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What's new at BIOBASE
Winter 2013
Predict Drug Response via Variant Annotations
PGMD(PharmacoGenomic Mutation Database)에 관한 짧은 소개 동영상입니다.
Featured Application Note : Prediction of transcriptional regulators involved in Alzheimer's disease
Alzheimer's disease (AD)는 노화와 관련된 흔한 신경변성질환 중 하나로 기억력과 인지기능의 감퇴를 일으키는 질병입니다. 현재 약 520만명의 미국인들이 AD를 앓고 있으며, 약 200,000명의 사람들은 65세 보다 어리고, 500만명의 사람들은 나이가 많은 구조를 지니고 있습니다. 학습과 기억을 관장하는 hippocampus는 AD 초기에 뇌에서 가장 많은 영향을 받는 영역입니다. AD는 해마의 입출력을 관장하는 entorhinal cortex, 편도체, 해마의 변화를 가져오며 cortex를 통해 점점 퍼져나가는 패턴으로 진행됩니다. 다양한 연구를 통해 biological processes를 AD와 함께 apoptosis와 cytoskeletal development와 같은 process와 연결하여 진행하였습니다. 최근의 연구를 통해 AD pathogenesis에서 immune system이 중요한 역할을 하고 있으며 심혈관 위험인자가 AD와 공통적인 pathway를 공유하며 서로 연관 있음을 확인하였습니다.
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A New Method for PWM Construction
TRANSFAC의 positional weight matrix(PWM) 라이브러리는 transcription factor binding sites의 prediction을 위한 중요한 tool입니다. 그러나 PWM는 실험적으로 증명된 DNA binding sites와 함께 TRANSFAC matrix 라이브러리에서 몇몇의 transcription factors는 표현되지 않고, transcription factors의 subset에 대한 개발에 대한 한계가 있었습니다. TRANSFAC 2013.4 data release에서는 이러한 한계점을 DNA binding domain을 사용하는 3D modeling method를 통해 다루었습니다.