• [뉴스레터] GeneCodes, Sequencher 5.3 News! 조회 1536 2016. 12. 29 -  Sequencher의 새로운 RNA-Seq 기능 요즘 실험과학분야에서 핫한 이슈중 하나는 RNA-Seq의 빠른 확장입니다. 연구자들이 효율적으로 NGS장비를 사용하게 되는 것이 일조했고, RNA의 분리와 시퀀싱에 의해서 세포의 transcriptome의 정확한 정보들을 얻을 수 있게 되었습니다. 그와 함께 RNA를 다룰 때 생기는 유전자 조절의 복잡성, 스플라이스 변이의 존재와 기술적인 이슈 없이 command line툴을 사용하여 transcriptome을 알아내는 것은 힘든 작업입니다. 차등유전자발현을 연구하기 위한 가장 많이 쓰이는 RNA-Seq 툴중 하나인 Cufflinks suite가 Sequencher에 추가되었습니다. Cufflinks는 mRNA transcript의 상대적인 발현량 뿐만 아니라 스플라이싱과 RNA editing의 다른 형태를 통해 복잡한 유전자 발현을 관찰 할 수 있도록 같은 유전자에서 다른 isoform을 찾을 수 있도록 해줍니다. ITQB 연구진은 3개의 exoribonucleases(RNase II, RNase R, PNPase)에 의해 영향을 받은 E.coli에서 어떻게 안정상태의 RNA의 레벨을 확인할 수 있을지 조사하는데 cufflinks를 사용하였습니다. exoribonuclease중 하나를 knock down 시킨 배지에서 유전자 발현 데이터를 비교하는 것은 nuclease와 결합 가능한 transcript 사이의 연관관계를 찾을 수 있습니다.연구자들은 유전자 발현 knock down결과의 downstream과 몇 개의 중요한 특징을 결합했습니다. 두드러지게 영향을 받은 특징들은 세균의 병원성에 중요한 요소인 이동성과 세균막의 형성이었습니다.Cufflilnks는 non-conding RNA에서도 사용할 수 있습니다. European Heart Journal에 있는 논문에서 심장마비가 온 뒤 심장의 기능에서 특정한 역할을 하는 새로운 long non-coding RNA 수백개를 동정하는 연구를 했습니다. 관여하고 있는 lncRNA와 유전자 조절 사이의 관계를 찾는 것은 심근경색 환자들의 새로운 의학적 치료를 모색할 수 있는 돌파구가 되었습니다. 만약 cDNA의 raw 데이터로 시작하게 된다면, Sequencher로 여러분의 RNA-Seq분석에 모든 단계를 직접 수행할 수 있습니다. 첫 번째 단계는 NGS alignment에 어떤 알고리즘을 사용할 것인지 선택합니다. Sequencher는 BWA-MEM과 GSNAP를 사용하기 쉽도록 그래픽 인터페이스로 제공합니다. command line으로 사용을 원하시는 분은 또한 command로도 사용하실 수 있습니다. NGS alignment는 Cufflinks workflow에 input 파일인 SAM/BAM파일을 생성합니다. Cufflinks workflow는 세 단계로 있으며, 일반적으로 이 단계들은 대∙소문자에 민감하고 탭과 띄어쓰기가 헷갈릴 수도 있으며 축약형이나 옵션 기호가 있는 command line에서 수행합니다. Sequencher는 command line 대신 그래픽 인터페이스를 제공하여 사용하기 편리합니다. Cufflinks 프로그램은 SAM파일로부터 align된 read들을 가지고 GTF annotation file을 이용해 다시 align합니다. 이것은 다른 isoform과 transcript를 찾아줍니다. 만약 차등발현을 보고자 한다면 각 샘플에 대해 이 단계를 반복해야 합니다.다음 단계는 Cuffmerge라는 단계이며 이름대로 Cufflinks에서 나온 두 개의 transcript 파일을 하나의 transcript consensus 파일로 만들어 주는 단계입니다. 이 파일은 차등발현분석을 하는 Cuffdiff에 사용됩니다. Sequencher는 Cuffdiff에서 나오는 최종파일을 다루며 발현레벨에서 차이점을 그래픽으로 나타내줍니다. Sequencher는 command line뿐 아니라 통계프로그램언어 R에서의 사용자를 저장합니다. Sequencher는 volcano plot, scatter plot, bar chart로 그래픽을 제공합니다. volcano plot은 발현의 변화와 그와 관련한 통계를 그려 발현변화와 통계적 관련성 등에 따라 관심 있는 부분을 결정할 때 유용합니다. 각 그래프는 분석의 다른 양상을 보여주고 모든 그래프는 테이블 위에 있는 데이터로 연결되며, 그래프의 점을 클릭하면 자동적으로 그 지점에 해당하는 데이터 항목이 표시됩니다. 시퀀쳐의 NGS, RNA-Seq기능은 앞으로도 계속적으로 확장 될 계획입니다.    