OmicsBox 3.5 RELEASE
OmicsBox 3.5의 새로운 기능 및 개선 사항
General
- 테이블 내보내기 시, 열(column) 선택 및 순서 조정 가능
- 파일 열기/저장 시 마지막 사용 위치 기억
- 더 명확해진 작업 메시지 레이아웃
- 넓은 범위의 결과를 확인할 수 있는 수평 스크롤 지원
- 더 빠른 FASTA 추출 기능
- 안정적인 대용량 테이블 정렬 기능
- Flye 어셈블러 성능 향상
- FASTA 파일 인덱싱 전 자동 검증 기능 추가
Functional Analysis
- Pathway 다이어그램을 일괄적으로 내보내거나, 시퀀스를 pathway 테이블에서 추출 가능
- 명확한 Enrichment 분석 요약 및 메시지
- 태그 및 온톨로지 카테고리 기준으로 플롯 필터링 기능 추가
- BLAST의 최신 업데이트 및 중복 식별자를 제거하여 간소화된 결과 제공
- EggNOG-mapper 최신 버전 업데이트로 속도와 기능 향상 및 batch 단위 병렬 처리 기능 추가
- InterProScan의 GFF 파일 자동 저장 기능 추가, GO annotation 도구 기능 개선
Transcriptomics ands Single-cell Analysis
- Single-cell RNA-seq 분석에서 그룹별 바이올린 플롯 지원
- PCA, UMAP, t-SNE 좌표를 annotation 과 함께 내보내기 가능
- 클러스터 품질 평가 지표 추가
- SingleR 기반으로 cell-type annotation 그룹 단위 수행 가능
- FLAIR 기반 재정량화 옵션 추가
- 카운트 테이블 차등 발현 결과에서 원하는 부분 추출 가능
- 샘플 이름 변경 시 발생하는 오류 수정
Metagenomics
- 결과 테이블에 taxa-level 열을 추가하여 더 나은 미생물 군집 구성 정보 제공
- 고급 필터링 및 데이터 내보내기 기능 향상