Sequencher로 시간을 절약하세요!
Sequencher는 여러분의 DNA sequence 데이터를 빠르게 분석하여 결과를 가져다 줍니다. 다른 특징들은 하나의 workflow로 합쳐 만들 수 있어 연구시간을 절약할 수 있습니다.
알기 어려운 유전적 변이를 정의하는 것 중의 일부는 Deletion(결실)입니다. 실험실에서 유전검사를 진행시에 deletion을 찾아내는 것은 귀찮은 일입니다. 더욱이 연구실에는 수백 수천개의 샘플들이 있습니다. Sequencher의 “Assemble by name”이라는 기능은 이 단편들을 aligning 하는데 시간을 절약할 수 있습니다. Assembly by name은 어셈블리모드로 연구실의 네이밍 규칙에 큰 이득이 될 수 있습니다. 많은 네이밍 규칙은 Sequencher에 이미 존재하는 기준들을 사용하여 구분할 수 있습니다. 그러나 또한 sample의 sequence를 구분할 때 custom에 취급하기 쉽게 맞는 기준들도 추가하여 옵션설정을 할 수 있습니다.
일단 다양한 기준들이 정의되고 나면, 단순한 클릭만으로 그 기준들을 선택하여 사용할 수 있습니다. 샘플들은 자동적으로 프로젝트 뷰에서 자동 재배열이 됩니다. “Auto Assemble by Name” 버튼은 동시에 처리할 기준으로 모든 reads들을 assemble 시킵니다. Sequencher은 alignment이 진행되고 결과 요약의 프리뷰를 제공합니다.
동시에 모든 것을 Aligning 하는 것은 많은 시간을 절약할 수 있습니다. 그러나 15bp의 deletion을 찾을 때는 어떻게 하시나요? 혹시 target deletion sequence가 있는지 보기 위하여 각각의 contig를 살펴보십니까? 이는 Sequencher가 함께하지 않다는 것입니다. Sequencher는 Motif를 색깔로 정의하여 그 옆 부분을 표시해줍니다. Motif와 그것의 특징이 정의되면, Sequencher는 자동적으로 적용하고 그 부분을 찾습니다. Motif 정의하는 것은 저장하여 다른 프로젝트에 재적용함으로써 다른 유전적 특징의 다른 모티프를 또한 찾을 수 있습니다.
이제는 target area를 스캔하고 하이라이트하여 각각의 개별 sequence를 더 빠르게 찾을 수 있습니다. 우리는 또한 MUSCLE alignment를 Sequencher 내에서 몇 번의 클릭만으로 진행하고 view할 수 있습니다. Alignment의 결과를 볼 때 deletion sequence를 빠르게 뽑아낼 수 있습니다.
이러한 기능들은 Sequencher의 전체 잠재력에서 일부분입니다. 여러분은 또한 Sequencher의 기능들을 YouTube channel을 통하여 비디오를 시청하시거나, GeneCodes사 웹사이트에 접속하시어 기능 리스트에 대해 확인해보실 수 있습니다.