Citations1. Trapnell C, Williams BA, Pertea G, Mortazavi A, Kwan G, Van Baren MJ, Salzberg SL, Wold BJ, Pachter L. Transcript assembly and abundance estimation from RNA-Seq reveals thousands of new transcripts and switching among isoforms. Nat Biotechnol. 2010 May; 28(5): 511-515.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3146043/?report=reader#!po=85.0000 2.  Pobre V, Arraiano CM. Next generation sequencing analysis reveals that the ribonucleases RNase II, RNase R and PNPase affect bacterial motility and biofilm formation in E. coli. BMC Genomics (2015) 16:72 http://www.biomedcentral.com/content/pdf/s12864-015-1237-6.pdf3 Ounzain S, Micheletti R, Beckmann T, Schroen B, Alexanian M, Pezzuto I, Crippa S, Nemir M, Sarre A, Johnson R, Dauvillier J, Burdet F, Ibberson M, Guigó R, Xenarios I, Heymans S, Pedrazzini T. Genome-wide profiling of the cardiac transcriptome after myocardial infarction identifies novel heart-specific long non-coding RNAs. European Heart Journal (2015) 36, 353-368http://eurheartj.oxfordjournals.org/content/early/2014/04/30/eurheartj.ehu180
  • [뉴스레터] GeneCodes, Multi-channel BLAST searches with Sequencher Connections 조회 1201 2016. 12. 29 - GeneCodes Corp. Sequencher March 2015 Newsletter- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  Sequencher의 강력한 새로운 기능 중 하나는 Sequencher Connections내에서의 multi-channel BLAST검색기능입니다. (Channel이라는 것은 각각의 분석을 의미하는 용어) 이 기능을 사용한다면, 여러분은 병렬로 다중 Blast나 Primer-BLAST 검색을 수행할 수 있습니다. 이러한 검색은 다른 시퀀스를 같은 데이터베이스에서 검색이 가능하도록 해줍니다. 또한 같은 시퀀스로 다른 데이터베이스나 다른 검색 파라미터로도 검색이 가능합니다. 심지어 다중 데이터베이스에서 동시에 다중 시퀀스 검색도 가능합니다. 한 번에 많은 검색을 설정할 수 있도록 하여 Sequencher Connections은 여러분의 워크플로우를 키울 수 있도록 도와줍니다. GeneCodes사는 이러한 것들을 어떻게 수행할지 모색할 것입니다.  Getting Started Sequencher Connections을 통한 BLAST검색 수행의 첫 번째 단계는 Connection에 시퀀스를 추가하는 것입니다. Sequencher Connections에 시퀀스를 추가하는 주된 방법은 Sequencher 프로젝트 창에서 import하는 방법입니다. 간단히 프로젝트 창에 있는 시퀀스를 선택한 다음 Window에서 Add to Connection Session...을 선택합니다. 새로운 Connection Session을 만들거나 존재하고 있는 Connection Session에 시퀀스를 추가하거나 선택하실 수 있습니다. 여러분은 프로젝트 창에서 각각의 시퀀스를 가져오거나 Sequencher Connections에서 consensus 시퀀스를 가져올 수 있습니다. 간단하게 GenBank Accession만 입력해서 버튼하나만 클릭하면 Connections에 시퀀스를 추가할 수 있습니다.   What are "Channels"? a.k.a. How to set up your BLAST searches in Sequencher Connections. Sequencher Connections을 통해 BLAST 검색을 위한 두 번째 단계는 여러분의 Channel 옵션을 설정하는 것입니다. Channel은 Connections창에서 각 열을 일컫는 용어입니다. NCBI 데이터베이스와 local BLAST를 통한 local 데이터베이스 중 어떤 것으로 검색할지 선택할 수 있습니다. 