• Map Reads to Reference에서 output을 track(혹은 stand alone)으로 나왔는데 다른 포맷으로 변환하고 싶습니다. 조회 2,071 2018. 01. 16 - Map Reads to Reference 툴을 이용하여 reference에 맵핑을 진행할 때 결과는 아래와 같이 두 종류 중 한 가지만 택할 수 있습니다.아래를 보시면 Output options에 Create read track과 Create stand-along read mapping 중 선택하도록 라디오 버튼으로 되어있습니다.Stand alone 은 reference 서열과 coverage, mapping된 read의 양상까지 모두 한번에 볼 수 있는 결과 파일이며, track포맷은 동일한 reference를 가지는 다양한 track포맷의 결과를 함께 볼 수 있도록 지원하는 포맷입니다(Genome browser 같은 역할로 variant track도 함께 볼 수 있음.).보고자 하는 목적이나 방향에 따라 output 타입을 바꾸어야 하는데, output 옵션을 잘못 선택해서 재분석 하는 일이 없도록 서로의 포맷을 변환 시켜주는 기능이 있습니다. 바로 Track Tools에 들어있는 convert 툴들 입니다.Track형태의 결과를 stand alone으로 변경하시고자 할 때는 'Convert from Tracks'를 Stand alone형태의 결과를 track으로 변경하고자 할 때는 'Convert to Tracks'를 선택해주시기 바랍니다.
  • CLC Workbench에서 Reference(레퍼런스) 서열 다운로드 방법 조회 2,067 2018. 01. 15 - CLC Genomics Workbench에서는 많이 사용되는 reference서열을 프로그램 내에서 직접 다운로드 받을 수 있도록 되어있습니다.우측 상단의 'Download' 라는 아이콘을 클릭하셔서 맨 위의 'Download Reference Genome Data...' 라는 메뉴를 선택해 주시기 바랍니다.아래의 분류에서 원하시는 reference genome을 선택하셔서 서열과 annotation 파일을 다운로드 받으시면 됩니다.만약 필요한 서열이 리스트에 없다면 이곳을 클릭하셔서 안내에 따라주시기 바랍니다.
  • IPA를 구동하기 위한 컴퓨터 사양은? 조회 3,046 2018. 01. 04 - System RequirementsWindows Operating Systems:Windows 10Windows 8Windows 7Windows XP SP2 or later*Windows Internet Browsers:Internet Explorer 6 or laterFirefox 5 or laterChrome 10 or laterSafari 5.05 or laterMac Operating Systems:MacOS SierraOS 10.11 El CapitanOS 10.10 YosemiteOS 10.9 MavericksMac Internet Browsers:Firefox 5 or laterSafari 5.0.5 or laterChrome 10 or laterJava Runtime Enviroment (JRE). Not needed if using the installed version of the IPA client **:JRE 1.7.0_xxJRE 1.8.0_xxMinimum Hardware Requirements:PC – 1.25GHz, 2GB RAM (for lightweight usage of IPA)***PC – 2GHz, 4GB RAM (Recommended)Mac – 1.25GHz, 2GB RAM (for lightweight usage of IPA)***Mac – 2GHz, 4 GB RAM (Recommended)Minimum Screen Resolution of 1024×768Requirements for Advanced Analytics (Causal Network Analysis and BioProfiler):CoreTM i5 processor or equivalent running at 2 GHz or higher with 64 bit OS and JavaMinimum least 3 GB RAM free for JavaMinimum Screen resolution of 1280×800We recommend that you install the IPA client using the installer located here: https://analysis.ingenuity.com/pa/installer/selectWith the installer, you no longer need to install Java separately or login to IPA with a web browser. There is no offline mode for IPA, you need an internet connection to use it.* Note: Due to Microsoft discontinuing support for the Windows XP operating system in April of 2014, the Ingenuity Apps Team at QIAGEN transitioned to legacy support for Ingenuity Pathway Analysis (IPA) on XP starting with the Spring release in March 2014. IPA will continue to function on the XP operating system and we anticipate no issues. However, we recommend that you upgrade to a newer operating system as soon as possible. With this reduced support for XP the IPA team will continue to investigate any reported defects and attempt to offer work-arounds for any identified issues if they arise due to XP.**JRE is the acronym for the Java Runtime Environment and is the program required to run Java applications and applets on your computer. Java is not needed if using the installed version of the IPA client.*** Lightweight usage of IPA includes search, build/overlay operations and small dataset upload and analysis creation. For larger analyses and comparison analyses, IPA requires more memory (RAM).
  • IPA 설치 및 실행 방법은? 조회 3,273 2018. 01. 04 - 아래 링크를 통해 IPA 설치 프로그램을 다운로드 받습니다. 설치 프로그램 페이지에서 컴퓨터 운영 체제에 맞는 설치 프로그램을 선택하세요. https://analysis.ingenuity.com/pa/installer/selectMac:설치 프로그램을 열고 컴퓨터 아이콘을 두 번 클릭하여 설치 프로그램을 실행하세요.   Windows:실행 파일을 저장하라는 메시지가 나타나면 "파일 저장"을 클릭하여 저장하세요.저장된 위치에서 실행 파일을 엽니다. (예: 다운로드 폴더)   화면에 나타나는 단계를 따라 IPA 설치를 완료하여 주세요.IPA는 컴퓨터 내 원하는 위치에 설치할 수 있으나, 원활한 사용을 위해서는 C 드라이브 하위 경로에 설치하는 것을 권장드립니다. Completing the IPA Setup Wizard 창이 나오고 Finish를 클릭하면 설치는 완료됩니다.IPA 어플리케이션이 설치되면 다음과 같은 아이콘이 생성됩니다.IPA 프로그램 실행은 다른 데스크탑 앱처럼 어플리케이션 아이콘이나 바로가기를 클릭하여 실행한 다음 로그인하면 됩니다.(참고: 설치된 IPA 프로그램은 인터넷 연결이 필요하며 오프라인에서는 사용할 수 없습니다.)IPA에 등록하여 사용하는 이메일 주소를 입력하고, 다음 화면에서 암호를 입력하라는 메시지가 표시되면 암호를 입력하세요.2단계 인증(2FA) 코드가 IPA 로그인에 사용하는 이메일 주소로 전송되며, 프로그램이 진행되기 전에 IPA 화면에 인증 코드를 입력해야 합니다.  등록된 이메일계정과 비밀번호를 이용하여 로그인할 수 있습니다.     
  • Input 데이터 개수에 따라 OTU report 결과가 다릅니다. 조회 2,324 2017. 08. 09 - Input 파일을 하나만 넣었을 때와 여러 개를 넣었을 때 OTU report에 나오는 read 개수나 OTU개수가 다를 수 있습니다. OTU clustering workflow에 포함된 Fixed length trimming 기능 때문인데, input 데이터에 따라 자동으로 설정해주는 length가 다르기 때문입니다. 만약 몇 개의 샘플을 가지고 분석하던 상관없이 동일한 결과를 원하신다면 workflow를 실행 하실 때 Fixed length trimming 과정에서 옵션값을 auto로 지정하지 마시고 매뉴얼로 숫자를 입력해주시면 한 샘플을 넣어도 여러 샘플을 넣어도 같은 결과를 얻게 될 것입니다.  
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