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BIOBASE
Spring 2014
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Visualizing transcription factors and the genes they regulate
관심 유전자의 조절 네트워크를 분석하고 싶으신가요? 모든 사람들은 "천 마디 말 보다 한 번 보는 게 더 낫다"라고 말합니다. 이러한 말과 같이, 최근 BIOBASE사에서 릴리즈한 TRANSFAC에는 interaction의 visualization부분을 크게 향상시켰습니다. 예로, CD38을 그림으로 확인해보세요. 최근, CD38 발현과 chronic lymphocytic leukemia cells의 증식과 생존이 서로 관련이 있는데, 아마도 혈액과 림프구 사이에서 CLL trafficking에 영향을 주기 때문이라고 하는 관련 내용을 접할 수 있었습니다. 이에, BIOBASE사는 어떻게 CD38의 발현이 조절되는지 알아보았습니다. TRANSFAC의 확장되고 향상된 Pathfinder(visualization) tool은 실험적으로 증명된 CD38 발현에 영향을 주거나 서로 결합하는 인자들을 보기 쉽게 시각화하여 한눈에 확인할 수 있도록 지원합니다.
Reaction node를 클릭하면, node panel에 reaction list가 나타나게 됩니다. 이를 통해, supporting references를 쉽게 확인 할 수 있습니다.
그러나, 생물학적으로 관련 있는 TF-gene interactions의 일부분만이 나와 있습니다. 그래서, CD38 promoter내에서 추가의 잠재적인 transcription factor binding sites를 예측하기 위해 Match tool을 이용하였습니다.
Transcription start site(TSS)의 promoter window -500bp upstream에서 부터 TSS의 +100bp downstream까지로 제한을 두고 minFP cut-offs와 함께 vertebrate non-redundant profile을 사용하여 분석을 하였습니다. 그 결과, 11개의 sites에 결합한다고 예측된 11개의 matrices를 확인하였습니다. 새로운 Match graphical visualization의 특징은 예측된 binding sites의 distribution을 한 눈에 확인할 수 있도록 지원합니다.
Found the Causal Mutaion, Now What? Leveraging PGx for Truly Personalized Medicine
Friday, March, 7, 2014
환자의 genomes에서 actionable variants를 찾아내기 위해 screening하는 방법에 관한 주제로 웹세미나를 진행할 예정입니다.
BIOBASE Regional Training
Philadelphia, PA - March 27
BIOBASE 데이터베이스와 툴을 이용하여, 어떻게 데이터에서 생물학적 의미를 쉽고 빠르게 해석할 수 있는지에 대한 내용을 해당 분야 전문가들과 함께 만나서 공유해보세요.