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[CLC Genomics Workbench] Count table이 완료되었는데, gene 정보 등이 table에 안나옵니다.
조회 202
2021. 05. 07 - 우선 Reference 파일에 annotation을 진행해주셔야 합니다. 그 다음, annotation된 reference 파일을 이용하여 count table 작업을 수행하시면 원하는 결과를 얻으실 수 있습니다.
[OmicsBox] Omicsbox에서 count table (transcript-level)만들때 gene level estimation을 추가하면 "transcript to gene map file"이 있어야하는데 이건 무슨파일로 어떻게 만드나요?
조회 431
2021. 05. 06 - "Transcript to Gene Mapping File"을 OmicsBox에서 얻으시려면 RNA-Seq De Novo Assembly tool을 이용하시면 됩니다. 하지만 De Novo 분석이 아니신 경우에는 NCBI나 Ensembl에서 reference DB 중 GFF 파일을 이용하여 파일을 만드셔서 이용하시면 됩니다.
[CLC Genomics Workbench] 외부에서 뽑은 DEG 파일을 workbench에 import하여 PCA나 Venn diagram을 그릴 수 있나요?
조회 363
2021. 04. 30 - 불가능합니다. Workbench에서 PCA나 Venn diagram을 그리시길 원하신다면 sequencing raw data부터 workbench에서 다시 분석을 진행해주셔야 합니다.
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