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새로운 QIAGEN OmicSoft 2021R1 릴리즈
R1 릴리즈의 핵심 사항
이번 콘텐츠 릴리즈에서, QIAGEN OncoLand와 QIAGEN DiseaseLand는 수백 개의 새로운 프로젝트를 추가하였습니다. Select Land의 리스트에서 관심있는 Land가 보이지 않는다면, QIAGEN OmicSoft Server 관리자에게 “Cloud Land Publishing function”을 체크하여 사용가능한 데이터 체크를 요청하세요.
모든 QIAGEN OmicSoft human Land들은 Human.B38 유전체와 OmicsoftGenCode.V33 모델로 재생산되었습니다. 이렇게 재생산된 Land들은 human Land의 최신 업데이트 버전이며, B38_GC33 접미사를 통해 식별할 수 있습니다.
QIAGEN OncoLand 2021R1 업데이트 핵심 사항
이제 TCGA는 GenCodeV33에 대한 alignment를 기반으로 사용할 수 있습니다. 이 Land에서 CCLE, GTEx, TCGA VirtualLands와 같은 최신 VirtualLand를 구축할 수 있습니다. 올해 말 OmicSoft는 광범위한 TCGA 메타데이터를 TCGA_B38_GC33으로 확장하고, 종양 샘플 중 oncogene 및 종양 억제 유전자에 핵심 돌연변이가 있는 샘플 vs 없는 샘플의 비교에 대한 업데이트를 진행할 예정입니다.
그림 1. 최신 Human.B38/GenCode.V33 릴리즈를 이용한 CCLE, GTEx 및 TCGA의 조직 샘플에서 BMP2 발현량. Y축은 조직 범주, SourceLand 및 종양 혹은 정상에서 프로파일링됩니다.
OncoGEO: 이번 릴리즈에서는 위장관, 생식계 및 남성 비뇨기의 암에 중점을 두고, 99개의 프로젝트에서 6,591개의 샘플과 618개의 비교를 추가하였습니다. 여기에는 전이성 병변의 유전자 발현 특성화(일부는 primary tumor과 짝을 이루는 경우), 시술 전/후의 샘플 쌍, 특정 gene signature의 예측 값 탐색, 기존 약물의 효과, 대체 치료 전략과 약물 내성의 비교 등의 연구에 대한 샘플들이 포함됩니다.
그림 2. 새로운 종양 중심의 샘플 분포, Y축은 조직으로 그룹화되었고, DiseaseState에 따라 색을 입힘.
Hematology(혈액학): 이번 릴리즈에서는 호지킨 및 비호지킨 림프종, 백혈병민 골수종 샘플이 추가되며, 특정 약물의 작용 메커니즘, 잠재적인 바이오 마커 발견 및 환자 결과를 예측할 수 있는 gene signatures를 탐구하는 실험과 함께 54개의 프로젝트, 1,303개의 샘플, 250개의 비교가 추가되었습니다.
그림 3. Hematology 2021R1에서 새로운 혈액암 중심의 샘플 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, CellType에 따라 색을 입힘.
QIAGEN DiseaseLand 2021R1 업데이트 핵심 사항
- 다음 예시를 탐색하는 새로운 데이터 세트: 비만, 당뇨병, 면역 매개 질환, 백신 및 백신 보조제(vaccine adjuvants), 바이러스 및 박테리아 질환, 세포 스트레스 반응 및 화합물 프로파일링
- 눈에 대한 새로운 프로파일링 연구
HumanDisease: 지카바이러스에 대한 연구 모음과 eye expression에 대한 상세한 프로파일링, 심혈관, 근골격계 및 신경계 질환에 대한 새로운 연구를 포함하여 108개 프로젝트에서 3,969개의 새로운 샘플과 949개의 비교가 추가되었습니다.
그림 4. HumanDisease 2021R1에서 새로운 질병 초점의 샘플 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, 조직에 따라 색을 입힘. Normal Control 및 Disease Control 샘플은 숨겨짐.
MouseDisease: 정상 조직과 세포에서의 세포 스트레스에 중점을 둔 52개 프로젝트에서 1,559개의 새로운 샘플과 543개의 비교가 추가되었습니다. (GSE118660, GSE35681, GSE49598, GSE700, GSE84450, GSE90070, GSE54581, GSE29929, GSE11496, GSE11684, GSE122507)
그림 5. MouseDisease 2021R1에서 새로운 질병 모델 샘플의 분포, Y축은 DiseaseState로 그룹화되었고, 조직에 따라 색을 입힘. Normal Control 및 Disease Control 샘플은 숨겨짐.
RatDisease: 이번 릴리즈에서는 in vivo 및 in compound 프로파일링과 독성 연구에 초점을 맞춘 14개 프로젝트에서 2,617개의 새로운 샘플과 2,329개의 비교가 추가되었습니다.
그림 6. 새로운 In vivo compound 프로파일링 또는 독성 샘플 분포의 하위 집합, Y축은 SubjectTreatment로 그룹화됨.
여기에서 2021R1 릴리즈의 전체 세부 정보를 확인하세요.