자주 묻는 질문 | (주)인실리코젠-생물정보 전문기업

[뉴스레터] QIAGEN, OmicSoft acquisition - Driving discoveries 조회 1727 2017. 01. 17 - OmicSoft 환영합니다. QIAGEN사는 biomarker 데이터 관리, 시각화 및 분석 제품 등 업계 최고의 공급 업체인 OmicSoft를 인수하였습니다. >> 좀 더 자세히 살펴보세요. Driving discoveries 독일 드레스덴의 임상 병리학 연구소의 Rump 박사와 그의 연구 팀은 variant와 annotation 데이터의 양이 증가함에 따라 생물 정보 분석 툴과 기술이 필수 불가결한 도구라고 하였습니다. >> 어떻게 우리의 솔루션이 도움이 될 수 있을까요? 희귀한 병의 해결 QIAGEN사는 Rare Genomics Institute 과학자들과 협력하여 전체엑솜(Exome)과 genome 데이터를 해석할 수 있는 유전 질환 솔루션을 제공하였습니다. >> 그들의 말이 무슨 의미인지 알아볼까요? 유방암 저해 기술 Cologne 대학병원을 이끄는 Margarete Odenthal 박사는 진단 실험실의 역량과 워크 플로우의 최적화를 위해 새로운 기술을 선보이기로 결정했습니다. Insights 유전자 발현 데이터를 이해하고 싶다면 IPA는 ‘Omics’ 실험에 데이터를 분석, 통합, 해석하는데 있어서 과학자들에게 가장 인기 있는 선택입니다. 어떻게 IPA가 유전자 발현 데이터와 새로운 타겟이나 알려진 Biomarker를 생물학적 시스템 내에서 식별하는지 알아봅니다. >> 논문들에 대해 더 자세히 알아보세요

[뉴스레터] GeneCodes, Hybrid Sequencing with Sequencher 조회 1878 2017. 01. 04 - Sanger 및 NGS data가 포함된 Hybrid Sequencing Projects에 Sequencher 사용Sequencher DNA 분석 소프트웨어의 가장 큰 장점은 제공하는 기능이 많다는 것입니다. NGS와 RNA-Seq을 구분한 패키지 제품은 없습니다. 연구자들이 필요한 모든 툴을 제공하기 위해 모든 것이 포함되어있습니다. 연구 프로젝트에서는 Sanger 시퀀싱의 정확성과 Next Gen Sequencing의 스피드를 결합하여 데이터를 수집하는 것이 일반적입니다. 보통 이런 혼합 sequencing 프로젝트들은 데이터를 처리하기 위한 큰 툴셋을 요구합니다. Sequencher 5.4.6이 이와 같은 프로젝트를 어떻게 다루는지 살펴보겠습니다.최근 서아프리카에서 발생한 Ebola epidemic은 혼합 sequencing 프로젝트의 한 예입니다. 연구자들은 Ebola 감염에 대한 빠른 DNA 확인이 필요했습니다. 또한 그들은 바이러스의 돌연변이를 추적하고, 어떤 종이 더욱 치명적인지 확인하기 위해 유전체에 대한 정확한 기록이 필요했습니다. 이 두 과제의 공통된 맥락은 reference sequence 입니다.Reference sequence의 가장 일반적인 출처 중 하나는 GenBank입니다. 이런 GenBank reference에는 보통 모든 종류의 유전 정보가 사전에 주석으로 달려 있습니다. Sequencher는 GenBank reference를 사용할 때 자동으로 모든 특징들을 import하므로, 연구자들이 수동으로 reference에 주석을 달지 않아도 됩니다.GenBank reference는 훌륭한 시작점이지만, 특정 프로젝트들은 발견이 이루어질 때 추가 주석이 필요합니다. Sequencher를 사용하면 원하는 reference sequence에 주석달기가 매우 쉽습니다. 당신은 contig viewer 또는 sequence viewer에서 어떤 범위의 염기든 강조 표시할 수 있고, 기능으로 표시할 수 있습니다. 당신은 미리 구성된 GenBank 기능 중 하나를 선택하거나 현재 프로젝트에 특성화된 사용자 정의 항목을 만들 수 있습니다. 이 새로운 기능을 Sequencher의 다양한 메뉴에 표시하는 방법에 대한 몇 가지 사용자 정의 옵션이 있습니다.완전히 주석이 달린 reference를 얻은 후에는 NGS alignment를 시작할 수 있습니다. Sequencher에는 몇 가지 독특한 기능이 있습니다. BWA-MEM 또는 GSNAP을 사용한 각 후속 alignment의 시간을 줄이기 위해 reference의 데이터베이스/색인을 작성할 수 있습니다. Sequencher는 색인을 파일에 보관하므로 시간을 절약할 수 있을 뿐 아니라 많은 하드 드라이브 공간도 절약 할 수 있습니다.대부분의 next gen sequencer는 한번에 많은 작업(batch)을 처리할 수 있습니다. 