Frequently asked questions | Insilicogen, Inc.

[CLC Genomics Workbench] Read mapping에 사용된 총 메모리가 Java 프로세스의 최대값으로 지정된 것보다 많은 이유는 무엇입니까? 조회 1656 2022. 03. 28 - Read mapping 작업을 실행할 때는 3단계가 있습니다.a pre-processing 단계a computational 단계a post-processing 단계The pre- and post-processing 단계는 CLC Java 프로세스의 일부이므로 vmoptions 파일의 Xmx 설정을 사용하여 Java에 배치하는 Heap 크기 제한이 적용됩니다. Workbench에서 이 설정을 변경하는 방법은 아래에 설명되어 있습니다.Workbench JVM에 대한 메모리 설정 변경메모리 제한은 설정 후 숫자 값과 단위를 부여하여 속성 파일에서 구성됩니다 -Xmx. 예를 들어 다음과 같을 수 있습니다.-Xmx8000m 8000m은 Workbench Java 프로세스가 사용할 수 있는 최대 메모리 양이 8000Mb임을 나타냅니다.새 메모리 제한이 구성된 경우 다음에 Workbench가 시작될 때 적용됩니다.관련 속성 파일의 위치는 사용 중인 운영 체제에 따라 다릅니다.운영체제 별 속성 파일의 위치는 아래 링크를 참조해주시길 바랍니다.http://resources.qiagenbioinformatics.com/manuals/workbenchdeployment/current/index.php?manual=Setting_amount_memory_available_JVM.html그러나 Computational 단계는 기본 Binary를 통해 실행됩니다. 따라서 Java 관련 설정의 영향을 받지 않으며 필요한 메모리 양을 사용합니다.Workbench의 시스템 요구 사항은 아래의 링크 웹사이트에서 제공됩니다(아래 링크 참조). 이 정보에는 특정 샘플 게놈에 대해 Mapping을 실행하는 데 필요한 메모리 양에 대한 안내가 포함됩니다. 필요한 메모리 양은 Mapping 하려는 게놈의 크기와 연결되어 있습니다.https://www.qiagenbioinformatics.com/system-requirements/
[CLC Genomics Workbench] CLC Genomics Workbench 에서 자신만의 workflow는 어떻게 만드나요? 조회 1352 2022. 03. 21 - 1. Workflows – New Work flow 에 접속합니다. 2. Add Elemonets Tool을 선택하여 CLC genomic workbench의 Tool들을 선별합니다. Ctrl 키를 눌러 두 개 이상의 Tool을 모두 선택할 수 있습니다. 3. 추가한 후에는 마우스로 요소를 드래그 하여 요소를 이동하고 재정렬 할 수 있습니다. 4. 출력과 입력의 결합은 입력 유형 일치를 기반으로 합니다. 예를 들어 Map Reads to Refrence는 Reads Track과 Report를 생성합니다. Variant Dectection은 Reads Track 을 연결 할 수 있지만 Report는 연결할 수 없습니다. 5. 원하는 데이터의 Report를 보고싶다면 use as work output을 클릭하면 자동으로 원하는 데이터들이 출력됩니다. 6.연구자가 원하는 Work flow가 완성 되었다면 Run버튼을 누르면 사용된 Tool들이 순서대로 정렬되어 parameter를 설정하게 되고, Workflow가 실행되며 자동으로 데이터가 생성됩니다.
[CLC Genomics Workbench] Biomedical Genomics analysis Plug in의 Workflow는 모두 CLC Genomics Workbench 내의 Tool 들로 만 구성되어진것입니까? 조회 1476 2022. 03. 21 - biomidical의 Workflow는 CLC Genmomic workbench toolbox를 사용하여 대부분 구성되어있고 특정 workflow에 적합한 Tool을 전용으로 사용 할 때도 있습니다.기본적으로 biomedical genomics analysis plug in은 가장 많이 연구되는 유전 질환 및 암, Sas-cov2, 기타 분석을 즉시 사용 가능한 전용 Workflow입니다.
[CLC Genomics Workbench] BLAST at NCBI tool을 이용해서 BLAST 하는데, 100%라고는 뜨는데 결과가 안나옵니다. 조회 881 2021. 07. 15 - 혹시 input sequence의 bp수가 어떻게 되시는지 체크 부탁합니다. CLC Genomics Workbench에서 1000000bp 보다 sequence가 길면 BLAST at NCBI tool을 이용하실 수 없습니다.
[CLC Genomics Workbench] BLAST database를 다운받으려는데 기존 경로는 용량이 작아서 경로를 바꾸고 싶은데, 어떻게 바꾸나요? 조회 757 2021. 07. 08 - 1. BLAST | Manage BLAST Databases -> Add Location 클릭한 다음, 저장할 경로 지정 2. BLAST | Download BLAST Databases -> 추가한 경로로 선택하고 databases 다운로드 진행

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