• Path Designer로 작업된 pathway 결과로 추가 분석이 가능한가요? 조회 1,710 2020. 02. 10 - Path Designer로 작업된 pathway 결과만으로는 MAP 등 추가 분석이 어려울 것 같습니다. 필요하신 경우는 이미 그려진 pathway의 molecule을 다시 가져와서 connection 후에 재분석과 편집이 필요할 것 같습니다.   1) Path Designer 데이터에서 저장 아이콘 옆에 "My List" 아이콘을 클릭하여 "New My List"를 선택합니다.   2) Path Designer 내의 molecule들이 리스트업이 되고, 진행 버튼을 누르면 새로운 Pathway를 만들거나, 해당 리스트로 core analysis도 다시 진행할 수 있습니다.   3) New My Pathway를 선택하면 molecule들만 나열이 되고, "Build --> Connect" 기능을 이용하면, DB 정보 기반한 relation이 다시 연결이 됩니다.   4) 이후 필요하신대로 다시 재편집 및 Overlay 의 Analysis, Dataset & Lists, MAP 기능을 이용하실 수 있습니다.    
  • IPA Causal network 분석 중 메모리 에러가 납니다. 조회 2,024 2019. 07. 22 - 4G RAM 노트북에서 이용 중일 경우, causal network 분석을 위해서는 최소 허용되는 메모리가 1000~1200MB는 되어야 합니다. 메모리 세팅 방법은 아래와 같습니다. 1. File >> Preferences >> Application Preferences 선택 2. Application 탭 중간에 "System memory allocated to IPA" 에서 1200mb 선택 후 저장   IPA에 할당된 시스템 메모리에 대한 세부 정보 상단의 방법을 이용하여 IPA에 할당된 시스템 메모리(RAM)의 양을 설정할 수 있습니다. IPA는 최소 750MB의 시스템 메모리가 필요합니다. 컴퓨터에 설치된 RAM이 4GB 이상인 경우, 최소 1000MB ~ 1200MB로 설정하는 것이 이상적입니다. 6GB RAM 이상의 컴퓨터를 사용하는 경우 IPA를 2000MB 이상으로 설정하세요. 큰 비교분석을 작성하는 경우 또는 컴퓨터에 RAM이 충분히 설치되어있는 경우 4000MB 이상으로 설정해주세요. 시스템 메모리의 양보다 더 많은 메모리를 할당하면 IPA가 실행되지 않습니다. 이 경우 하단의 URL에서 IPA를 시작하세요. 이는 IPA 기존에 컴퓨터에서 작동했던 메모리 설정으로 되돌릴 수 있는 환경 설정을 열 수 있게 합니다. https://analysis.ingenuity.com/pa/launch.jsp?maxMemory=750
  • Gene list만 가지고 분석을 진행할 수 있나요? 조회 1,826 2019. 06. 28 - 유전자들로 IPA에 목록을 생성하고 분석을 진행할 수 있습니다. 외부에서 Identifier 목록을 업로드하여 사용할 수도 있습니다. IPA 내부에서는 다음 도구들에서 목록을 생성할 수 있습니다. - Search results - Network List - Network Explorer - Neighborhood Explorer - My Pathways - Canonical Pathways - Functional Analysis for a Dataset or for a Network/Pathway - Molecule View - Compare Tool   이 도구들을 이용하여 목록이 만들어지면 분자를 선택한 후, Add to List 버튼을 클릭하세요. 이렇게 생성된 목록에서 분석을 진행할 수 있습니다. Core Analysis를 하려면 다음과 같이 진행하세요. 1. 리스트를 연 다음 우측 상단의 재생 버튼(options icon)을 클릭합니다. 2. Run Core Analysis를 선택합니다. Core Analysis 생성 페이지가 나옵니다. 3. Run Analysis를 클릭합니다.
  • 제가 가지고 있는 유전자를 어떻게 추가할 수 있나요? 조회 1,797 2019. 06. 28 - 1. Build 버튼을 클릭하고, pull-down 메뉴에서 Add Molecules/Relationships을 선택하세요. 선택할 molecule type을 캔버스에서 클릭하세요. Molecule type을 모르면 Other를 선택하세요. 2. 분자를 정의하려면 해당 molecule을 우클릭해서 Edit node를 선택하세요. 3. Node의 이름을 입력하세요. 노드는 유전자 이외의 분자, 단백질 등을 입력할 수 있습니다. Search를 클릭하여 Ingenuity knowledge base에 검색을 하거나 우측에 정보를 입력할 수 있습니다.
  • IPA에서 파일 업로드가 안됩니다. 조회 1,580 2019. 06. 20 - 1. 데이터가 포맷에 맞게 작성되었는지 확인하세요.     - IPA 분석을 사용하려면 하나의 열은 Identifier가 들어가야 합니다.     - Header는 1줄이여야 합니다. 2. replicate sample의 경우 IPA에 각 샘플 값을 업로드 하는 것이 아니라, 업로드 전에 평균값과 p-value값으로 대체하세요. 3. 데이터 업로드 전에 fold change나 ratio 값을 계산하세요. 4. 한 파일에는 최대 20개의 관측치(관측 조건당 최대 3개의 표현식 값 유형이 있는 실험 조건)를 기입할 수 있습니다. 5. 분석을 만들 때, 사용한 각 발현값에 cutoff 값을 설정하세요. 큰 dataset에는 p-value와 다른 발현값 타입을 모두 사용하기를 권장합니다. 6. Molecules Eligible for Network Generation 숫자를 체크하세요. 최상의 결과는 약 800개 미만입니다. 이것보다 많을 경우, cutoff 값을 조절하거나 다른 필터를 추가하세요. Recalculate 버튼을 통해서 화면을 새로고침 합니다.
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