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CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 2월 월간뉴스를 발표하였습니다.
더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.
News
CLC Genomics Workbench 7.0 is here
2014년 2월 12일, CLC Genomics Workbench 7.0버전이 릴리즈 되었습니다.
새로운 버전이 출시되면서 multi-sample RNA-Seq visualization등 다양한 기능들이 향상되고 추가되었습니다.
자세한 내용은 아래의 링크로 이동하시면 확인할 수 있으며, 관련 내용을 게시판에도 올릴 예정입니다.
New cancer-focused workbench
AGBT에서 CLCbio사는 4월에 출시할 예정인 CLC Cancer Research Workbench를 발표할 예정입니다.
CLC Cancer Research Workbench는 사용자편의적인 분석을 진행할 수 있도록 구성된 cancer-focused informatics solution입니다.
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Automated scaffolding with PacBio reads
CLC Microbial Genome Finishing Module의 새로운 버전이 릴리즈 되면서 uncorrected PacBio reads와 같은 long reads를 사용하여 자동으로 contigs를 scaffolding하는 기능을 지원합니다.
또한, PacBio의 HDF5 포맷의 reads도 지원합니다.
Science
Whole-Genome Sequencing of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Cubana Strains Isolated from Agricultural Sources
GenomeAnnounc. 2(1):e01184-13. doi:10.1128/genomeA.01184-13 Benahmed FH, et al.
Salmonella enterica의 아종인 enterica serovar Cubana strain CVM42234와 strain 76814을 병아리와 돼지에서 각각 분리하였습니다.
Strain CVM42234 DNA는 QIAcube를 통해 추출하였고, CLCGenomics Workbench를 이용하여 paired-end sequencing reads의 trimming 및 de novo assembly를 진행하였습니다.
Tutorial
Join Contigs in CLC Microbial Genome Finishing Module
Join Contigs tool의 long reads scaffolding 옵션에 관한 튜토리얼 동영상입니다.
Last Improvements
New release
> CLC Drug Discovery Workbench 1.0
> CLC Microbial Genome Finishing Module 1.3
> Memory efficient read mapper