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CLC LightSpeed Module
Ultra-fast read mapping and variant calling
QIAGEN CLC LightSpeed Module은 end-to-end hereditary NGS FASTQ에서 부터 VCF까지의 과정을 초고속으로 분석하는 파이프라인을 제공합니다. LightSpeed는 paired-end 150bp Sequencing protocol에 의해 생성된 raw FASTQ 파일을 가져오고 Quality Trimming, Adapter Trimming, Read Mapping, Deduplication, Local Realignment, 및 Germline Variant Calling까지의 분석을 수행합니다. LightSpeed는 34x Coverage로 Sequencing된 Human Whole Genome의 경우 25분, 50x Coverage로 Sequencing된 Human Whole Exome의 경우 2분 이내에 분석을 수행할 수 있습니다.
Lightspeed는 모든 Reference Sequence를 지원하고 read Mapping 중에 region을 Masking하고 Target region에 대한 Variant calling을 수행할 수 있는 기능을 포함합니다. 해당 Module은 Illumina 장비 데이터에 최적화되어 있지만 유사한 프로토콜을 사용하는 장비에서 생성된 데이터에도 사용할 수 있습니다.
QIAGEN CLC LightSpeed Module에는 LightSpeed “FASTQ to Germline Variants” Tool이 포함되어 있으며 이 Tool을 사용하는 Template workflow를 제공합니다. LightSpeed Module은 read mapping, variant track 및 QC report를 출력할 수 있으므로 데이터의 품질을 정확하게 평가할 수 있습니다. Workflow는 annotating variant, extended QC, creating copy number controls, 카copy number variant detection 및 추가적인 시각화 기능을 제공합니다.
[그림 1] 빠르고 쉬운 WGS 및 WES 데이터 분석을 가능하게 하는 QIAGEN CLC LightSpeed Module이 제공하는 Workflow 및 Tool
[그림 2] “FASTQ to Annotated Germline Variants” Workflow