각 샘플에는 그들을 관리할 수 있는 DNA 바코드가 붙어 있습니다. 이것을 멀티플렉싱이라고 하며, Sequencher는 이러한 바코드들을 사용하여 모든 NGS 데이터를 샘플 특정 저장소로 정리하고 연속적으로 각각에 대해 alignment를 수행할 수 있습니다.멀티플렉싱은 Ebola 균주를 식별하는 데 관련된 수많은 작은 샘플들에 적합합니다. Sequencher는 시퀀싱 결과로 얻은 샘플 데이터 파일을 몇 번의 마우스 클릭으로 분리하여 모든 데이터를 선택한 reference sequence에 align시킬 수 있습니다. Reference 기준 alignment가 완료되면, SAMtools를 사용하여 variant 분석을 할 수 있습니다. 결과적으로 Tablet NGS viewer에서 볼 수 있는 VCF (variant calling file)이 생성되어 alignment에서 발생한 variant 위치를 클로즈업 하여 볼 수 있습니다.이런 variant들은 Ebola 바이러스의 새로운 종을 확인하는데 사용될 수 있습니다. Alignment에서 발견된 variant를 새로운 reference에 주석을 달려면 몇 분이 걸립니다. 이렇게 생성된 다양한 reference sequence는 Sequencher에서 템플릿으로 저장할 수 있으므로 올바른 파일을 검색하지 않고 중단한 부분부터 바로 백업할 수 있습니다. 또한 템플릿은 사용자가 선택한 alignment 설정이나 기타 기본 설정을 저장하여 언제든지 불러올 수 있는 사용자 정의 프로젝트에 템플릿을 저장합니다.이러한 모든 기능들은 Sequencher가 사용자에게 제공하는 것 중 일부에 지나지 않습니다. 최신 버전의 Sequencher로 어떤 것을 할 수 있는지 무료로 사용해보세요! 평가판 라이선스는 여러분의 데이터를 가져오기, 저장 및 내보내기 하는 것을 포함하여 15일 동안 완전한 액세스 권한을 제공합니다.

[뉴스레터] QIAGEN, Shedding light on flaviviruses and improving metagenomics analysis 조회 1808 2016. 12. 29 - Latest NewsFlavivirus를 규명한 IPAQIAGEN의 책임과학자인 Dr. Jean-Noel Billaud는 Blood Systems Research Institute (BSRI), 캘리포니아 주립대학교, 샌프란시스코 그리고 다른 기관들의 훌륭한 과학자들과 함께 모기 매개 바이러스 데이터 분석을 해왔습니다. Zika 바이러스부터 West Nile 바이러스까지 종적 샘플 수집과 IPA를 이용한 심층 분석으로 모기 매개 바이러스를 규명하였습니다.>> 좀 더 자세히 살펴보세요 향상된 metagenomicsCosmosID와 함께, QIAGEN은 Microbial Genomics Pro Suite와 CLC Genomics Workbench에 적용할 새로운 미생물 분석 플러그인을 개발하였습니다. CosmosID 플러그인은 샷건 metagenomics도 지원하며, 감염질환, 음식 안전, 동물 건강, 농업, 환경분석 등 다양한 분야에서 미생물체의 프로파일링에 사용 될 수 있습니다. 미생물 군집을 분석하는 연구자들이 군주를 종(species) 단위로 빠르고, 정확하게 파악할 수 있도록 합니다. 비교분석 결과는 heat map과 PCA plot으로 볼 수 있습니다.>> Press release를 살펴보세요 Insights QIAGEN solution에 대해 더 알아보고 싶으시다면.. 진보된 유전체 지식CLC Genomics Workbench는 genomics, transcriptomics, epigenomics 그리고 metagenomics를 위한 맞춤 생물정보학 솔루션을 제공합니다. 수의학 연구부터 폐수처리까지, QIAGEN은 NGS 생물정보학의 다양한 범위에서 응용됨을 보여주는 최근 몇몇 논문을 살펴보았습니다.>> 논문들에 대해 더 자세히 알아보세요 Webinars2016년의 끝자락에서, 올 한해 QIAGEN의 인기 webinar를 소개합니다! Clinical whole genome sequencing – Yes, we are there!Whole genome sequencing for outbreak analysis and pathogen typingReference architectures for the QIAGEN Biomedical Genomics SolutionInterpreting the biological meaning of your RNA-seq data in IPA>>더 많은 webinar를 TV site에서 찾아보세요!

