Powerful turnkey solution for NGS data analysis with IBM
CLC bio사는 IBM사와 협력하여 combined turnkey solution을 제공 합니다. 이 platform은 진보된 하드웨어와 소프트웨어를 기반으로 하는 computing cluster를 통합하는 scalable end-to-end 솔루션입니다.
이 솔루션은 high-throughput sequencing data의 분석을 수행할 수 있도록 가능하게 합니다.
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Lean more and fine the full specifications
Handling large amounts of colon cancer data
Prof. Sun은 colon cancer에서 new discoveries를 밝혀내기 위한 업무를 수행하는 동안 어떻게 데이터를 다루었는지에 대해 설명하였습니다.
"이제 나는 데이터를 분석하는 것 뿐 아니라 이 연구에 관한 내용을 다른 사람에게 제공할 수 있게 되었습니다."
Science
Metabolic model for the filamentous 'Candidatus Microthrix parvicella' based on genomics and metagenomic analyses
The ISME Journal (2013), 1-12
Mcllroy S.J. et.al.
'Candidatus Microthrix parvicella' genome의 sequencing과 annotation이 theoretical metabolic model을 만들 수 있도록 큰 도움을 주었습니다. 이는 실질적 통찰에서 특이적이고 생물공학적으로 중요한 filamentous bacterium이 환경생리학으로의 시각을 제공하였습니다.
Sequence reads는 CLC Genomics Workbench를 이용하여 quality에 따라 trimming하고 de novo assembly를 진행하였습니다. Assembly는 PE reads를 assembled scaffolds로 mapping 하였습니다.
Tutorial
Primer Creation in CLC Microbial Genome Finishing Module
Poor read quality, repeats를 지니는 resequencing regions에 대하여 primer design을 하는 방법을 확인할 수 있습니다.