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이번 릴리즈에서는 IPA Interpret의 Comparison Analysis bubble map이 크게 업데이트되었습니다.
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OmicSoft 분석 포함 - Analysis Match 라이선스에서 최대 50개의 OmicSoft
분석을 비교에 포함할 수 있어, 237,000개가 넘는 사전 분석 결과를 참조하여 내 결과를 해석할 수
있습니다. 컬럼 헤더를 클릭하면 해당 분석을 설명하는 메타데이터가 표시됩니다.
[그림 5] CDDO-me 투여 마우스 간 발현 분석(맨 왼쪽 열)을 유사하거나 반대되는 OmicSoft 분석 17개와 비교한 예 – NFE2L2가 분석에 따라 활성화·억제·중립으로 예측되는 것을 확인할 수 있습니다
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계층적 클러스터링 - 행과 열을 계층적으로 클러스터링하여 분석(열) 간의
숨겨진 관계뿐만 아니라 entity(pathway, regulator 등) 간의 잠재적 유사성을 함께 확인할 수
있습니다. 행을 클러스터링하려면 entity 수를 7,000개 미만으로 제한해야 합니다.
[그림 6] 클러스터링으로 확인하는 패턴과 관계 – NFE2L2 활성화제인 1,2-dithiole-3-thione이 NFE2L2와 가깝게 묶입니다. 유전자를 공유하지 않아도 활성 패턴이 같으면 묶이므로 새로운 발견의 단서가 됩니다.
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Data display 메뉴 - Filters 탭과 Visual 탭으로 재구성되어 표시할 entity와
bubble의 색상·크기를 세밀하게 제어할 수 있습니다.
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컷오프 정밀도 개선: 드롭다운에서 연산자(> 또는 ≥)를 선택
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Color scale slider: 색상 범위를 직접 지정해 대비 개선
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Bubble size slider: bubble 크기 스케일을 조정
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Insignificance threshold: 기준 미만의 bubble을 회색으로 표시(예: z-score 절대값 2 미만)
[그림 7] Filters 탭과 Visual 탭으로 구성된 Data display 필터
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More filters 메뉴 – entity 이름이나 카테고리, 또는 entity의 네트워크에
포함된 gene 이름으로 표시할 entity를 직접 선택할 수 있습니다. 이름 일부를 입력해 검색하거나
체크박스로 선택합니다.
[그림 8] More filters를 사용하여 cytokine Upstream Regulator만 표시한 예
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Compare Builder – 홈 페이지나 Similar Analyses 페이지에서 비교할 분석을
장바구니처럼 모아두었다가 한 번에 비교를 생성합니다. “Create Comparison” 대신 “Add to Compare
Builder”를 클릭하면 Compare Builder 페이지에 담기고, 마지막에 원하는 분석만 선택해 비교를
만듭니다.
[그림 9] Compare Builder에 추가할 분석 선택하기
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OmicSoft 분석은 Similarities and Differences to OmicSoft Analyses 페이지에서 plot의 점을
클릭해 하나씩 담거나, 테이블을 메타데이터·점수로 필터링해 한 번에 여러 개를 담을 수 있습니다.
[그림 10] 분석을 하나씩 Compare Builder에 추가하기
[그림 11] 분석을 한 번에 여러 개 Compare Builder에 추가하기
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체크박스를 하나씩 클릭하는 경우, 선택한 순서가 Comparison Analysis에서의 표시 순서가 됩니다.
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Bubble chart 커스터마이즈 - 단일 분석 bubble chart도 색상, 서체, 종횡비
등을 조정하여 논문 게재용으로 내보낼 수 있습니다. PNG 형식으로 내보낼 수 있으며, 지정한
스타일을 다음 다운로드 시 기본값으로 저장할 수도 있습니다.
[그림 12] bubble chart 커스터마이즈 기능