[뉴스레터] QIAGEN, Podcast with Chr. Hansen - Enhanced ccfDNA and TRIO analysis 조회 1713 2016. 12. 29 - Latest News 가성비가 훌륭한 생물정보학 솔루션 연구기관에서 NGS 수요가 늘어남에 따라, NGS 데이터를 저장, 관리 그리고 분석의 필요성 또한 증가했습니다. Chr. Hansen의 수석 연구원인 Mads Bennedsen는 CLC Genomics Workbench와 CLC Genomics Server를 이용해서 완벽하게 자동화된 Standard Genome Sequence 분석 파이프라인을 구축했습니다.>> podcast로 강의를 들어보세요 Metagenome Analysis Metagenomic data를 바탕으로 미생물 군집에서 유전자 기능을 찾는 것은 어렵습니다. 더욱이 다른 metagenome 샘플간의 기능적 성질의 변화를 정확하게 측정하는 것은 더 어렵습니다. 어떤 분석 단계를 통해 기능적 프로파일링이 진행될까요? 그리고 이 Microbial Genomics Pro Suite의 성능이 얼마나 신뢰도가 있는지 많이 사용하는 다른 프로그램과 비교하였습니다..>> 분석 단계들과 기준을 살펴보세요 강화된 ccfDNA, TRIO 분석ccfDNA (circulating cell-free DNA), 유전병 그리고 희귀질병 분석을 위한 QIAGEN사의 솔루션이 강화된 워크플로우로 인해 더욱 강력해졌습니다. 유전병과 희귀질병에서 질병의 원인이 되는 변이를 훨씬 더 빠르게 찾기 위해 QIAGEN사는 one-step TRIO 분석, 결과 해석과 관련된 워크플로우를 강화했습니다. 또한 ccfDNA를 통해 이미 알려진 발병 변이나 새로운 암 유발 가능성이 있는 변이를 찾기 위해 새로운 one-step 워크플로우를 release했습니다. 훨씬 더 정확한 변이 발견으로 시간과 자원을 절약하세요.>> 이 뉴스에 대해 좀 더 자세히 살펴보세요 ASHG 2016 회고벤쿠버는 올해 ASHG의 완벽한 개최지였다고 합니다! 벤쿠버는 굉장히 아름다웠고, QIAGEN의 ASHG 일정은 연설, 포스터 발표, 미팅들로 꽉 차있었습니다. QIAGEN은 컨퍼런스 청중들에게 액체 생검과 유전병을 위해 QIAGEN의 생물정보학 전문기술이 녹아있는 Sample to Insight 솔루션을 발표했습니다.>> QIAGEN의 컨퍼런스 요약을 읽어보세요 Insights QIAGEN solution에 대해 더 알아보고 싶으시다면.. 임상 NGS 테스트에서의 도전과제임상 유전체 시험의 주요 도전과제로는 지속적으로 개선하고 새로운 것을 배우는 것뿐만 아니라 확장성과 위험성을 완화하는 방법 등이 있습니다. QIAGEN사은 이런 도전과제들과 어떻게 자동적인 해석 솔루션이 이런 문제들을 다룰 수 있는지에 대해 이야기합니다.>> QIAGEN의 white paper에서 더 자세히 알아보세요 Webinars Advanced RNA-seq analysis in CLC Genomics Workbench - 11월 14일Identify key isoforms in your RNA-seq dataset with IsoProfiler – 11월 16일Analysis and interpretation of cell free DNA – 11월 22일Whole genome sequencing for outbreak analysis and pathogen typing - 11월 29일QCI Interpret identifies targeted therapy and clinical trials in... – 12월 6일Clinical whole genome sequencing – Yes, we are there! – 12월 8일Introduction to CLC Genomics Workbench – 12월 13일

