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Arabidopsis thaliana의 노화나 발달 과정에 대한 발현 데이터를 확인할 수 있는지? 조회 986 2016. 12. 28 - Genevestigoar의 Development Tool에서 확인하실 수 있습니다. Arabidopsis thaliana 의 microarry데이터 플랫폼은 다음 3가지 정보를 제공합니다.Affymetrix Arabidopsis ATH1 Genome Array AGRONMICS whole genome tilling Array Affymetrix Arabidopsis Genome Array Arabidopsis thaliana의 실험 테마별 데이터 contents는 600여종이며, Affymetrix Arabidopsis ATH1 Genome Array데이터 contents로는 callus(31), cell culture/primary cell(216), seeding(2311), inflorescen(107), shoot(313), roots(806) 데이터가 있습니다. * 괄호안의 숫자는 샘플 수입니다.
“Notes” 란에는 bias가 표시되어 있는 칸이 있는데 이것도 설명 부탁드립니다. 조회 1184 2016. 12. 28 - 특정 질병관련 유전자셋에서 다른 유전자들에 비해 더 큰 증감을 보이는 유전자가 있을때 bias 표시 (note 컬럼 참조)가 됩니다. 원문 참고 : The Bias Term is the product of the dataset bias and/or the bias of target molecules involved in a particular function/regulator annotation. A biased dataset is one where there is more up- than down-regulated genes or vice versa. The bias term is not considered for the activation z-score but is considered in the bias-corrected z-score (which is another column also hidden by default and can be included by selecting 'customize table' and selecting to add the bias adjusted z-score). The dataset bias is constant for any given analysis and the disease/function/regulator bias is unique for each disease/function/regulator. An example would be a disease in which all the molecules associated with this disease in literature are described to be upregulated in the disease state. Therefore the value of the bias term is representative of the disease/function/regulator bias if your dataset is not 'biased'. 이렇게 편중된 유전자 때문에 disease/function이 증가한다고 뜰 수 있으므로 주의하라는 뜻입니다. 이럴때는 신뢰성이 떨어지긴 하지만 0.05 이하 p-value를 보이는지도 함께 봐야합니다. Default로 인해 숨겨진 column인 "bias-corrected z-score"를 보면 교정된 z-score값을 볼 수 있습니다. 하지만 decreased/increased (컬러표시)는 activation z-score에 의해서만 조절됩니다. 원문 참고 : If the z-score ≤ ‑2, IPA predicts that the process or disease will decrease. Hence the decreased label is displayed. This label is independent of any bias-related corrections. 아래 참고할만한 링크를 첨부하였습니다. For more information on activation z-score and the calculations of bias, please refer the following link: http://pages.ingenuity.com/rs/ingenuity/images/0812%20upstream_regulator_analysis_whitepaper.pdf For more information on the use of downstream effects analysis please refer the following link: http://ingenuity.force.com/ipa/IPATutorials?id=kA250000000TNFbCAO
IPA analysis 결과에서 top ranked CP가 있는데 “predicted”라는 column에 increased 또는decreased 로 표기된 것의 의미는 무엇인가요? 조회 1070 2016. 12. 28 - predicted 컬럼에서 increased는 해당 gene의 발현이 증가하는 양상을 보이고 (해당 조건에서), decreased는 해당 gene의 발현이 감소하는 양상을 보인다고 할 수 있습니다. 해당 조건의 데이터셋의 분산에 따라 gene의 증감을 예측한 것입니다.
Pathway에서 특정 molecules를 추가하고 싶어요 조회 982 2016. 12. 28 - Pathway에서 Build 툴에 있는 add molecules/relationship 기능을 쓰시면, 특정 molecules를 검색하여 추가하실 수 있습니다.
miRNA를 pathway에서 지우고 싶어요 조회 954 2016. 12. 28 - Pathway에서 Build 툴에 있는 Trim 기능을 쓰시면, 지우고 싶은 molecules 타입을 선택할 수 있습니다. 예를 들어 miRNA를 선택하면, miRNA가 기존 pathway에서 지워지게 됩니다.

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