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PetaSuite로 압축을 진행할 때 중복된 이름은 어떻게 처리하나요?
조회 1179
2021. 08. 13 - 예를 들어, abc.bam 파일의 압축 결과는 디렉토리 내에서 abc.pgbam으로 보여집니다. 이전에 abc.bam 파일이라는 이름으로 압축했던 abc.pgbam이 있는 경우, petasuite에서는 기본적으로 경고 메시지와 함께 압축할 새로운 abc.bam 파일을 건너뛰게 됩니다. --force 옵션을 통해 새로운 abc.bam 파일을 압축하여 기존의 abc.pgbam 파일을 덮어쓰기 할 수 있습니다.
PetaSuite는 시퀀서 차이에 의한 압축 효율의 차이가 있나요?
조회 1241
2021. 08. 06 - 현재 Illumina와 Ion Torrent 기반의 데이터셋에 대한 압축은 최적화되어 있습니다. 다른 시퀀서들도 Fastq.gz 및 bam 포맷과 비교하면 확연히 뛰어난 압축률을 보여주고는 있으나, 최적화 상태까지는 아니기 때문에 현재 최적화를 위한 개발중에 있습니다.
PetaSuite에서 압축 결과물로 입력 파일을 하나로 병합할 수 있나요?
조회 1162
2021. 07. 30 - PetaSuite를 이용하여 압축 결과를 하나의 파일로 병합할 경우, fastq.gz 파일을 하나로 붙인 것과 동일한 결과를 가집니다.
PetaSuite는 원본 FASTQ/BAM 파일과 비교하여 압축 파일의 유효성을 검사하나요?
조회 1220
2021. 07. 23 - 처음 백만 개 read에 대한 빠른 유효성 검사가 기본적으로 활성화되어 있습니다. 해당 옵션을 변경하여 전체 read에 대한 유효성 검사를 진행할 수도 있습니다. 또한 MD5 checksum을 직접 확인하도록 선택할 수도 있습니다. 기본의 파일들에 대한 MD5 checksum을 확인하신 후, 압축 시 도출되는 값과 비교하실 수 있습니다.
PetaSuite는 종과 관계없이 압축되나요?
조회 1211
2021. 07. 16 - PetaSuite는 자체 DB인 Corpus가 없는 경우에도 지원하는 데이터에 대해 모든 종을 압축할 수 있습니다. 이는 de novo align된 데이터도 포함되며, 압축 최적화를 위해 corpus 중 가장 근접하게 일치하는 것을 자동 감지할 수도 있습니다.
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