[뉴스레터] GeneCodes, Hybrid Sequencing with Sequencher
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2017. 01. 04 - Sanger 및 NGS data가 포함된 Hybrid Sequencing Projects에 Sequencher 사용Sequencher DNA 분석 소프트웨어의 가장 큰 장점은 제공하는 기능이 많다는 것입니다. NGS와 RNA-Seq을 구분한 패키지 제품은 없습니다. 연구자들이 필요한 모든 툴을 제공하기 위해 모든 것이 포함되어있습니다. 연구 프로젝트에서는 Sanger 시퀀싱의 정확성과 Next Gen Sequencing의 스피드를 결합하여 데이터를 수집하는 것이 일반적입니다. 보통 이런 혼합 sequencing 프로젝트들은 데이터를 처리하기 위한 큰 툴셋을 요구합니다. Sequencher 5.4.6이 이와 같은 프로젝트를 어떻게 다루는지 살펴보겠습니다.최근 서아프리카에서 발생한 Ebola epidemic은 혼합 sequencing 프로젝트의 한 예입니다. 연구자들은 Ebola 감염에 대한 빠른 DNA 확인이 필요했습니다. 또한 그들은 바이러스의 돌연변이를 추적하고, 어떤 종이 더욱 치명적인지 확인하기 위해 유전체에 대한 정확한 기록이 필요했습니다. 이 두 과제의 공통된 맥락은 reference sequence 입니다.Reference sequence의 가장 일반적인 출처 중 하나는 GenBank입니다. 이런 GenBank reference에는 보통 모든 종류의 유전 정보가 사전에 주석으로 달려 있습니다. Sequencher는 GenBank reference를 사용할 때 자동으로 모든 특징들을 import하므로, 연구자들이 수동으로 reference에 주석을 달지 않아도 됩니다.GenBank reference는 훌륭한 시작점이지만, 특정 프로젝트들은 발견이 이루어질 때 추가 주석이 필요합니다. Sequencher를 사용하면 원하는 reference sequence에 주석달기가 매우 쉽습니다. 당신은 contig viewer 또는 sequence viewer에서 어떤 범위의 염기든 강조 표시할 수 있고, 기능으로 표시할 수 있습니다. 당신은 미리 구성된 GenBank 기능 중 하나를 선택하거나 현재 프로젝트에 특성화된 사용자 정의 항목을 만들 수 있습니다. 이 새로운 기능을 Sequencher의 다양한 메뉴에 표시하는 방법에 대한 몇 가지 사용자 정의 옵션이 있습니다.완전히 주석이 달린 reference를 얻은 후에는 NGS alignment를 시작할 수 있습니다. Sequencher에는 몇 가지 독특한 기능이 있습니다. BWA-MEM 또는 GSNAP을 사용한 각 후속 alignment의 시간을 줄이기 위해 reference의 데이터베이스/색인을 작성할 수 있습니다. Sequencher는 색인을 파일에 보관하므로 시간을 절약할 수 있을 뿐 아니라 많은 하드 드라이브 공간도 절약 할 수 있습니다.대부분의 next gen sequencer는 한번에 많은 작업(batch)을 처리할 수 있습니다. 각 샘플에는 그들을 관리할 수 있는 DNA 바코드가 붙어 있습니다. 이것을 멀티플렉싱이라고 하며, Sequencher는 이러한 바코드들을 사용하여 모든 NGS 데이터를 샘플 특정 저장소로 정리하고 연속적으로 각각에 대해 alignment를 수행할 수 있습니다.멀티플렉싱은 Ebola 균주를 식별하는 데 관련된 수많은 작은 샘플들에 적합합니다. Sequencher는 시퀀싱 결과로 얻은 샘플 데이터 파일을 몇 번의 마우스 클릭으로 분리하여 모든 데이터를 선택한 reference sequence에 align시킬 수 있습니다. Reference 기준 alignment가 완료되면, SAMtools를 사용하여 variant 분석을 할 수 있습니다. 결과적으로 Tablet NGS viewer에서 볼 수 있는 VCF (variant calling file)이 생성되어 alignment에서 발생한 variant 위치를 클로즈업 하여 볼 수 있습니다.이런 variant들은 Ebola 바이러스의 새로운 종을 확인하는데 사용될 수 있습니다. Alignment에서 발견된 variant를 새로운 reference에 주석을 달려면 몇 분이 걸립니다. 이렇게 생성된 다양한 reference sequence는 Sequencher에서 템플릿으로 저장할 수 있으므로 올바른 파일을 검색하지 않고 중단한 부분부터 바로 백업할 수 있습니다. 또한 템플릿은 사용자가 선택한 alignment 설정이나 기타 기본 설정을 저장하여 언제든지 불러올 수 있는 사용자 정의 프로젝트에 템플릿을 저장합니다.이러한 모든 기능들은 Sequencher가 사용자에게 제공하는 것 중 일부에 지나지 않습니다. 최신 버전의 Sequencher로 어떤 것을 할 수 있는지 무료로 사용해보세요! 평가판 라이선스는 여러분의 데이터를 가져오기, 저장 및 내보내기 하는 것을 포함하여 15일 동안 완전한 액세스 권한을 제공합니다.