니다. 통상적으로 0.05 이하의 p-value 값을 갖는 pathway를 유의성이 있다고 말합니다. 각 p-value값에 -log를 취했기 때문에 그 값이 높을수록 유의성이 있다고 생각하시면 됩니다.
  • 만약 IPA 시작시 java 에러가 뜬다면? 조회 1,890 2018. 01. 19 - ●만약 IPA 시작시 하단 사진과 같은 에러가 뜬다면? ● (Solution) 제어판 >> (범주보기) '프로그램' 선택 >> Java 선택 ● Value값을 -Xmx512M로 변경(만약 512로 되어있으면 256으로 change)  
  • Track list (genome browser) 만들기 조회 1,959 2018. 01. 16 - 결과가 track 포맷인지는 아이콘에서 쉽게 찾아볼 수 있습니다.아이콘의 우측 하단에 파란 기둥이 세 개가 있다면 그게 바로 track이라는 의미입니다.'Create Track List' 툴을 열면 아래와 같은 창이 열립니다. 좌측 Navigation Area에서 보이는 포맷들이 바로 track 포맷이 되겠습니다.주의점은 반드시 같은 reference 끼리만 list를 만들 수 있다는 것입니다. 아래와 같이 reference 서열과 annotation, read, snp 결과를  화면에 볼 수 있도록 만들 수 있습니다.그리고 여기서 variant track을 더블클릭하면 하단에 테이블 포맷으로 variant 리스트를 볼 수 있습니다. 테이블에 나와있는 항목 중 하나의 항목을 선택하면 해당되는 position으로 자동으로 이동하여 (3,500근처) read의 양상이나 reference, annotation 정보를 한번에 확인할 수 있습니다.
전체 331개 중 5개 표시
  • 이전 페이지
  • 1
  • ...
  • 48
  • 49
  • 50
  • ...
  • 67
  • 다음 페이지