[뉴스레터] QIAGEN, Best practices for RNA-seq analysis - Digital NGS with high accuracy 조회 1815 2016. 12. 29 - Latest News 높은 정확도를 가지는 Digital NGS Biomedical Genomics Workbench와 Biomedical Genomics Server Solution에서 QIAseq Targeted DNA Panel 분석을 위한 플러그인이 출시되었습니다. 이 플러그인은 새로운 QIAseq Targeted DNA Panel 뿐 아니라 패널 맞춤 디자인 서비스를 통해 만들어진 맞춤형 DNA 패널에서의 분석과 시각화가 가능합니다. 새로운 플러그인을 사용하면 low frequency variants detection의 정확도를 더욱 높일 수 있습니다.>이 플러그인에 대해 자세히 알아보세요. 임상 유전체 시퀀싱임상 NGS 데이터 분석에서의 어려움이 무엇인가요? UCLA 분자 진단 실험실의 부소장인 Josh Deignan는 임상 유전체 시퀀싱에 관한 webinar를 발표했습니다. 그는 임상 유전체 분석이 어떻게 연구가 되어왔는지, 현재 분자 진단 분야가 어디에 있는지 그리고 앞으로 나아갈 방향은 어디인지에 대해 설명해줍니다.>Josh Deignan의 webinar를 시청하세요. 데이터 분석 경험 강화최근 IPA, IVA, QCI-I 및 workbench에 이르기까지 기존의 다양한 QIAGEN 제품 라인에 새로운 기능들이 추가되고 기능들이 개선되었습니다. 그 중 연구자분들을 위해 주요 뉴스를 정리하였으며 각 제품마다 최근 업데이트 소식을 살펴볼 수 있습니다.>이번 release의 주요 뉴스에 대해 좀 더 자세히 살펴보세요. RNA-seq 분석을 위한 가장 좋은 파이프라인 (Best practices) 그 동안 RNA-seq 도구는 빠르게 그리고 지속적으로 개선되어 왔습니다. 그리고 RNA-seq의 빠른 발전의 결과로 연구자들은 그들의 분석 파이프라인이 최신 기준에 맞는지 지속적으로 확인해야 합니다. 즉, 늘어나는 분석 솔루션들 중 가장 좋은 것들을 통합하고 테스트해야 합니다. CLC Genomics Workbench와 Biomedical Genomics Workbench 사용자들을 위해서 QIAGEN의 RNA-seq 솔루션의 최근 개선 사항이나 방법 등에 관련한 내용을 자세히 알려 드립니다.>새로운 기술에 대해 알아보세요. Insights QIAGEN solution에 대해 더 알아보고 싶으시다면.. 문헌 속의 Ingenuity Variant AnalysisIngenuity Variant Analysis는 희귀 질병 돌연변이 발견부터 약리유전체학까지 연구의 다양한 부분에서 효율적으로 사용되고 있습니다. Ingenuity Variant Analysis가 어떻게 사용되었는지 가장 최근의 논문을 보며 확인할 수 있습니다.>최근 논문들을 살펴보세요. Webinars Formatting and uploading your RNA-seq data into IPA – 10월 12일Analysis of hereditary diseases in Biomedical Genomics Workbench... – 10월 17일Introduction to CLC Genomics Workbench – 10월 18일Interpreting the results of your Core Analysis in IPA – 10월 19일Use of QCI Interpret to elucidate precision in breast cancer targeted therapy – 10월 20일Analyze your RNA-seq data in Biomedical Genomics Workbench – 10월 26일Interpreting the results of your Comparison Analyses in IPA – 10월 26일Analysis and interpretation of cell free DNA – 10월 27일Integrate the analysis & interpretation of your RNA-seq data... – 11월 2일Fast and easy identification of disease causing variants... – 11월 2일Use of QIAGEN Clinical Insight Interpret to elucidate precision... – 11월 3일Analysis of cancer panel data in Biomedical Genomics Workbench... – 11월 7일Interpreting the biological meaning of your RNA-seq data in IPA – 11월 9일Advanced RNA-seq analysis in CLC Genomics Workbench – 11월 14일