OmicsBox 3.3 RELEASE
OmicsBox 3.3의 새로운 기능 및 개선 사항
Metagenomics
- Silva, Greengene 및 GTDB를 통한 새로운 Taxonomic Classification
Single Cell Transcriptomics
- 대규모 데이터 세트에 대한 향상된 UMAP 성능
Long Read Transcriptomics
- TAMA Merge와 전사체를 결합하는 새로운 기능
- PacBio IsoSeq 파이프라인의 재설계
Transcriptomics
- Masigpro를 통한 시간 경과 데이터 분석 개선
- 향상된 차등 발현 분석 유전자 필터링
- 새로운 기능
- Count Table 및 차등 발현 분석 결과에 대한 Feature ID의 일괄 이름 바꾸기 가능
- Count Table의 샘플 이름의 변경 및 삭제 가능
Genome Analysis
- 새로운 기능
- Busco를 통한 Genome Assembly 완성도 평가
General
- 모든 탭에 분석 세부 정보를 보기 위한 새로운 정보 아이콘 추가
COMBINING TRANSCRIPTOMES WITH TAMA MERGE
- Long-read RNA 시퀀싱 진행 시, 다양하고 새로운 isoform을 식별하기 어려움.
- 다양한 조건별 isoform을 식별하기 위해서는 단일 전사체를 구성해야 하며, 이를 도와주는 것이 OmicsBox의 TAMA Merge 도구임.
- Input : 샘플 특이적 전사체, 참조 전사체
- Output : BED, GTF, 다양한 보고서