다음 검색하고자 하는 데이터베이스를 선택하고 검색을 위한 파라미터 설정을 해줍니다. 이러한 다양한 채널들을 설정함으로써 다양한 비교가 가능합니다. Expressed Sequence Tags(EST)과 Genomic Survey Sequences(GSS) 데이터베이스 같이 서로 다른 두 데이터베이스의 검색 결과를 비교할 수 있습니다. 또한 같은 데이터베이스에서 다른 파라미터들로 검색을 할 수도 있습니다. 예를 들어, 마스킹을 사용한 경우와 안한 경우를 비교 검색하거나 blastn과 megablast를 사용하였을 때의 차이점을 알 수 있습니다. Sequencher는 BLAST검색 결과를 저장하기 때문에 두 다른 시기에 같은 파라미터와 같은 데이터베이스로 검색을 할 수 있습니다. 물론 여러분이 원하는 것이 하나의 데이터베이스에서 많은 시퀀스를 검색하는 것 이라면 Sequencher 역시 가능합니다. Sequencher는 여러분의 검색을 NCBI의 공개 서버에서 네트워크 로드 제한에 관대하기에 한 번에 모든 시퀀스를 보내고 나면 Sequencher가 각 시퀀스 전송을 관리하게 됩니다.  Viewing the results Sequencher Connections에서 여러분의 결과를 보는데 몇 가지 옵션이 있습니다. 이 옵션들은 NCBI 웹사이트와 비슷한 결과 페이지를 보여줍니다. 검색이 완료되었을 때 여러분은 “Web View”라는 탭을 클릭해서 NCBI 웹사이트에서의 당신의 결과를 볼 수 있습니다. 여기서 Graphic Summary, Descriptions, 그리고 Alignment까지 볼 수 있습니다. NCBI 검색 결과는 검색 이후 36시간 내에 다시 불러올 수 있습니다. 그 이후로는 접근이 불가능합니다. 다음 옵션으로 “Text” 보기입니다. NCBI 결과 페이지의 텍스트버전에 보면 “Text”라는 탭이 있습니다. Connections의 Text보기는 여러분의 프로젝트 파일 안에 한 파트로 저장이 되며 NCBI 웹페이지가 만료된 후에도 오랫동안 BLAST 결과를 검색할 수 있습니다. 다른 특징으로는 Sequencher Schematic이 있습니다. NCBI의 그래픽보기와는 다르게 Schematic은 하나의 통합 디스플레이에서 각 채널의 시퀀스의 검색결과를 보여줍니다. 하나의 창에서 하나의 시퀀스에 대한 모든 분석의 결과를 보고 비교할 수 있습니다. Channel 요악테이블에 링크를 클릭하면 새로운 브라우저 창에서 시퀀스를 보기위한 페이지를 열거나 Connections에 시퀀스를 추가할 수 있습니다. Text보기처럼 schematic도 NCBI 웹사이트 만료 후에도 결과를 볼 수 있습니다. Connections은 여러분의 데이터에 관한 지식을 개선하여 검색을 비교하고 추적할 수 있도록 해줍니다.
  • [뉴스레터] CLCbio, Review the latest improvements in CLC Genomics Workbench 8.0 조회 1430 2016. 12. 29 -   CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 3월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.  RNA-seq 분석의 개선RNA-seq 분석 툴에서 affine gap cost read mapper 사용 가능새로운 툴 : Experiment로부터 트랙을 생성 가능. 차등발현분석결과도 트랙으로 시각화 가능  트랙 브라우저의 개선크로모좀 상의 데이터 시각화. 다운로드를 통해 세포유전학 ideogram 사용 가능생물에서 유전체 변이의 영향에 대해 이해를 할 수 있는 3D 단백질구조상의 변이 뷰어 가능새로운 툴 : Link Variant to 3D Protein Structure3D molecule view에서 몇 가지 새로운 기능 생성Workflow snippets. 직접 설계한 workflow의 특정 부분 저장 및 사용 가능 Full release notes  NGS data  just got more comprehensive   TRANSFAC TFBS 플러그인과 ChIP-Seq Analysis 툴의 연계를 통해 어떻게 사용하는지 배워보세요. 올인원 생물정보학 플랫폼, CLC Genomics Workbench 8.0입니다.    CLC Genomics Workbench 8.0 2주 동안 모든 기능을 사용하실 수 있는 체험판을 다운받으실 수 있습니다.CLC Genomics Workbench는 튜토리얼과 예시데이터와 함께 제공되어 따라하시면서 쉽게 기능을 익히실 수 있습니다.
