• Pairwise Differential Expression Analysis (Without Replicates)의 옵션 값 중 Probability는 무엇을 의미하나요? 조회 1385 2022. 11. 18 - Probability는 확률을 의미하며, probability가 threshold를 초과하는 유전자는 차별적으로 발현된 것으로 간주됩니다. Probability를 낮출수록 DEG 수는 많아지게 되지만, p-value가 높을 수록 귀무가설을 기각하지 못하게 되는 것처럼 해당 DEG가 통계적으로 유의하지 않게 됩니다. 따라서 OmicsBox에서는 threshold default 값이 0.9로 설정되어 있습니다.
  • KEGG pathway permission 인증 받는 방법 조회 1746 2022. 11. 09 - OmicsBox 라이선스를 구매해서 사용 중이더라도 KEGG pathway permission에 대해서는 제공하는 양식을 제출해야 합니다.(www.kegg.jp/feedback/copyright.html)해당 양식을 제출하면 KEGG pathway에 대한 permission을 인증할 수 있습니다.진행하시면서 문의 사항이 생기시면 아래 이메일로 문의 부탁 드립니다.consulting@insilicogen.com
  • Transcriptome - Create Count Table 분석 시, gene id와 trnascript id가 일치하지 않는다는 에러가 뜹니다. 조회 1360 2021. 07. 02 - Create Count Table (Transcript-level Quantification) 분석 경우, sequencing raw data와 reference (fasta) 파일이 input으로 들어가게 됩니다. De novo 경우 앞 단에서 De novo 분석을 진행하게 되면 텍스트 파일이 하나 생성되는데, 그 파일을 같이 넣어주면 되고, reference 경우 NCBI나 앙상블에서 GFF 파일을 받아 수정해서 넣어주면 됩니다. name과 id가 통일 되었는지 한번 더 확인한 뒤, 진행 하시는 걸 추천 드립니다.
  • OmicsBox에서 count table (transcript-level)만들때 gene level estimation을 추가하면 "transcript to gene map file"이 있어야하는데 이건 무슨파일로 어떻게 만드나요? 조회 1694 2021. 05. 06 - "Transcript to Gene Mapping File"을 OmicsBox에서 얻으시려면 RNA-Seq De Novo Assembly tool을 이용하시면 됩니다. 하지만 De Novo 분석이 아니신 경우에는 NCBI나 Ensembl에서 reference DB 중 GFF 파일을 이용하여 파일을 만드셔서 이용하시면 됩니다.
  • 로컬에서 InterProScan 수행한 파일을 omicsbox에 어떻게 import 하나요? 조회 1320 2021. 04. 15 - File - Load - Load InterProScan Results 누르신 뒤, BLAST xml 파일 로드한 project 선택하고 'Add to the existing' 눌러서 진행하시면 됩니다.
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