[릴리즈] BIOBASE, 2015.2 Release Newsletter 공유
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HGMDⓇ

 

Data update


2015년도 2사분기에 새롭게 release가 되면서 총 3,350개 이상의 새로운 돌연변이가 추가되었으며, 최근에 레퍼런스로 가장 많이 사용하는 genome인 hg38 coordinate을 default genome으로 하여 더 다양한 분석을 할 수 있고, hg19 coordinate는 LiftOver를 사용하여 계속 레퍼런스로 사용할 수 있습니다. hg38 coordinate만 돌연변이 리포트에 표시가 되며 고급 분석 결과에서는 hg19와 hg38 모두 표시가 됩니다. 검색은 hg19와 hg38 둘 다 지원이 가능합니다. cDNA 레퍼런스 시퀀스는 최신의 GRCh38.p2 annotation 셋에 맞추기 위해 업데이트 되었습니다.

 

Specific notes for HGMD download users

 

hg19에서 hg38로 옮겨감에 따라 ALLMUT 테이블은 hg38 genomic coordinates를 사용하게 됩니다. 게다가 두 개의 테이블 (HGMD_PRO database 내에서 hg19와 hg38)이 각각 지원되어 분석에 따라 적절한 coordinate를 사용합니다.

 

> View the complete HGMD statistics

 

 

 

PGMD™

 

Data update


최근에 출판된 정보들을 추가하였으며 Variant Summary 필드의 커버리지를 확장하여 더 많은 내용을 담은 Variant Report를 볼 수 있게 되었습니다. 연구에 대한 자세한 정보는 링크로 제공하고 있습니다.

 

> View the complete PGMD statistics

 

 

 

Genome Trax™

 

Data update

 

몇 가지 중요한 트랙의 내용이 업데이트 되었습니다.

Genome Trax에서 더 이상 COSMIC 트랙을 지원할 수 없습니다. 온라인 버전의 Genome Trax도 업데이트 되었습니다.

 

> View the complete Genome Trax statistics

 

 

 

ANNOVAR™

 

6월 중순에 새로운 ANNOVAR 버전이 나왔습니다. 이번 버전에서는 다수의 개선사항이 포함되었습니다.

  • CASAVA 포맷을 쉽게 다루고, ANNOVAR에서 VCF파일로 변경이 가능하며, gz 파일 버그 수정을 위해 convert2annovar를 도입하였습니다.
  • ljb 및 popfreq 데이터베이스에서 table_annovar.pl의 이전 버전과의 호환성이 향상되었습니다.
  • avdblist 키워드는 '-webfrom annovar'로 제공하는 모든 데이터베이스 목록에 추가되었습니다.
  • annotate_variation.pl에서 ‘~’ 확장이 추가되었습니다.
  • table_annovar에 vcf.gz 파일을 처리할 수 있는 기능이 추가되었습니다.
  • annotate_variation에서 downdb 실패에 관련 있는 종료 코드를 변경하였습니다.
  • 더 많은 genome build를 다루기 위해서 variants_reduction.pl이 확장되었습니다.
  • 돌연변이의 위치를 나타내기 위하여 coding_change.pl FASTA 라인이 확장되었습니다.
  • Negative strand에서 splice variant에 관련한 엑손 카운트 버그가 수정되었습니다.
  • 특정 식물 게놈에 대한 호환성이 향상되었습니다.

 

 

 

PROTEOME™ + TRANSFACⓇ

Data update

분기마다 진행되는 업데이트

 

> View the complete TRANSFAC statistics

> View the complete PROTEOME statistics

 

 

 

BRENDA


Word Map


효소를 그래픽으로 보여줄 수 있도록 WordMap이 도입되었습니다. 문헌 내에서 관련이 깊은 효소에 대한 단어가 자주 나올수록 WorkMap에서 더 눈에 잘 띄도록 표시됩니다. 표시된 term에 대한 추가적인 정보를 제공하기 위해 색상과 링크로도 제공됩니다.

 

Pathway Overview Map

 

BRENDA는 2000개의 효소 촉매 작용과 연결되어있는 280여 개의 pathway가 포함되어 있습니다. 새로운 Pathway Overview Map을 시작하면 모든 효소와 대사물질을 drill down으로 보며 각각의 pathway를 볼 수 있습니다. 상호작용 지도는 또한 단일 생물이나 더 큰 분류 그룹의 효소를 동정할 수 있도록 해줍니다.

 

Additional Features and Upgrades

 

향상된 기능은 다음과 같습니다.

  • 결과의 빠른 렌더링
  • 효소-질병 관계 제공을 위해 MeSH 온톨로지 사용
  • 쉼표 (5'alpha)를 사용한 검색 지원
  • 생화학 반응 속도 데이터베이스인 SABIO RK에 대한 링크 결과 페이지에서 제공

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