  • [릴리즈] GeneCodes, Sequencher 5.3 버전 출시 조회 1426 2016. 12. 29 - GeneCodes사에서는 아래와 같은 내용으로 Sequencher 5.3 버전을 출시하였습니다.  Sequencher 5.3은 RNA-seq을 포함한 Sanger 데이터나 NGS 데이터의 DNA 분석을 위한 다양한 기능을 가지고 있습니다. Cufflinks의 차등발현 파이프라인을 Sequencher의 GUI 방식과 통합했습니다.표와 그래픽으로 연결된 중요한 발현 변이를 빠르게 찾기 위하여 Cufflinks와 Cuffmerge 그리고 Cuffdiff를 사용합니다. > Sequencher의 RNA-Seq 도구에 대해서 자세히 보기 Cufflinks뿐 아니라 Sequencher에서 많은 NGS 도구들은 커맨드라인 없이 사용할 수 있습니다. BWA-MEM 혹은 GSNAP의 raw NGS데이터의 reference alignment를 수행합니다.Velvet 알고리즘을 사용하여 De novo 어셈블리도 가능합니다.Alignment결과를 시각화하여 SNP나 돌연변이를 찾을 수 있습니다. Sequencher 5.3은 Sanger 데이터로 임상품질결과를 위한 SNP나 돌연변이를 확인하기 위한 trace chromatogram 데이터를 쉽게 볼 수 있습니다.Fragment나 contig의 그룹을 reference 시퀀스와 비교하기 위해서 Variation Reports를 생성합니다.클릭만으로 heterozygote를 불러올 수 있는 등 다양한 일을 할 수 있습니다. 다음 단계의 분석을 위해서는 Sequencher connection 을 사용합니다.공용서버에서 네트워크 부하량 제한에 관대한 다중의 BLAST나 Primer Blast 검색을 예약할 수 있으며, MUSCLE 의 다중 시퀀스 alignment로부터 Phylogenetic tree를 보여줄 수도 있습니다.
  • [뉴스레터] CLCbio, CLC bio and Korilog release KLAST plugin 조회 1582 2016. 12. 28 -  CLCbio사에서는 아래와 같은 내용으로 1월 월간뉴스를 발표하였습니다. 더 자세한 내용은 링크된 주소를 참고하세요.  NewsKLAST plugins accelerates sequence similarity searchKLAST 플러그인은 서열 유사성 검색을 BLAST search 보다 25배 더 빠른 속도로 진행합니다. 2014년 1월에 CLC Genomics Workbench를 구매하시면 4코어 환경에서 사용하실 수 있는 KLAST 플러그인의 1년 라이선스를 제공해드립니다. > Read the press release  The annual 2013 NGS survey results are in...NGS 시장에 관한 2013년도 설문조사를 진행한 결과, 231명의 응답자가 있었습니다. 설문조사는 NGS 시장의 주요 연구분야, application, open source 등에 관한 항목으로 진행을 하였습니다. 결과는 블로그 및 아래 링크 주소를 통해 확인하실 수 있습니다. > Read more  Beta release of significantly improved read mapperCLC read mapper의 새로운 버전이 릴리즈 되어, 베타버전을 이용하실 수 있습니다. 새로운 버전으로 업데이트 되면서, 메모리 소비량이 줄어들어 4GB의 적은 메모리를 이용하여 human genome 대상으로 reads를 맵핑하는 것이 가능해졌습니다. 또한, read mapper의 속도가 향상되었습니다. 현재, CLC Genomics Workbench 프로그램의 7.0 베타버전을 통해 플러그인을 다운 받아 사용하실 수 있습니다. > Learn more  Science Identification of genetic markers linked to anthracnose resistance in sorghum using associated analysisHari D. Upadhyaya et al., Theoretical and Applied Genetics, Volume 126, Issue 6, pp 1649-1657. 탄저병 저항성과 관련 있는 마커를 확인하기 위해 242 accessions의 수수 mini-core collection을 가지고 association mapping을 수행하였습니다. CLC Genomics Workbench를 사용하여 raw sequences를 수수 지놈에 대하여 align하고 SNPs 분석을 수행하였습니다. 확인된 유전자와 마커는 수수의 탄저병 저항성을 향상시키기 위해 사용될 수 있을 것으로 예상됩니다. > Read the interesting paper  Tutorial Beta release of Genomics Workbench 7.0새롭게 릴리즈 된 CLC Genomics Workbench 7.0 베타버전의 기능들을 소개한 동영상입니다. > Watch the video 
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