• 무한대값은 어떻게 표시하나요? 조회 1582 2018. 08. 24 - Fold change를 나타내다보면 무한대값을 표시해야 할 경우가 있습니다. 이 경우에 +∞, -∞ 는 +INF와 -INF로 표기해 주시면 됩니다.
  • IPA reset을 하려면 어떻게 해야 하나요? 조회 1861 2018. 04. 13 - (2019.12 기준)    QIAGEN 사의 IPA NUL (Named User License) 라이선스 정책은 1개의 계정 당 최대 3대의 컴퓨터까지 설치할 수 있습니다.   IPA 정책 상, 신규 계정은 1년 동안 리셋 지원이 불가능합니다. IPA 사용 1년 이후부터 리셋 지원이 가능하며, 1년에 1번만 지원됩니다. 또한 Renewal 기간과 별개로 리셋 기간이 운영됩니다.     (예, 2019년 1월 2일 IPA Renewal 시작 -> 2020년 1월 1일까지 사용 /        2020년 1월 2일 IPA Renewal 시작 -> 2021년 1월 1일까지 사용 /        2019년 6월 1일 RESET 신청 -> 2020년 5월 31일까지 RESET 불가능)     처음에는 1~2대의 컴퓨터에서만 적용해서 사용하시고,  나머지는 컴퓨터 문제가 발생(운영체제 재설치 및 포맷 등)하였을 때, 활용하시길 추천드립니다. 그럼에도 불구하고 3대의 컴퓨터에 모두 사용 중이라면, 추가로 적용을 할 수가 없어 RESET 요청을 하게 됩니다.   현재는 USER가 직접 본사에 요청을 해야 RESET 진행이 됩니다.   아래 메일과 같이 작성하여 보내주시면 됩니다. 그리고 받는 메일(CC)은 아래의 계정을 모두 입력하여 주세요.   ============================================================================ - 받는 메일 : ts-bioinformatics@qiagen.com, consulting@insilicogen.com - 메일 제목 : Request to Reset Registered Computers on IPA - 메일 내용 :    Dear Licensing team.   I'd like to reset registered computers. My IPA account is "User account" (eg., jhans@insilicogen.com) I fully understand the security policy and reviewing and accepting policy change.   Best Regards,  ============================================================   위 메일 내용에 대한 답변이 오면,    아래 링크로 들어가셔서 암호를 재설정해주셔야 합니다. https://apps.ingenuity.com/isa/account/forgotpassword   그리고 암호 재설정이 진행되고 나면, 바뀐 암호로 적용하는 PC부터 차례로 카운팅이 됩니다.   더 자세한 정보를 보시려면 Registering of 3 computers for IPA for Customers 를 참조하세요.
  • IPA 분석 이후, canonical pathway에서 회색 bar (z-score=NA)는 어떻게 계산되어 나오는 것인가요? 조회 3538 2018. 02. 28 - canonical pathway 바그래프에서 각각의 bar를 클릭해서 나오는 아래패널을 보겠습니다. Blue Bar (z-score = -1) : 위 그림의 아래쪽 테이블에서 Expression Value 컬럼과 Expected 컬럼이 down - up 으로 일치하지 않는 genes이 다수 보입니다. 기존에 보고된 논문에서는 Up으로 예상이 되나 실제 데이터에서 반대경향을 보이므로 해당 패스웨이가 상대적으로 억제된 상태라고 판단을 합니다. Orange Bar (z-score = 1) : 위 그림에서 아래 테이블의 Expression Value 컬럼과 Expected 컬럼이 down-down으로 다수 일치하는 것이 보입니다. 기존 논문들에서 각각의 gene들이 억제될 것이라는 보고가 있었고 그 사실과 일치하므로 해당 패스웨이는 활성화 되는 것으로 판단을 합니다. Gray Bar (z-score = NaN) : 아래 패널의 테이블에 보면 Expected 컬럼이 비어있는 것을 확인할 수 있습니다. 기존에 genes의 활성방향에 대해 밝혀진게 없기 때문에 계산 또는 예측이 불가합니다. White Bar (z-score = 0) : 위 그림의 아래 테이블에서 Expression Value와 Expected를 대조했을때 아래 계산 방법에 의해 각 유전자의 계산값의 합이 0이 되면 해당 패스웨이의 발현 활성의 변화가 없다고 예측됩니다. down-down -> +1up-up -> +1down-up -> -1up-down -> -1 
  • IPA에서 canonical pathways 이미지 export 방법 조회 1593 2018. 02. 13 - 첫번째, 600dpi로 설정    두번째, image size의 units 대신 inches로 바꿈    세번째, width 와 Height를 높여줌 예) 10 / 1.49 (아래 그림 참조)   아래 예시는, width를 10으로 설정하였습니다. dpi 는 dots(pixels)/inch를 뜻하므로 속성이 96dpi일지라도 inch를 조절해줘야함.  
  • IPA에서 한 단백질에 대해서 DB 서치후 나오는 possible pathway 를 볼수 있는게 아니고 원래 raw 데이터 안의 protein 들 안에서의 단백체들을 기준으로 그들간의 pathway 상호작용을 볼수 있는건가요? 조회 1386 2018. 02. 01 - 1개의 단백질에 대한 pathway는 그냥 1개의 단백질을 검색해서 관련된 pathway만 뽑아서 볼 수 있습니다. IPA가 유용한 이유는 단순한 작업이 아닌, 업로드 한 proteins 이 어떤 pathway에 많이 포함되어 있는지 보고, 해당 pathway에서 상호작용이 어떤지 볼 수 있기 때문입니다.
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