CLC GWB Premium V.23 Release Note

CLC Microbial Genomics Module 23.0

New features

Detect Amplicon Sequence Variants Tool은 샘플 Amplicon 데이터에 대한 Sequences Variants를 Single nucleotide resolution까지 추론합니다.
Assign Taxonomies to Sequences in Abundance Table Tool은 Taxonomic index 수행을 통한 결과 Taxonomies를 Amplicon Sequence Variant Abundance Table과 같은 Abundance Table의 Sequence에 할당합니다.

New workflows and reference data

Detect Amplicon Sequence Variants and Assign Taxonomies - Read를 준비하고, Amplicon Sequence Data에서 Amplicon Sequence Variants를 감지하고 여기에 Taxonomies을 할당하기 위한 Workflow입니다.
Standard import를 사용하여 Table 형식(.xls/.xlsx/.csv)의 Amplicon Sequence의 수를 포함하는 파일을 Abundance Table로 가져올 수 있습니다.
Merge Abundance Table이 확장되어 Amplicon Sequence Variants Abundance Table을 지원합니다.

[그림 1] The Identified Pathways Table 예시 이미지

Identified Pathways Table은 Excel 및 기타 표 형식으로 내보낼 수 있습니다.

CLC Genome Finishing Module 23.0

improvements

CLC Genomics Workbench 23 및 CLC Genomics Server 23과 호환되도록 업데이트가 되었습니다.

CLC Single Cell Analysis Module 23.0

New features and improvements

Immune Repertoire

Import Immune Reference Segments - TCR 및 BCR Reference 데이터를 위한 새로운 Tool입니다. Single Cell V(D)J-Seq Analysis에 사용할 데이터를 가져오기 위한 것입니다.
Single Cell TCR-Seq Analysis가 Single Cell V(D)J-Seq Analysis로 이름이 변경되었습니다.
Immune Repertoire tools는 D 및 C segments 와 scBCR-Seq 데이터를 지원합니다. 이 변화는 아래의 것에 영향을 줍니다.
Single Cell V(D)J-Seq Analysis (previously Single Cell TCR-Seq Analysis)
Filter Cell Clonotypes
Combine Cell Clonotypes
Compare Cell Clonotypes
Convert Cell Clonotypes to Cell Annotations
Immune Repertoire workflows
Additional improvements to Filter Cell Clonotypes
New filters
Clonotype을 유지하는데 필요한 Segment Types을 지정하기 위한 “Segment types to retain”.
“CDR3 Sequence의 상태에 따라 필터링하기 위한 “Productive status to retain” : “Productive”, “Out of frame” 및/또는 “Premature stop codon”. 이들은 “Only productive” 필터를 대체합니다.
Retained된 Cell에 필요한 Chain을 지정하기 위한 “Combined chains to retain” : 예를 들어 TCR Clonotypes의 경우 또는 TRA + TRB 또는 BCR Clonotypes 의 경우 IGH + IGH + IGK + IGL. 이는 ““Retain only paired clonotypes” 필터를 대체합니다.
이제 “Multiple Clonotypes”이 최종 필터링 단계입니다.
Cell Clonotypes data elements have new and updated views
Assembley된 Contig 와 Reference V, D, J 및 C segment 간의 Alignment를 포함하는 새로운 Alignment View
Clonotypes의 구성과 빈도를 요약한 Sankey plot view
Tables view 에 “Cell-level clonotype #” 열이 포함됩니다.
Single Cell hg38 (Ensembl) and Single Cell Mouse (Ensembl) reference 데이터 세트에는 이제 D 및 C 참조 segment가 포함됩니다. 더 이상 C segments Trimming을 위한 Trim adapter list 을 포함하지 않습니다.

Other improvements

QC for Single Cell, Predict Cell Types and Cluster Single Cell Data Tool의 분석 속도 향상
Combine Cell Annotations 수행 시 사용되는 메모리 감소
UMI로 Annotation read 가 Single Cell RNA-Seq Analysis에 대한 Input으로 제공
Differential Expression for Single Cell, Single Cell에 대한 Differential Velocity 및 Single Cell에 대한 Differential Accessibility에 의해 생성된 통계 비교 Table 의 하위 집합은 다음과 같이 만들 수 있습니다.
Filter on Custom Criteria를 사용하여 필터링합니다.
Create Table from Selection 버튼을 사용하면 선택한 행에서 새 테이블이 생성됩니다.
Annotate Reads with Cell 및 UMI에 의해 Demultiplexed Sequence 목록의 Table View에는 각 Sequence의 Cell barcode 및 UMI가 포함됩니다.
QIAGEN Cell Ontology가 새로운 Cell 유형으로 업데이트되었으며 Ontology구조가 개선되었습니다.
Single Cell Mouse (Ensembl) Reference 데이터 세트에는 234개의 Cell Type을 포함하는 새로운 Cell Type Classifier가 있습니다.
이외에 다양한 사소한 부분의 기능이 개선되었습니다.