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CLC bio사에서는 아래와 같은 내용으로 3월 월간뉴스를 발표하였습니다.
더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.
News
Module for microbial genome finishing released
CLC bio사는 새로운 모듈을 개발하였습니다.
High-throughput sequencing technologies가 나타나면서 full-genome sequencing이 가능하도록 만들어 주었지만 길이가 짧은 reads와 반복적인 sequences로 인해 full genome assembly를 수행하는데 많은 어려움이 있었습니다. CLC bio사에서 개발한 ‘Genome Finishing Module'은 박테리아 또는 균류 종과 같이 작은 genomes의 경우에도 높은 quality를 지닌 assembly 결과 값을 만들어 낼 수 있도록 도와 드립니다.
CLC Microbial Genome Finishing Module은 여러 가지 기능을 가진 tools을 모아 놓았습니다.- Align Contigs
- Analyze Contigs
- Collect Paired Statistics
- Create Amplicons
- Create Primers
- Add Reads to Contigs
- Sample Reads
- Find Sequences
- Reassemble Regions
- Extend Contigs
Click here to get more information
Click here to download CLC Microbial Genome Finishing Moduel
Genome Sequencing of human pathogens
Dr.Chiu가 Bacterial pathogen genomes를 sequencing 하여 medical community에 새로운 정보를 제공하고자 합니다.
아래의 비디오를 통해 Chang Gung Children's Hospital에서 수행하고 있는 프로젝트에 대해 알아보세요.
Watch the Video
Science
Deep RNA Sequencing of the Skeletal Muscle Transcriptome in Swimming Fish
PLoS ONE 8(1): e53171.
Palstra AP, Beltran S, Burgerhout E, Brittijn SA, Magnoni LJ, et al.
무지개 송어(Rainbow trout)는 상업적으로 매우 중요한 종(Species) 임에도 불구하고 아직 genome sequencing이 되지 않았습니다. 처음 무지개 송어의 skeletal muscle의 transcriptome를 확인하기 위해 RNA-Seq이 수행되었습니다.
Low quality reads를 제거하고 de novo assembly와 __EXPRESSION__ analysis와 같은 data analysis를 수행하기 위해 CLC Genomics Workbench가 사용되었습니다.
Read the interesting paper
Tutorial
Contig Analysis in CLC Microbial Genome Finishing Module
이번 튜토리얼에서는 Analyze Contig tool을 이용하여 de novo assemblies에서 problematic regions를 annotation하고 detection하는 방법을 배우실 수 있습니다.
Watch the tutorial