OmicsBox 3.2 RELEASE
OmicsBox 3.2의 새로운 기능 및 개선 사항
Single Cell Transcriptomics
- 새로운 기능
- SingleR을 사용한 세포 유형 식별
- Monocle3를 통한 Autocorrelation 분석
- 업데이트
- Interactive Single-Cell Visualization 과 Annotation Tool
- Seurat v.5
- Monocle을 통한 향상된 Trajectory 분석
Long Read Transcriptomics
- 새로운 기능
- IsoQuant를 사용한 Isoform 정의 및 정량화
- IsoN pipeline을 사용한 Reference-Free Long-Read 전사체
- 업데이트
- 정량화를 포함한 FLAIR v.2
- SQANTI3 v.5를 사용한 Long-Read Transcriptomes
Transcriptomics
- 업데이트
- Busco DB 업데이트(EdgeR v.4)
- HTseq 카운트로 향상된 유전자 수준에서의 정량화(현재는 cloud 기반)
Genetic Variation
- 새로운 기능
- VCF 파일 합치기 및 추출
- ADMIXTURE를 사용한 Population Structure 분석
- Beagle을 사용한 Imputation과 Phasing
- dDocent pipeline을 통한 GBS data 필터링
Genome Analysis
- 업데이트
- Augustus를 이용한 증거 기반 진핵생물 유전자 예측
Functional Analysis
- 새로운 기능
- Annotation을 통해 Pathway 찾기
General
- 향상된 Trimmomatic Wizard(현재 클라우드 기반)
- 향상된 Application 메시지
- 이제 macOS ARM 아키텍처에서 OmicsBox를 사용할 수 있습니다.